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标题: 如何用genmer获得不同的Mg团簇构型？ [打印本页]

作者
Author: ncepu-stt 时间: 2023-5-11 10:31
标题: 如何用genmer获得不同的Mg团簇构型？
各位老师好，我想照着《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》这篇文章用molclus程序做团簇构型搜索（没有用分子动力学的部分）。步骤如下：
1、先用Gaussian构建一个9个原子组成的Mg团簇Mg.gif。如图1
2、将Mg.gif用Multiwfn转换为Mg.xyz
3、将genmer.ini内内容修改为图2，执行genmer.exe
4、将traj.xyz导入VMD中，显示图3
5、用traj.xyz中的第一部分团簇坐标如图4，导入Gaussian后写1.gjf，用GaussianView打开后是图5
请问：1、在步骤4图片中是将输出的团簇全部显示出来了，VMD如何逐次显示团簇，获得不同的团簇构型呢？
2、为什么用genmer生成的团簇与我一开始构建的Mg.gif几乎相似？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-12 12:27
我不知道你想产生什么结构。如果你的目的是最终产生含有9个Mg的结构不同Mg团簇，Mg.xyz里应当只包含一个Mg原子而不是9个Mg原子，否则你会得到由Mg9产生的n(Mg9)团簇

注意看此文里的大量例子
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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