计算化学公社

标题: 求助：QE报错unable to create directory ./tmp/Si2.save/ [打印本页]
作者
Author: hdb    时间: 2023-5-11 11:18
标题: 求助：QE报错unable to create directory ./tmp/Si2.save/
最近在使用elastic和qe计算力学性质，使用多线程并行提交任务时，我的部分计算出现错误unable to create directory ./tmp/Si2.save/。输入文件如下：
  1. Dst01_10
  2. &CONTROL
  3.    calculation      = 'relax'
  4.    prefix           = 'Si2'
  5.    outdir           = './tmp'
  6.    pseudo_dir       = './'
  7.    verbosity        = 'low'
  8.    restart_mode     = 'from_scratch'
  9.    tstress          = .true.
  10.    tprnfor          = .true.
  11. /
  12. &SYSTEM
  13.    ibrav            = 0
  14.    celldm(1)        = 7.306706081043844
  15.    nat              = 2
  16.    ntyp             = 1
  17.    ecutwfc          = 30.0
  18.    ecutrho          = 240.0
  19.    occupations      = 'smearing'
  20.    nosym            = .false.
  21.    smearing         = 'gaussian'
  22.    degauss          = 1.0e-2
  23. /
  24. &ELECTRONS
  25.    electron_maxstep = 200
  26.    conv_thr         = 1.0d-6
  27.    mixing_mode      = 'plain'
  28.    mixing_beta      = 0.4
  29. /
  30. &IONS
  31. /
  32. ATOMIC_SPECIES
  33. Si  28.0855  Si.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
  34. ATOMIC_POSITIONS (crystal)
  35.    Si     0.0000000000    0.0000000000    0.0000000000
  36.    Si     0.2500000000    0.2500000000    0.2500000000
  37. K_POINTS (automatic)
  38. 13 13 13 0 0 0
  39. CELL_PARAMETERS (cubic)
  40.   -0.5196152423    0.0000000000    0.5196152423
  41.    0.0000000000    0.5196152423    0.5196152423
  42.   -0.5196152423    0.5196152423    0.0000000000
复制代码
输出文件如下：


  2.      Program PWSCF v.7.0 starts on 11May2023 at 11: 8:11

  4.      This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
  5.      for quantum simulation of materials; please cite
  6.          "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
  7.          "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);
  8.          "P. Giannozzi et al., J. Chem. Phys. 152 154105 (2020);
  9.           URL http://www.quantum-espresso.org",
  10.      in publications or presentations arising from this work. More details at
  11.      http://www.quantum-espresso.org/quote

  13.      Parallel version (MPI & OpenMP), running on       4 processor cores
  14.      Number of MPI processes:                 4
  15.      Threads/MPI process:                     1

  17.      MPI processes distributed on     1 nodes
  18.      R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =       4
  19.      941 MiB available memory on the printing compute node when the environment starts

  21.      Reading input from Dst01_10.in
  22.      Message from routine read_cards :
  23.      DEPRECATED: no units specified in CELL_PARAMETERS card

  25.      Current dimensions of program PWSCF are:
  26.      Max number of different atomic species (ntypx) = 10
  27.      Max number of k-points (npk) =  40000
  28.      Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  4
  29.      Message from routine setup:
  30.      using ibrav=0 with symmetry is DISCOURAGED, use correct ibrav instead

  32.      Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
  33.      a serial algorithm will be used


  36.      Parallelization info
  37.      --------------------
  38.      sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW
  39.      Min         118      60     21                 1712      605     132
  40.      Max         119      61     22                 1715      606     135
  41.      Sum         475     241     85                 6855     2421     531

  43.      Using Slab Decomposition



  47.      bravais-lattice index     =            0
  48.      lattice parameter (alat)  =       7.3067  a.u.
  49.      unit-cell volume          =     109.4562 (a.u.)^3
  50.      number of atoms/cell      =            2
  51.      number of atomic types    =            1
  52.      number of electrons       =         8.00
  53.      number of Kohn-Sham states=            8
  54.      kinetic-energy cutoff     =      30.0000  Ry
  55.      charge density cutoff     =     240.0000  Ry
  56.      scf convergence threshold =      1.0E-06
  57.      mixing beta               =       0.4000
  58.      number of iterations used =            8  plain     mixing
  59.      energy convergence thresh.=      1.0E-04
  60.      force convergence thresh. =      1.0E-03
  61.      Exchange-correlation= PBE
  62.                            (   1   4   3   4   0   0   0)
  63.      nstep                     =           50


  66.      celldm(1)=   7.306706  celldm(2)=   0.000000  celldm(3)=   0.000000
  67.      celldm(4)=   0.000000  celldm(5)=   0.000000  celldm(6)=   0.000000

  69.      crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
  70.                a(1) = (  -0.519615   0.000000   0.519615 )  
  71.                a(2) = (   0.000000   0.519615   0.519615 )  
  72.                a(3) = (  -0.519615   0.519615   0.000000 )  

  74.      reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)
  75.                b(1) = ( -0.962250 -0.962250  0.962250 )  
  76.                b(2) = (  0.962250  0.962250  0.962250 )  
  77.                b(3) = ( -0.962250  0.962250 -0.962250 )  


  80.      PseudoPot. # 1 for Si read from file:
  81.      ./Si.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
  82.      MD5 check sum: 0b0bb1205258b0d07b9f9672cf965d36
  83.      Pseudo is Ultrasoft + core correction, Zval =  4.0
  84.      Generated using "atomic" code by A. Dal Corso  v.5.1
  85.      Using radial grid of 1141 points,  6 beta functions with:
  86.                 l(1) =   0
  87.                 l(2) =   0
  88.                 l(3) =   1
  89.                 l(4) =   1
  90.                 l(5) =   2
  91.                 l(6) =   2
  92.      Q(r) pseudized with 0 coefficients


  95.      atomic species   valence    mass     pseudopotential
  96.         Si             4.00    28.08550     Si( 1.00)

  98.      48 Sym. Ops., with inversion, found (24 have fractional translation)



  102.    Cartesian axes

  104.      site n.     atom                  positions (alat units)
  105.          1           Si  tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
  106.          2           Si  tau(   2) = (  -0.2598076   0.2598076   0.2598076  )

  108.      number of k points=    84  Gaussian smearing, width (Ry)=  0.0100
  109.                        cart. coord. in units 2pi/alat
  110.         k(    1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   0.0009103
  111.         k(    2) = (  -0.0740193   0.0740193  -0.0740193), wk =   0.0072827
  112.         k(    3) = (  -0.1480385   0.1480385  -0.1480385), wk =   0.0072827
  113.         k(    4) = (  -0.2220578   0.2220578  -0.2220578), wk =   0.0072827
  114.         k(    5) = (  -0.2960771   0.2960771  -0.2960771), wk =   0.0072827
  115.         k(    6) = (  -0.3700963   0.3700963  -0.3700963), wk =   0.0072827
  116.         k(    7) = (  -0.4441156   0.4441156  -0.4441156), wk =   0.0072827
  117.         k(    8) = (   0.0000000   0.1480385   0.0000000), wk =   0.0054620
  118.         k(    9) = (  -0.0740193   0.2220578  -0.0740193), wk =   0.0218480
  119.         k(   10) = (  -0.1480385   0.2960771  -0.1480385), wk =   0.0218480
  120.         k(   11) = (  -0.2220578   0.3700963  -0.2220578), wk =   0.0218480
  121.         k(   12) = (  -0.2960771   0.4441156  -0.2960771), wk =   0.0218480
  122.         k(   13) = (  -0.3700963   0.5181349  -0.3700963), wk =   0.0218480
  123.         k(   14) = (   0.5181349  -0.3700963   0.5181349), wk =   0.0218480
  124.         k(   15) = (   0.4441156  -0.2960771   0.4441156), wk =   0.0218480
  125.         k(   16) = (   0.3700963  -0.2220578   0.3700963), wk =   0.0218480
  126.         k(   17) = (   0.2960771  -0.1480385   0.2960771), wk =   0.0218480
  127.         k(   18) = (   0.2220578  -0.0740193   0.2220578), wk =   0.0218480
  128.         k(   19) = (   0.1480385   0.0000000   0.1480385), wk =   0.0109240
  129.         k(   20) = (   0.0000000   0.2960771   0.0000000), wk =   0.0054620
  130.         k(   21) = (  -0.0740193   0.3700963  -0.0740193), wk =   0.0218480
  131.         k(   22) = (  -0.1480385   0.4441156  -0.1480385), wk =   0.0218480
  132.         k(   23) = (  -0.2220578   0.5181349  -0.2220578), wk =   0.0218480
  133.         k(   24) = (  -0.2960771   0.5921541  -0.2960771), wk =   0.0218480
  134.         k(   25) = (   0.5921541  -0.2960771   0.5921541), wk =   0.0218480
  135.         k(   26) = (   0.5181349  -0.2220578   0.5181349), wk =   0.0218480
  136.         k(   27) = (   0.4441156  -0.1480385   0.4441156), wk =   0.0218480
  137.         k(   28) = (   0.3700963  -0.0740193   0.3700963), wk =   0.0218480
  138.         k(   29) = (   0.2960771   0.0000000   0.2960771), wk =   0.0109240
  139.         k(   30) = (   0.0000000   0.4441156   0.0000000), wk =   0.0054620
  140.         k(   31) = (  -0.0740193   0.5181349  -0.0740193), wk =   0.0218480
  141.         k(   32) = (  -0.1480385   0.5921541  -0.1480385), wk =   0.0218480
  142.         k(   33) = (  -0.2220578   0.6661734  -0.2220578), wk =   0.0218480
  143.         k(   34) = (   0.6661734  -0.2220578   0.6661734), wk =   0.0218480
  144.         k(   35) = (   0.5921541  -0.1480385   0.5921541), wk =   0.0218480
  145.         k(   36) = (   0.5181349  -0.0740193   0.5181349), wk =   0.0218480
  146.         k(   37) = (   0.4441156   0.0000000   0.4441156), wk =   0.0109240
  147.         k(   38) = (   0.0000000   0.5921541   0.0000000), wk =   0.0054620
  148.         k(   39) = (  -0.0740193   0.6661734  -0.0740193), wk =   0.0218480
  149.         k(   40) = (  -0.1480385   0.7401927  -0.1480385), wk =   0.0218480
  150.         k(   41) = (   0.7401927  -0.1480385   0.7401927), wk =   0.0218480
  151.         k(   42) = (   0.6661734  -0.0740193   0.6661734), wk =   0.0218480
  152.         k(   43) = (   0.5921541   0.0000000   0.5921541), wk =   0.0109240
  153.         k(   44) = (   0.0000000   0.7401927   0.0000000), wk =   0.0054620
  154.         k(   45) = (  -0.0740193   0.8142119  -0.0740193), wk =   0.0218480
  155.         k(   46) = (   0.8142119  -0.0740193   0.8142119), wk =   0.0218480
  156.         k(   47) = (   0.7401927   0.0000000   0.7401927), wk =   0.0109240
  157.         k(   48) = (   0.0000000   0.8882312   0.0000000), wk =   0.0054620
  158.         k(   49) = (   0.8882312   0.0000000   0.8882312), wk =   0.0109240
  159.         k(   50) = (  -0.1480385   0.2960771  -0.0000000), wk =   0.0218480
  160.         k(   51) = (  -0.2220578   0.3700963  -0.0740193), wk =   0.0436959
  161.         k(   52) = (  -0.2960771   0.4441156  -0.1480385), wk =   0.0436959
  162.         k(   53) = (  -0.3700963   0.5181349  -0.2220578), wk =   0.0436959
  163.         k(   54) = (   0.5181349  -0.3700963   0.6661734), wk =   0.0436959
  164.         k(   55) = (  -0.1480385   0.4441156   0.0000000), wk =   0.0218480
  165.         k(   56) = (  -0.2220578   0.5181349  -0.0740193), wk =   0.0436959
  166.         k(   57) = (  -0.2960771   0.5921541  -0.1480385), wk =   0.0436959
  167.         k(   58) = (   0.5921541  -0.2960771   0.7401927), wk =   0.0436959
  168.         k(   59) = (   0.5181349  -0.2220578   0.6661734), wk =   0.0436959
  169.         k(   60) = (   0.4441156  -0.1480385   0.5921541), wk =   0.0436959
  170.         k(   61) = (   0.3700963  -0.0740193   0.5181349), wk =   0.0436959
  171.         k(   62) = (   0.2960771   0.0000000   0.4441156), wk =   0.0218480
  172.         k(   63) = (  -0.1480385   0.5921541   0.0000000), wk =   0.0218480
  173.         k(   64) = (  -0.2220578   0.6661734  -0.0740193), wk =   0.0436959
  174.         k(   65) = (   0.6661734  -0.2220578   0.8142119), wk =   0.0436959
  175.         k(   66) = (   0.5921541  -0.1480385   0.7401927), wk =   0.0436959
  176.         k(   67) = (   0.5181349  -0.0740193   0.6661734), wk =   0.0436959
  177.         k(   68) = (   0.4441156   0.0000000   0.5921541), wk =   0.0218480
  178.         k(   69) = (  -0.1480385   0.7401927   0.0000000), wk =   0.0218480
  179.         k(   70) = (   0.7401927  -0.1480385   0.8882312), wk =   0.0436959
  180.         k(   71) = (   0.6661734  -0.0740193   0.8142119), wk =   0.0436959
  181.         k(   72) = (   0.5921541   0.0000000   0.7401927), wk =   0.0218480
  182.         k(   73) = (   0.8142119  -0.0740193   0.9622504), wk =   0.0218480
  183.         k(   74) = (   0.7401927   0.0000000   0.8882312), wk =   0.0218480
  184.         k(   75) = (  -0.2960771   0.5921541  -0.0000000), wk =   0.0218480
  185.         k(   76) = (   0.5921541  -0.2960771   0.8882312), wk =   0.0436959
  186.         k(   77) = (   0.5181349  -0.2220578   0.8142119), wk =   0.0436959




  191. ......



  195. 7  13.3395  17.4365  19.8668  23.1998  24.1815  25.3732  26.5874

  197.           k = 0.2221-0.0740 0.2221 (   310 PWs)   bands (ev):

  199.      0.5832  15.8967  17.8109  20.3542  23.6883  24.8924  25.0502  25.5210

  201.           k = 0.1480 0.0000 0.1480 (   311 PWs)   bands (ev):

  203.      0.0155  18.2760  18.4938  20.6105  23.2468  24.2145  24.6683  26.2335

  205.           k = 0.0000 0.2961 0.0000 (   307 PWs)   bands (ev):

  207.      0.4291  17.9544  17.9544  19.1204  21.4233  23.5784  26.4209  26.4209

  209.           k =-0.0740 0.3701-0.0740 (   301 PWs)   bands (ev):

  211.      0.9948  16.1145  17.3554  18.7294  21.3878  22.5862  27.1202  27.3533

  213.           k =-0.1480 0.4441-0.1480 (   304 PWs)   bands (ev):

  215.      1.8623  13.6613  16.9880  18.0068  20.9313  23.5420  26.5977  27.9089

  217.           k =-0.2221 0.5181-0.2221 (   301 PWs)   bands (ev):

  219.      3.0212  11.2375  16.8593  17.1363  20.5554  25.1800  25.7073  28.4135

  221.           k =-0.2961 0.5922-0.2961 (   303 PWs)   bands (ev):

  223.      4.4494   8.9888  16.3185  16.9674  20.5550  24.8792  26.4534  29.4635

  225.           k = 0.5922-0.2961 0.5922 (   299 PWs)   bands (ev):

  227.      5.9474   7.1578  15.6623  17.3056  20.8898  24.2434  26.8949  31.3678

  229.           k = 0.5181-0.2221 0.5181 (   303 PWs)   bands (ev):

  231.      4.9716   8.3015  15.2206  17.8567  21.5157  23.8557  26.8979  30.4839

  233.           k = 0.4441-0.1480 0.4441 (   304 PWs)   bands (ev):

  235.      3.4680  10.4687  15.0187  18.5868  22.3898  23.7534  26.7222  28.1418

  237.           k = 0.3701-0.0740 0.3701 (   305 PWs)   bands (ev):

  239.      2.2158  12.8515  15.0691  19.4220  23.4427  23.9699  26.0605  26.3938

  241.           k = 0.2961 0.0000 0.2961 (   303 PWs)   bands (ev):

  243.      1.2501  15.2383  15.4850  20.1751  24.3337  24.4984  24.6449  25.7943

  245.           k = 0.0000 0.4441 0.0000 (   303 PWs)   bands (ev):

  247.      1.4560  16.6723  16.6723  17.3909  20.2661  20.9512  28.7625  28.7626

  249.           k =-0.0740 0.5181-0.0740 (   307 PWs)   bands (ev):

  251.      2.2193  14.9023  16.2237  16.5296  19.9515  20.9644  28.7976  29.6655

  253.           k =-0.1480 0.5922-0.1480 (   310 PWs)   bands (ev):

  255.      3.2764  12.5798  15.4119  16.0175  19.6227  22.6053  28.0043  30.1587

  257.           k =-0.2221 0.6662-0.2221 (   307 PWs)   bands (ev):

  259.      4.6115  10.3125  14.3854  16.0554  19.6154  24.5973  27.1546  30.4892

  261.           k = 0.6662-0.2221 0.6662 (   300 PWs)   bands (ev):

  263.      6.1582   8.2837  13.5687  16.3348  19.9145  26.4374  26.4621  31.0360

  265.           k = 0.5922-0.1480 0.5922 (   297 PWs)   bands (ev):

  267.      6.1511   8.2946  12.9972  16.8478  20.4964  25.9238  27.5489  30.5277

  269.           k = 0.5181-0.0740 0.5181 (   303 PWs)   bands (ev):

  271.      4.6055  10.3331  12.6871  17.5774  21.3296  25.6349  27.7126  28.0821

  273.           k = 0.4441 0.0000 0.4441 (   305 PWs)   bands (ev):

  275.      3.2717  12.5261  12.7461  18.4816  22.3578  25.3660  26.1494  27.2854

  277.           k = 0.0000 0.5922 0.0000 (   311 PWs)   bands (ev):

  279.      2.8774  14.8639  15.6922  15.6922  19.2488  19.3153  31.0264  31.0264

  281.           k =-0.0740 0.6662-0.0740 (   311 PWs)   bands (ev):

  283.      3.8299  13.3935  14.3686  15.4045  18.9135  20.0426  30.5119  31.8407

  285.           k =-0.1480 0.7402-0.1480 (   305 PWs)   bands (ev):

  287.      5.0647  11.6789  12.7301  15.3630  18.8463  21.9723  29.6873  32.2066

  289.           k = 0.7402-0.1480 0.7402 (   302 PWs)   bands (ev):

  291.      6.5482   9.7173  11.6493  15.5673  19.0746  24.2011  28.9087  32.3340

  293.           k = 0.6662-0.0740 0.6662 (   300 PWs)   bands (ev):

  295.      7.4917   8.6534  10.9259  16.0134  19.5852  26.3523  28.2561  30.8872

  297.           k = 0.5922 0.0000 0.5922 (   297 PWs)   bands (ev):

  299.      6.0065  10.3698  10.6015  16.6919  20.3538  27.4803  27.7390  28.6953

  301.           k = 0.0000 0.7402 0.0000 (   314 PWs)   bands (ev):

  303.      4.6765  12.0307  15.0340  15.0340  18.4489  18.5049  33.0543  33.0544

  305.           k =-0.0740 0.8142-0.0740 (   308 PWs)   bands (ev):

  307.      5.8066  10.7150  13.7018  14.9103  18.3264  19.5040  32.3736  33.6680

  309.           k = 0.8142-0.0740 0.8142 (   305 PWs)   bands (ev):

  311.      7.1987   9.6149  11.7116  15.0342  18.4684  21.6502  31.5069  33.7132

  313.           k = 0.7402 0.0000 0.7402 (   296 PWs)   bands (ev):

  315.      8.5356   8.8821  10.0166  15.4039  18.8944  24.0640  30.3748  31.9473

  317.           k = 0.0000 0.8882 0.0000 (   302 PWs)   bands (ev):

  319.      6.8300   9.3023  14.7038  14.7038  18.0715  18.1007  34.5166  34.5170

  321.           k = 0.8882 0.0000 0.8882 (   302 PWs)   bands (ev):

  323.      8.1143   8.1245  13.5136  14.7453  18.1339  19.3243  33.6762  34.5326

  325.           k =-0.1480 0.2961-0.0000 (   308 PWs)   bands (ev):

  327.      0.6349  16.7781  17.0037  19.9544  22.6006  23.9630  25.9373  26.0995

  329.           k =-0.2221 0.3701-0.0740 (   305 PWs)   bands (ev):

  331.      1.4035  14.3963  16.4448  19.4311  22.5623  24.1210  25.5807  26.8061

  333.           k =-0.2961 0.4441-0.1480 (   303 PWs)   bands (ev):

  335.      2.4679  11.9184  16.2215  18.6339  22.0667  24.4507  25.7508  27.4585

  337.           k =-0.3701 0.5181-0.2221 (   305 PWs)   bands (ev):

  339.      3.8122   9.5914  16.2299  17.8440  21.8737  23.6566  26.5370  28.9105

  341.           k = 0.5181-0.3701 0.6662 (   302 PWs)   bands (ev):

  343.      5.3675   7.5352  16.4088  17.2486  21.9058  23.0959  26.7694  30.8767

  345.           k =-0.1480 0.4441 0.0000 (   302 PWs)   bands (ev):

  347.      1.6595  15.4545  15.6919  18.0909  21.5281  21.7874  27.2943  28.4792

  349.           k =-0.2221 0.5181-0.0740 (   307 PWs)   bands (ev):

  351.      2.6219  13.1696  15.2643  17.0882  21.2393  23.0851  26.6296  29.1584

  353.           k =-0.2961 0.5922-0.1480 (   307 PWs)   bands (ev):

  355.      3.8698  10.8237  15.1294  16.1378  21.1161  24.7500  25.9803  29.6016

  357.           k = 0.5922-0.2961 0.7402 (   302 PWs)   bands (ev):

  359.      5.3688   8.6735  14.8668  15.7431  21.2770  24.7732  26.9219  30.2947

  361.           k = 0.5181-0.2221 0.6662 (   303 PWs)   bands (ev):

  363.      6.3409   7.5371  14.3583  16.0693  21.6851  24.2908  27.6635  31.2724

  365.           k = 0.4441-0.1480 0.5922 (   302 PWs)   bands (ev):

  367.      4.8445   9.3650  14.0006  16.7284  22.2743  24.0571  27.2951  29.3889

  369.           k = 0.3701-0.0740 0.5181 (   308 PWs)   bands (ev):

  371.      3.4216  11.6000  13.8835  17.6107  22.8961  24.1887  25.7901  28.4703

  373.           k = 0.2961 0.0000 0.4441 (   306 PWs)   bands (ev):

  375.      2.2673  13.8934  14.1316  18.6185  23.3199  23.8916  25.0513  27.7784

  377.           k =-0.1480 0.5922 0.0000 (   311 PWs)   bands (ev):

  379.      3.0774  14.2539  14.6740  15.5474  20.4893  20.5688  28.7802  30.8089

  381.           k =-0.2221 0.6662-0.0740 (   307 PWs)   bands (ev):

  383.      4.2238  12.2246  13.9268  14.7472  20.3683  22.3227  28.0787  31.3931

  385.           k = 0.6662-0.2221 0.8142 (   305 PWs)   bands (ev):

  387.      5.6369  10.0711  13.0296  14.7310  20.4871  24.3932  27.3709  31.5503

  389.           k = 0.5922-0.1480 0.7402 (   300 PWs)   bands (ev):

  391.      7.1249   8.2758  12.2872  15.0832  20.8689  25.9505  27.2176  30.9876

  393.           k = 0.5181-0.0740 0.6662 (   298 PWs)   bands (ev):

  395.      6.1440   9.4246  11.7951  15.7054  21.4885  25.9501  27.4827  29.6246

  397.           k = 0.4441 0.0000 0.5922 (   299 PWs)   bands (ev):

  399.      4.6583  11.4498  11.6732  16.5659  22.2831  25.7773  25.8185  29.2492

  401.           k =-0.1480 0.7402 0.0000 (   312 PWs)   bands (ev):

  403.      4.8715  12.1283  13.9844  14.0877  19.7627  19.8650  30.5027  32.8187

  405.           k = 0.7402-0.1480 0.8882 (   304 PWs)   bands (ev):

  407.      6.1865  10.9064  12.0511  14.0513  19.8548  21.8504  29.8439  32.8315

  409.           k = 0.6662-0.0740 0.8142 (   300 PWs)   bands (ev):

  411.      7.7106   9.5370  10.5779  14.3441  20.1648  24.1492  29.1717  31.3372

  413.           k = 0.5922 0.0000 0.7402 (   300 PWs)   bands (ev):

  415.      7.6415   9.6210   9.9615  14.9002  20.7243  26.2196  28.2916  29.5647

  417.           k = 0.8142-0.0740 0.9623 (   306 PWs)   bands (ev):

  419.      7.0169   9.4719  13.6398  13.6556  19.4389  19.4789  32.3842  33.6992

  421.           k = 0.7402 0.0000 0.8882 (   304 PWs)   bands (ev):

  423.      8.4453   8.4944  11.7364  13.8636  19.6831  21.6902  31.5007  32.0960

  425.           k =-0.2961 0.5922-0.0000 (   306 PWs)   bands (ev):

  427.      3.6743  12.8131  13.0781  15.9308  22.6066  23.0477  26.0148  30.1867

  429.           k = 0.5922-0.2961 0.8882 (   305 PWs)   bands (ev):

  431.      5.0034  10.6807  12.9672  14.9078  22.7012  24.3977  25.8084  30.6089

  433.           k = 0.5181-0.2221 0.8142 (   302 PWs)   bands (ev):

  435.      6.5443   8.6617  13.1533  14.2022  22.7532  24.4037  27.2132  30.4133

  437.           k = 0.6662-0.2221 0.9623 (   303 PWs)   bands (ev):

  439.      5.4518  11.8559  12.3672  13.2853  22.1339  22.3900  27.5005  31.9080

  441.           k = 0.5922-0.1480 0.8882 (   300 PWs)   bands (ev):

  443.      6.9272  10.0838  11.8183  12.7996  22.4204  24.3326  27.0103  30.7293

  445.           k = 0.5181-0.0740 0.8142 (   299 PWs)   bands (ev):

  447.      7.8786   9.0105  11.2303  13.1604  22.7887  25.4461  27.1407  29.1174

  449.           k = 0.4441 0.0000 0.7402 (   305 PWs)   bands (ev):

  451.      6.3996  10.6796  10.9639  13.8933  23.2119  25.1429  26.0113  30.1117

  453.           k = 0.6662-0.0740 0.9623 (   301 PWs)   bands (ev):

  455.      7.5670   9.9282  12.0267  12.1236  21.9234  22.0068  29.3427  31.2618

  457.           k = 0.5922 0.0000 0.8882 (   300 PWs)   bands (ev):

  459.      8.9164   9.2004  10.3881  12.4641  22.3046  24.2514  28.6613  29.0885

  461.           k = 0.5181-0.0740 0.9623 (   302 PWs)   bands (ev):

  463.      8.4129  10.0414  10.6948  11.4929  24.0596  24.5993  26.9041  28.5807

  465.      the Fermi energy is    19.4485 ev

  467. !    total energy              =     -21.54978848 Ry
  468.      estimated scf accuracy    <       0.00000033 Ry
  469.      smearing contrib. (-TS)   =      -0.00051695 Ry
  470.      internal energy E=F+TS    =     -21.54927153 Ry

  472.      The total energy is F=E-TS. E is the sum of the following terms:
  473.      one-electron contribution =      14.55468648 Ry
  474.      hartree contribution      =       0.35133288 Ry
  475.      xc contribution           =     -13.75417757 Ry
  476.      ewald contribution        =     -22.70111332 Ry

  478.      convergence has been achieved in   6 iterations

  480. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
  481.      Error in routine create_directory (1):
  482.      unable to create directory ./tmp/Si2.save/
  483. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

  485.      stopping ...
复制代码
为什么有些能创建tmp临时文件夹，有些任务又不能，很疑惑，求助大佬解惑。


作者
Author: biogon    时间: 2023-5-11 15:20
这不是权限问题吗？
作者
Author: hdb    时间: 2023-5-11 15:29
biogon 发表于 2023-5-11 15:20
这不是权限问题吗？

是的，有的计算成功了jone done，有的就没成功。

我的逻辑是使用python多线程提交任务到每个文件夹内提交任务，设置了4线程并行，但是头四个任务会输出在同一个文件夹内，而其它三个文件夹没有输出，很可能是四线程同时执行，最终进入了同一个文件夹导致的，然后我设置了前四个任务sleep不同时间去执行任务，保证前四个任务路径不会混乱。

现在路径问题修好了，又出现了权限问题，百思不得其解，如果权限出错，应该是都无法计算成功才对
作者
Author: biogon    时间: 2023-5-11 15:51
hdb 发表于 2023-5-11 15:29
是的，有的计算成功了jone done，有的就没成功。

我的逻辑是使用python多线程提交任务到每个文件夹内 ...

换shell脚本试试
作者
Author: hdb    时间: 2023-5-11 16:40
biogon 发表于 2023-5-11 15:51
换shell脚本试试

有道理，我去试一下，谢谢大佬
作者
Author: hdb    时间: 2023-5-11 19:07
biogon 发表于 2023-5-11 15:51
换shell脚本试试

这个思路成功了，结合了网上的多线程脚本和大佬的脚本实现的，代码放这里：
  1. #!/bin/bash
  2. start_time=`date +%s`              #定义脚本运行的开始时间
  3. [ -e /tmp/fd1 ] || mkfifo /tmp/fd1 #创建有名管道
  4. exec 3<>/tmp/fd1                   #创建文件描述符，以可读（<）可写（>）的方式关联管道文件，这时候文件描述符3就有了有名管道文件的所有特性
  5. rm -rf /tmp/fd1                    #关联后的文件描述符拥有管道文件的所有特性,所以这时候管道文件可以删除，我们留下文件描述符来用就可以了
  6. for ((i=1;i<=$1;i++))
  7. do
  8.         echo >&3                   #&3代表引用文件描述符3，这条命令代表往管道里面放入了一个"令牌"
  9. done

  11. label=`ls -d Dst??`
  12. for Dstn in $label ; do
  13.     cd $Dstn
  14.     Dstn_num_list=`ls -d ${Dstn}_??`
  15.     for Dstn_num in $Dstn_num_list ; do
  16.         cd $Dstn_num/
  17.           for inf in *.in
  18.           do
  19.           read -u3
  20.           {
  21.           echo Running ${inf} ...
  22.           time  mpirun -np $2 -x OMP_NUM_THREADS=1 pw.x -i ${inf} > ${inf//in/out}
  23.           echo ${inf} has finished
  24.           echo
  25.           echo >&3
  26.           }&
  27.           done
  28.         cd ../
  29.     done
  30.     cd ../
  31. done

  33. wait

  35. stop_time=`date +%s`  #定义脚本运行的结束时间

  37. echo "TIME:`expr $stop_time - $start_time`"
  38. exec 3<&-                       #关闭文件描述符的读
  39. exec 3>&-                       #关闭文件描述符的写
复制代码


示例命令：sh xxx.sh 3 5
xxx.sh：上面的脚本名
3：第一个参数，线程数
5：第二个参数，并行qe的-np选项的参数，使用核心数

顺便测试了一下：
针对elastic产生的3个Dst文件夹，每个文件夹11个任务，共计33个任务进行测试，本地共16核心               
               
Thread        -np        总用时s
2        8        402
4        4        174
8        2        1004
3        5        236
5        3        187

结论：脚本的两个参数使用  CPU总数开平方  速度最快



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3