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标题: 求助：vmd的tcl脚本无法运行 [打印本页]

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 11:20
标题: 求助：vmd的tcl脚本无法运行
各位老师，请问我的vmd运行tcl脚本过程中，出现以下情况是因为什么？内存太大导致的还是什么原因，电脑配置？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 13:19
尝试64bit的VMD，或者修改脚本

32bit的只能最多用2GB，如果脚本执行过程中没恰当释放内存（诸如删除atomselect对象），就会因为内存不够而崩溃

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 16:51

sobereva 发表于 2023-5-15 13:19
尝试64bit的VMD，或者修改脚本

32bit的只能最多用2GB，如果脚本执行过程中没恰当释放内存（诸如删除atom ...

多问sob老师一句，释放内存用vmd的什么命令？

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 19:21

sobereva 发表于 2023-5-15 13:19
尝试64bit的VMD，或者修改脚本

32bit的只能最多用2GB，如果脚本执行过程中没恰当释放内存（诸如删除atom ...

除此之外，sob老师，原本32系统能运行的脚本，换到64位之后，发现vmd无法打开轨迹文件了。不管是lammpstrj轨迹文件还是xyz轨迹文件

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 19:38

mengxiangidea 发表于 2023-5-15 16:51
多问sob老师一句，释放内存用vmd的什么命令？

诸如atomselect0 delete用来删除atomselect0对象并释放内存

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 19:38

mengxiangidea 发表于 2023-5-15 19:21
除此之外，sob老师，原本32系统能运行的脚本，换到64位之后，发现vmd无法打开轨迹文件了。不管是lammpstr ...

我不知道你用的哪个64bit的
本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 19:42

sobereva 发表于 2023-5-15 19:38
我不知道你用的哪个64bit的
本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题

Windows 64-bit, CUDA, OptiX, OSPRay (64-bit Intel x86_64) (Windows 10)
老师，这是我在vmd官网上面下的，能请老师指路vmd 1.9.3 64bit的下载路口嘛？是Linux系统下的还是window的？

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 19:44

sobereva 发表于 2023-5-15 19:38
我不知道你用的哪个64bit的
本论坛里第三方编译的那个VMD 1.9.3 64bit至今我没有在载入轨迹时出现过问题

我大概清楚是下载的vmd的版本问题，在论坛里面和百度里面找到缘由了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 20:01

mengxiangidea 发表于 2023-5-15 19:42
Windows 64-bit, CUDA, OptiX, OSPRay (64-bit Intel x86_64) (Windows 10)
老师，这是我在vmd官网上面 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-15 21:59

sobereva 发表于 2023-5-15 20:01
http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html

sob老师，我使用这个下载vmd后还是一样
结果错误如下：Unable to load file 'system.xyz' using file type 'xyz'.
我输入的是dc system.xyz system.xyz mass_yz 1 1 1 -6 150 39 -6 250 64 0 133 33 {type 2 3}
在工作路径下放置了一个tcl脚本和轨迹文件。这个输入的dc在vmd.rc文件加里面加了一句source+路径/dc.tcl的命令。

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2023-5-16 13:22

sobereva 发表于 2023-5-15 20:01
http://bbs.keinsci.com/thread-23119-1-1.html

sob老师，用这个网站下的md还是无法打开。

作者
Author: lyj714 时间: 2023-5-16 14:32
本帖最后由 lyj714 于 2023-5-16 14:33 编辑

什么乱七八糟的问题。你要做的就是确定两点:
第一，你输入文件到底什么名字，从第一张图看出是lammps轨迹，名称system.lammpstrj，所以你后面用system.xyz是几个意思。
第二，你当前vmd工作路径到底在哪，这个直接终端输入pwd肯定可以显示具体的绝对路径，如果文件名确定没有问题，那肯定就是文件没有在pwd显示的这个路径下，自己放到这个路径就行了。

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