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标题: 求助：请问如何在MS里面构建TIP4P/2005水模型 [打印本页]

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Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-12 17:03
标题: 求助：请问如何在MS里面构建TIP4P/2005水模型
各位老师好，我想在MS里面做关于MOF吸附药物分子的模拟，看到几篇文献中都用到了TIP4P/2005水模型，但是不懂其中的原理与普通水分子模型有什么区别，之前在论坛里翻帖子闲逛看了有一位老师说，MS2019是不可以构建和计算TIP4P/2005水模型的，但是也没有说得很清楚，如果MS里面不能构建这样的水模型，是否可以用MS可构建的水模型来模拟我的体系呢？故特意发帖询问其它老师，提前感谢各位老师的解答。

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Author: sobereva 时间: 2023-5-12 17:59
我不怎么用M$，但如果你没找到任何一篇文章在M$里用四点水模型的话，说明M$根本就不可能支持四点水模型。四点水模型牵扯到虚拟点，需要程序的专门支持
用GROMACS跑这种体系极其理想。小分子和MOF部分都能用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件，各种主流水模型都能在GROMACS里用（TIP4P/2005并没什么优点，不如用固定电荷的四点水模型里最好的OPC）。北京科音分子动力学与GROMACS培训班里也都详细讲了在GROMACS中四点水模型的使用、全面讲解了各种水模型的特点和差异。

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Author: chenzhe 时间: 2023-5-14 15:23
能，就是挺麻烦。forcite弄含虚原子的模型很麻烦。其实有参数就能弄，手动编辑ms的off力场文件，把需要tip4p的参数加进去，虚原子的参数也要写到off里面，然后计算时候手动分配力场类型。远不如gromacs等方便

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Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-15 13:38

chenzhe 发表于 2023-5-14 15:23
能，就是挺麻烦。forcite弄含虚原子的模型很麻烦。其实有参数就能弄，手动编辑ms的off力场文件，把需要tip4 ...

感谢老师回复，老师的意思就是只要有相关参数其实就是能做的是吗？因为我们组，甚至我们院都没人做过计算，我从研一入学自己摸索到现在，并且老师只让我学习了MS，可能是因为我们学院有买MS的版权，不知可否向老师您加一个联系方式。

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Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-15 13:51

chenzhe 发表于 2023-5-14 15:23
能，就是挺麻烦。forcite弄含虚原子的模型很麻烦。其实有参数就能弄，手动编辑ms的off力场文件，把需要tip4 ...

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老师，这是文献中给出的参数，具备这些参数就可以在MS里构建虚原子的水模型吗？

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Author: chenzhe 时间: 2023-5-17 14:11

MOFs的小奴隶发表于 2023-5-15 13:51
老师，这是文献中给出的参数，具备这些参数就可以在MS里构建虚原子的水模型吗？

可以了，手动把这些参数写到off文件里面。比如你要用cvff力场的话，就把这些写cvff.off里面，按照off的标准格式（ms的help里面有说明）。不过我是不建议用forcite,gmx方便太多了

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