计算化学公社

标题: gromacs的md npt的部分出现the potential energy is nan的报错 [打印本页]

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-15 14:06
标题: gromacs的md npt的部分出现the potential energy is nan的报错
做的是蒙脱土（二维黏土基材料）在KCL溶液中的体系，用的是ClayFF力场，填充的水模型是spc216，进行了能量最小化，已经按照sob老师的方法对步长、升温速度等进行过修改，还是失败，希望各位大佬能帮忙看一下，基础模型gro以及em后的gro、npt.mdp、top放在了压缩文件中。

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-16 20:29
本帖最后由萌新杨同学于 2023-5-16 20:31 编辑

首先你是用的是Clayff2004也就是Cygan开发的最原始的Clayff力场，该力场是不能考虑粘土矿物的边缘的
你看看你的模型，是包含了边缘断键的
你在能量最小化的过程中边缘的氧原子都飞走了你都没发现？

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-16 21:41

萌新杨同学发表于 2023-5-16 20:29
首先你是用的是Clayff2004也就是Cygan开发的最原始的Clayff力场，该力场是不能考虑粘土矿物的边缘的
你看 ...

谢谢您的答复，是我疏忽没有发现边缘氧原子走了。我现在是应该更换一个Clayff立场吗。

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-17 11:16

蒋杭廷发表于 2023-5-16 21:41
谢谢您的答复，是我疏忽没有发现边缘氧原子走了。我现在是应该更换一个Clayff立场吗。

这取决于你是否要考虑粘土矿物边缘
我不清楚你要模拟什么体系

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-18 16:31

萌新杨同学发表于 2023-5-17 11:16
这取决于你是否要考虑粘土矿物边缘
我不清楚你要模拟什么体系

您好，我又检查了模型，发现了问题。模型中的1，3行，原子之间发生了粘连。本来应该和2，4行一样的。这是在水溶液中添加完离子发生的，在前一步的添加水溶液后，模型还是正常的。我上传了加完水后的模型，请您过目。

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-18 16:33
添加完水后的模型

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-18 16:50

萌新杨同学发表于 2023-5-17 11:16
这取决于你是否要考虑粘土矿物边缘
我不清楚你要模拟什么体系

然后我做了一个索引文件，在能量最小化之前就把蒙拓土模型给固定住了，但是还是没有成功。依然是那样的报错。

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-18 16:55

萌新杨同学发表于 2023-5-17 11:16
这取决于你是否要考虑粘土矿物边缘
我不清楚你要模拟什么体系

具体就是四层蒙脱石在KCL溶液中，模拟离子迁移。

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-20 10:55

蒋杭廷发表于 2023-5-18 16:31
您好，我又检查了模型，发现了问题。模型中的1，3行，原子之间发生了粘连。本来应该和2，4行一样的。这是 ...

已经跟你说了你模型不适合original Clayff力场，因为有clay边缘
你的模型就算现在没报错也不见得就能跑，不信你试试看看边缘的原子飞不飞出去
还有，你确定你现在的整体电荷是0，能够保持电中性？
最后，我没记错的话公社的规定是在别人回复你之前要在之前的帖子上进行编辑。。。你直接连发三条。。

作者
Author: 蒋杭廷 时间: 2023-5-30 10:27

萌新杨同学发表于 2023-5-20 10:55
已经跟你说了你模型不适合original Clayff力场，因为有clay边缘
你的模型就算现在没报错也不见得就能跑 ...

感谢您的回复，我重新搭建模型之后解决了，之前模型有一些问题

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