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标题: GROMACS模拟甘油酯界面该如何选取分子力场 [打印本页]

作者
Author: where11982 时间: 2023-5-14 15:06
标题: GROMACS模拟甘油酯界面该如何选取分子力场
我想做一个甘油三酯和水的两相界面，看一些胆固醇、甾醇类物质和脂肪酸的分布。要模拟的甘油酯包括三丁酸甘油酯、三辛酸甘油酯、三油酸甘油酯和一些二甘酯，分子。我的问题是：1.我是应该采用Slipids分子力场进行模拟，还是使用GAFF分子力场进行模拟，或者使用charmm36力场？2.对于甘油酯分子是否有必要讨论其不同的构象，如三叉戟、叉式、椅式、T式构象？
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-14 19:24
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF的拓扑文件

那些构象是做MD之后分析轨迹统计出来的，如果跟你实际研究的问题有关就讨论，否则也没必要非得讨论

作者
Author: where11982 时间: 2023-5-15 01:04
好的，感谢sob老师

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