计算化学公社

标题: AIM分析时，键径没有连接两个原子 [打印本页]

作者
Author: Juncheng_Lei 时间: 2023-5-10 20:56
标题: AIM分析时，键径没有连接两个原子
在做氧化苯乙烯与CO2的AIM分析时，发现氧化苯乙烯的O原子的键径没有直接连接CO2的C原子，而是连接在C旁边；另外CO2的一个O原子的键径也没有与原子相连，且在CPprop.txt文件中找到相对应的键临界点，连接原子写的是O-C，
这种情况该怎么处理呢。附图

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 21:35
不需要处理什么
两个(3,-1)相连在数学上本身就是成立的

作者
Author: Juncheng_Lei 时间: 2023-5-10 21:53

sobereva 发表于 2023-5-10 21:35
不需要处理什么
两个(3,-1)相连在数学上本身就是成立的

在写弱相互作用时，该如何写呢？以CO2来说，是形成的O..H键还是O...C键呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 23:08

Juncheng_Lei 发表于 2023-5-10 21:53
在写弱相互作用时，该如何写呢？以CO2来说，是形成的O..H键还是O...C键呢

用IGMH或IRI分析才能全面展现
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

这种作用光靠AIM拓扑分析很有误导性，给出的信息极为片面

作者
Author: Juncheng_Lei 时间: 2023-5-13 10:13

sobereva 发表于 2023-5-10 23:08
用IGMH或IRI分析才能全面展现
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http:// ...

不好意思，前几天忙着实验，没有注意看消息！
好的，谢谢社长~
还有一个小问题，碳键的强度能定量计算吗？您有一篇文章提出了关于氢键的公式，可以用来计算键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-13 16:14

Juncheng_Lei 发表于 2023-5-13 10:13
不好意思，前几天忙着实验，没有注意看消息！
好的，谢谢社长~
还有一个小问题，碳键的强度能定量计算 ...

下文的公式仅限于氢键，没法用来估计其它类型的
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

定量计算碳键强度就照常算相互作用能就行了。如果两部分间不止存在碳键而还有其它相互作用，就需要自己设计模型，只让两部分之间有碳键作用然后计算相互作用能

作者
Author: Juncheng_Lei 时间: 2023-5-13 23:24

sobereva 发表于 2023-5-13 16:14
下文的公式仅限于氢键，没法用来估计其它类型的
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年 ...

谢谢Sob老师！

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