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标题: 求助Amber跑高斯加速的LiGaMD（Ligand Gaussian Accelerated MD）的问题 [打印本页]

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2023-5-11 12:06
标题: 求助Amber跑高斯加速的LiGaMD（Ligand Gaussian Accelerated MD）的问题
本帖最后由小蒜泥于 2023-5-11 14:02 编辑

各位大侠，我想请教一个用Amber做 LiGaMD (Ligand Gaussian Accelerated MD) 的问题，我看到网页教程 (http://miaolab.org/GaMD/manual.html) 上说分为5个阶段（如图），其中第二阶段 (蓝色的conventional MD stage) 是收集势能的，而最后一阶段GaMD production stage的boost parameters是不更新的，我按照下图的教程 (http://miaolab.org/GaMD/tutorial.html) 分为了 job1 和 job2 提交运行，job1为 conventional MD 和 GaMD equilibration (igamd=3)，job2为 LiGaMD production simulation (igamd=11), 其中我跑了12ns conventional MD, 100ns GaMD (igamd=3) 和 600ns LiGaMD production runs (igamd=11) ，每 1ps 保存一帧结构，共600000个LiGaMD结构，请问这样设置是对的吗？运行的结果发现 job1阶段生成的 gamd.log 文件中，Boost-Energy-Potential 等数值都是正常的，因为跑了10 ns，所以共100000个数值，而 job2 生成的 gamd.log文件中，Boost-Energy-Potential 和 Boost-Energy-Dihedral都是 0.00（如图），我不知道这是正常的吗？还有就是在后期做 2D PMF图分析的时候 (http://miaolab.org/PyReweighting/)，需要用到 gamd.log中的数值生成weights.dat文件，请问这里的 gamd.log 文件是用 job1生成的 gamd.log 文件吗（因为job2生成的都是0 ？)，并且还需要从MD中选取关键反应坐标，提取其随每一帧的变化数值，我想问一下，这里用到的轨迹文件是我做的 600ns 的 LiGaMD (production stage) 的600000个结构吗，还是前面生成的轨迹呢？但 Reweighting的一步又同时需要weights.dat和提取的坐标文件，这两者的数值如果分别取自 job1和 job2，数量不同，请问是不是这样做不对？应该用那些文件的数值来分析呢？附上了我在 job1 和 job2 中的输入文件(.in文件)以及分别生成的 gamd.log文件，还有分析用到的提取的坐标 d1-d2.dat 文件和 weights.dat，请老师们帮我看一下有没有问题，这方面的小白，第一次尝试这种方法，请各位指教，非常感谢！！

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2023-5-11 12:12
不好意思各位，刚才 job1-gamd.log和 job2-gamd.log文件没有上传成功，我分别截一下图，附在这里，谢谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 47) (, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 12:27

小蒜泥发表于 2023-5-11 12:12
不好意思各位，刚才 job1-gamd.log和 job2-gamd.log文件没有上传成功，我分别截一下图，附在这里，谢谢！

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2023-5-11 14:06

sobereva 发表于 2023-5-11 12:27
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

不好意思sob老师，之前没注意到这个问题，刚才重新编辑了原帖，下次注意，谢谢！

作者
Author: rpestana94 时间: 2023-5-12 00:04
You can ask directly to the developers sending an email to: gamd-discuss@lists.sourceforge.net

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2023-5-12 11:04

rpestana94 发表于 2023-5-12 00:04
You can ask directly to the developers sending an email to:

好的老师，我问一下，谢谢！

作者
Author: Jiao 时间: 2023-6-22 15:03
您好，请问解决了麽？我也遇到了相同的问题

作者
Author: Lyueyang2020 时间: 2023-9-9 09:15
非常感谢您的分享，目前正在初步学习中，但是没找到完整的高斯加速动力学教程，您放置的链接我打不开，您方便分享一下教程pdf版本吗，万分感谢！
目前根据以下链接（https://blog.csdn.net/yuyuyu1014/article/details/121968270）初步尝试做了一下，vmd显示蛋白结构(升温阶段乃至生产阶段）不太清楚是哪里出现问题，如有指点不胜感激。

作者
Author: lulu_we 时间: 2023-10-11 09:46
同求楼主分享一份教程PDF，想学GaMD但又打不开教程网站

作者
Author: student0618 时间: 2024-6-20 17:39
I also tried GaMD in my research, I found that the developer has moved the tutorial to another site around the end of 2023.
In case anyone here need it, the latest GaMD tutorial website (for Amber) is https://www.med.unc.edu/pharm/miaolab/resources/gamd/tutorial/

作者
Author: elfen 时间: 2024-9-16 15:52
本帖最后由 elfen 于 2024-9-16 15:53 编辑

你运行job2的时候，gamd-restart.dat文件在当前目录下吗，它记录了加速参数，如果没有的话后面那几列应该就是0，我遇到过一次类似的

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