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标题: 求助分子修饰后的力场文件建立 [打印本页]

作者
Author: landian666 时间: 2023-5-11 08:30
标题: 求助分子修饰后的力场文件建立
本帖最后由 landian666 于 2023-5-11 08:34 编辑

我的体系是两段DNA通过一种小分子连接在一起，现在DNA的itp文件和小分子的itp都有，正常情况需要删除一些原子和拓扑参数，暴漏出他们之间连接的两个原子，然后修改itp，把他们都合成一个分子。但是这样做很麻烦，想请教一下可以用intermolecular_interactions中的bond字段，把连接两个分子的原子限制在它们成键的范围，也不再删除原子和拓扑参数，来代替共价键的作用吗？不知道这么做是否合理，或者有没有其他简便的合并两个分子itp的方法？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 12:32
在[ intermolecular_interactions ]里照常加bonds, angles, dihedrals, pairs项设置修饰的部分和原始氨基酸部分之间的力场项就完了

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