计算化学公社

标题: 多聚体蛋白模拟问题 [打印本页]

作者
Author: QQ137670675 时间: 2023-5-10 15:19
标题: 多聚体蛋白模拟问题
卢老师您好，我有个问题想咨询您，我在做同源多聚体复合物的gromacs模拟，使用的是charmm-gui网站构建所需的模拟文件，它有如下错误提示。如果去掉多余的同源loop，只保留一条loop与配体，它就能顺利通过charmm-gui网站构建所需的模拟文件。但这个配体与其他loop的关键残基也有作用，用只含有一条loop与配体跑模拟，得到的结果应该是错误的。那么如何做多聚体的复合物蛋白呢？您能提供一下思路吗？谢谢卢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 16:28
自己用pdb2gmx产生蛋白质的拓扑文件以及sobtop等工具产生配体的拓扑文件，这是标准做法。我从来不用charmm-gui

作者
Author: QQ137670675 时间: 2023-5-12 09:57
好的卢老师，我试试看用pdb2gmx

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)