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标题: 求助：模拟中得到的构象如何在下一次模拟中保持稳定结合 [打印本页]

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-12 16:55
标题: 求助：模拟中得到的构象如何在下一次模拟中保持稳定结合
本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-12 17:05 编辑

前面放了两条链以及两个配体在水体系下进行模拟，通过计算得到了自由能较低的一帧构象，该构象为两条主体夹着一个配体，通过氢键结合，我希望拿这个构象去放到另一个体系（醇水体系）进行下一次模拟，跑完后结构发现该构象在跑的过程分散开来了，请问有没有什么办法能让这个构象在模拟过程始终结合在一起呢？
我尝试对xtc文件进行了-pbc whole，-pbc mol -center（让目标构象居中），再通过-pbc cluster（选择目标构象），但依然没能解决问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合，还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况，尝试先把结合区域加上限制势模拟一段时间，然后再把限制势放开继续跑（续跑时候读取之前模拟最后的状态）

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-12 18:31

sobereva 发表于 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合，还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况，尝试先把结合 ...

但实际上第一次模拟的得到的构象在水体系下也只维持了100帧不到，没有办法让这个构象的三个分子稳定结合在盒子中心吗？

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-13 11:22

sobereva 发表于 2023-5-12 18:04
一个可能是在当前溶剂下本来就不会自发稳定结合，还一个可能是模拟方式问题。对于后一种情况，尝试先把结合 ...

sob老师，请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢？

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-13 13:54

sd6512066 发表于 2023-5-13 11:22
sob老师，请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢？

对于初始结构中你感兴趣的原子施加position restrain?

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-13 16:11

sd6512066 发表于 2023-5-13 11:22
sob老师，请问具体要如何实现在结合区域加上限制势呢？

看不清楚你的结构

就是用position_restraint字段实现。自己手写也行，借助gmx genrestr也行

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-13 17:30

萌新杨同学发表于 2023-5-13 13:54
对于初始结构中你感兴趣的原子施加position restrain?

感谢感谢

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-13 17:31

sobereva 发表于 2023-5-13 16:11
看不清楚你的结构

就是用position_restraint字段实现。自己手写也行，借助gmx genrestr也行

感谢sob老师

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