计算化学公社

标题: 用multiwfn分析NBO分子轨道 [打印本页]

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-12 19:36
标题: 用multiwfn分析NBO分子轨道
老师好，我想用multiwfn分析自然键轨道NBO，可是看到说明里说用输出文件不要误用.fchk文件，我想问问那指导里说的输出文件指的是.log文件吗？可是这个软件不支持.log文件，我迷糊了，不知道我要用NBO方法画图分析不同原子对分子轨道的贡献需要的输入文件到底是什么格式了？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-12 19:51
就是.out或.log文件
没说不支持Gaussian输出文件，某些功能必须用Gaussian输出文件，NAO方法分析分子轨道成份是这样，AdNDP分析也是这样。

这跟绘制NBO轨道图是完全两码事，看轨道图看这个博文
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-12 20:06
谢谢老师，我好好看看

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-13 10:34
老师好，我想用NBO plot作为输入文件，以下是我用高斯计算的输入文件：
%chk=D:\data\data\MOS\new\plot\2-1\bpy.chk
%nproc=8
%mem=4000MB
#p b3lyp/6-31g(d) opt  pop=nboread

Title Card Required

2 1
.
.
.

$NBO plot file=D:\data\data\MOS\new\plot\2-1\bpy $END
可是计算出现了问题，一下是输出文件
Gaussian 09:  EM64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
            13-Jul-2016
******************************************
%chk=D:\data\data\MOS\new\plot\2-1\bpy.chk
%nproc=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
%mem=4000MB
ntrex1

是服务器核数不够用吗？我要怎么办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-13 11:50

Eliza-NZH 发表于 2016-7-13 10:34
老师好，我想用NBO plot作为输入文件，以下是我用高斯计算的输入文件：
%chk=D:\data\data\MOS\new\plot\2 ...

32bit windows版Gaussian最多只能用4核，内存最多1.2~1.5GB

作者
Author: Eliza-NZH 时间: 2016-7-13 12:11
我是用SSH远程linnux下提交服务器计算的，不是在自己的笔记本上windows下操作的，我不知道远程文件路径要怎么写，这是我想计算完让文件存在远程服务器的地址路径
[zhaoyu@cluster plot]$ pwd
/hibstorage/zhaoyu/job/nzh/bpy-Fe/MOS/2-1/plot
[zhaoyu@cluster plot]$
求大神指导下输入文件在远程提交的时候怎么写

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