计算化学公社

标题: 请问一下使用cp2k跑AIMD，我这个盒子大小能使用单gamma点吗 [打印本页]

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Author: Weldingspock 时间: 2023-5-11 15:37
标题: 请问一下使用cp2k跑AIMD，我这个盒子大小能使用单gamma点吗
各位老师好，我的输入文件和体系上传到这里。想请各位看一下我这个盒子大小和体系跑AIMD能使用单gamma点吗，还是说需要做收敛性测试呢。如果需要做收敛性测试应该怎么做好一些。因为这个结构的优化一直是用vasp做的，所以想请问一下各位。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 16:00
只考虑gamma点勉勉强强，能再扩50%长度更好

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-5-11 16:09

sobereva 发表于 2023-5-11 16:00
只考虑gamma点勉勉强强，能再扩50%长度更好

谢谢sob老师的回复，主要是再大50%的话vasp结构优化就很费事了。我先用这个大小跑AIMD看看，谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 22:39

Weldingspock 发表于 2023-5-11 16:09
谢谢sob老师的回复，主要是再大50%的话vasp结构优化就很费事了。我先用这个大小跑AIMD看看，谢谢您

有什么理由不用CP2K优化？

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-5-15 17:30

sobereva 发表于 2023-5-11 22:39
有什么理由不用CP2K优化？

老师不让我毕业算么，他不太懂cp2k，也不让我用

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 19:37

Weldingspock 发表于 2023-5-15 17:30
老师不让我毕业算么，他不太懂cp2k，也不让我用

先斩后奏
反正想要的结果都算出来了，他也不可能再让你非得用VASP重算一遍

作者
Author: ljh123 时间: 2024-12-17 23:47

sobereva 发表于 2023-5-11 16:00
只考虑gamma点勉勉强强，能再扩50%长度更好

sob老师，盒子尺寸一般多大可以只考虑gamma点呢？我的是水溶液体系，17*17*17的尺寸，137个水分子+1个铁络合物分子，总共452个原子。这样可以只考虑gamma点吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-18 02:49

ljh123 发表于 2024-12-17 23:47
sob老师，盒子尺寸一般多大可以只考虑gamma点呢？我的是水溶液体系，17*17*17的尺寸，137个水分子+1个铁 ...

看体系特征（与周期镜像的耦合程度），不光看盒子尺寸
这种分子液体，当前盒子尺寸可以只考虑gamma点

作者
Author: JCenter 时间: 2025-3-5 21:26

sobereva 发表于 2024-12-18 02:49
看体系特征（与周期镜像的耦合程度），不光看盒子尺寸
这种分子液体，当前盒子尺寸可以只考虑gamma点

老师，我的体系是交联聚合物与水的体系，共561个原子（交联聚酰胺426个原子+45个水分子），之前做模拟交联，z方向非周期性的原因，导致后来加完水分子，298K后弛豫的盒子尺寸XY和楼主的相近：13.18埃*13.18埃*31.715埃。用cp2k做高温下聚酰胺水解的FPMD,不知道盒子大小是否合适呢，不知道该怎么考虑衡量盒子尺寸的大小，毕竟，盒子越大，原子数越多，耗时越久。不如分子力场下的盒子大小好确定：截断半径要小于盒子最短边长的1/2。（我提供了体系结构pdb文件和cp2k的输入文件）
2.我看cp2k讲义中的FPMD部分，没有要考虑k点收敛的，最多就是增加截断能
感谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-6 02:27

JCenter 发表于 2025-3-5 21:26
老师，我的体系是交联聚合物与水的体系，共561个原子（交联聚酰胺426个原子+45个水分子），之前做模拟交 ...

如果只是关注于描述局部水解瞬间的过程，没什么问题。如果还关心之后产物扩散、分布等问题，就太小，当然FPMD本来也不适合研究后者，很难算得动。

作者
Author: JCenter 时间: 2025-3-6 13:48

sobereva 发表于 2025-3-6 02:27
如果只是关注于描述局部水解瞬间的过程，没什么问题。如果还关心之后产物扩散、分布等问题，就太小，当然 ...

感谢卢老师

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