计算化学公社

标题: 求助使用构建索引文件命令使用方法 [打印本页]

作者
Author: LY123 时间: 2023-5-11 16:04
标题: 求助使用构建索引文件命令使用方法
本人在模拟蛋白配体复合物体系时希望通过脚本计算氢键占有率等分析数据，但是在如图所示有一步骤时，建立索引文件卡住，求教这一步命令该怎么输入

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 22:41
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-12 10:30
sob老师之前的这个帖子有详细解答
http://bbs.keinsci.com/thread-16290-1-1.html

作者
Author: LY123 时间: 2023-5-25 16:52

sobereva 发表于 2023-5-11 22:41
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

感谢老师，请问再此步-n和-o都要使用吗？
为什么我新建的索引文件无法只包括蛋白和小分子，总会有其他组，如no-water、ions等

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-26 04:47

LY123 发表于 2023-5-25 16:52
感谢老师，请问再此步-n和-o都要使用吗？
为什么我新建的索引文件无法只包括蛋白和小分子，总会有其他组 ...

其它的是默认产生的组，你不用就甭管它们就完了
-n是对之前已有的索引文件进行编辑，不写就是创建新的索引文件。-o可以明确指定产生的名字，不写就用默认的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)