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标题: 为什么rdf峰升高，但得到氢键数反而降低？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-5-15 15:40
标题: 为什么rdf峰升高，但得到氢键数反而降低？
各位老师好，我在研究聚合物-乙醇体系，并跑了同一个盒子下在不同温度的NPT模拟，温度上升，盒子相应变大

我计算了聚合物链上羰基氧原子与乙醇上羟基氢原子间RDF峰，发现随温度升高，峰高变高，

随后用gmx hbond计算了羰基氧原子与乙醇分子间形成的氢键数，发现随温度升高，形成的平均氢键数降低，

想请问各位老师，RDF峰升高应该反映相互作用变强，计算出来氢键数降低却说明其中相互作用变弱，这种自相矛盾的结论该怎么处理？

谢谢各位老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 19:59
搞清楚氢键的判据。氢键键长和键角都要考虑
温度高了由于热运动加强，形成较理想氢键的可能性会减弱、落入氢键判据的可能性会降低。

此外还注意一点是rdf的标准定义里分母有个被统计粒子在盒子中的平均密度，NPT下升温会令盒子膨胀，对此项有影响。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-5-15 20:21
本帖最后由高处裹棉被于 2023-5-15 20:53 编辑

sobereva 发表于 2023-5-15 19:59
搞清楚氢键的判据。氢键键长和键角都要考虑
温度高了由于热运动加强，形成较理想氢键的可能性会减弱、落入 ...

谢谢sob老师回答，

想再追问一下，这种情况下用氢键数多少的比较才是对于相互作用的强弱更合理的判断？

而因为盒子的大小不同，对其通过rdf的峰高判断原子间相互作用的强弱是否没有意义？只有固定盒子大小的情况，用NVT系综下比较rdf才可以？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-16 20:40

高处裹棉被发表于 2023-5-15 20:21
谢谢sob老师回答，

想再追问一下，这种情况下用氢键数多少的比较才是对于相互作用的强弱更合理的判断 ...

用氢键数对比

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