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标题: FCclasses3.0计算IC速率求助 [打印本页]

作者
Author: xezhang 时间: 2023-5-15 15:59
标题: FCclasses3.0计算IC速率求助
各位老师好，最近在学习用FCclasses3.0计算S1-S0的内转换速率Kic，需要非绝热耦合的结果文件。看了使用手册，还是不太明白。想请教大家这个文件用高斯怎么得到呢？谢谢大家

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

作者
Author: xezhang 时间: 2023-5-15 19:37

xuhj199508 发表于 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

哇塞！真的可以！太感谢啦！！！

作者
Author: xezhang 时间: 2023-5-15 20:42

xuhj199508 发表于 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

你好~刚刚用FCclasses3算了一个分子的IC速率，都正常结束了，但是在fcc.out文件里显示IC值为0，请教一下这是什么原因呀？相关的输入输出文件已上传到附件中。麻烦你啦~谢谢你喔

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-5-16 08:38

xezhang 发表于 2023-5-15 20:42
你好~刚刚用FCclasses3算了一个分子的IC速率，都正常结束了，但是在fcc.out文件里显示IC值为0，请教一下 ...

你的nac文件中的元素都为0，我用你的激发态文件生成的nac文件见附件。

作者
Author: xezhang 时间: 2023-5-16 09:46

xuhj199508 发表于 2023-5-16 08:38
你的nac文件中的元素都为0，我用你的激发态文件生成的nac文件见附件。

我刚刚用你给的nac文件试着算了一下IC速率，得到的数值是正常的耶！太感谢啦！可以再麻烦您给一个用g16计算nac的激发态S1的输入文件示例吗？

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-5-16 13:26

xezhang 发表于 2023-5-16 09:46
我刚刚用你给的nac文件试着算了一下IC速率，得到的数值是正常的耶！太感谢啦！可以再麻烦您给一个用g16计 ...

就按你现在这么算就可以了。

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-7 13:29

xuhj199508 发表于 2023-5-16 08:38
你的nac文件中的元素都为0，我用你的激发态文件生成的nac文件见附件。

您好，我用FCclass3.0计算好几个分子的IC，但是出现有一个分子IC是负值，请问您遇到过这种情况吗？

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-9-7 13:40

xm.liu 发表于 2023-9-7 13:29
您好，我用FCclass3.0计算好几个分子的IC，但是出现有一个分子IC是负值，请问您遇到过这种情况吗？

如果当前COORDS选择的是CARTESIAN，可以换成INTERNAL试试。

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-7 13:45
本帖最后由 xm.liu 于 2023-9-7 13:55 编辑

xuhj199508 发表于 2023-9-7 13:40
如果当前COORDS选择的是CARTESIAN，可以换成INTERNAL试试。

好的好的，感谢您的回复，就是我计算前几个都是用的CARTESIAN（我看手册的绝热过程使用的都是CARTESIAN）,算出来的数值很正常，就是这个是负数，这两种坐标形式对计算结果有啥影响呢

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-9-7 15:21

xm.liu 发表于 2023-9-7 13:45
好的好的，感谢您的回复，就是我计算前几个都是用的CARTESIAN（我看手册的绝热过程使用的都是CARTESIAN） ...

对于AH和VH模型，如果初态和末态结构变化较大，使用CARTESIAN可能没法很好的描述分子的扭转和旋转。

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-7 17:15

xuhj199508 发表于 2023-9-7 15:21
对于AH和VH模型，如果初态和末态结构变化较大，使用CARTESIAN可能没法很好的描述分子的扭转和旋转。

非常感谢您的回复，我尝试了更换坐标类型，得到了正的IC值，但是out文件里输出的重组能值两种坐标之下算出来的相差巨大，这是什么原因呢？因为我之前用别的方法计算了黄昆因子（计算结果与CARTESIAN坐标系计算结果一致），所以我的计算结果还是有点问题，您有什么建议吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-9-7 17:32

xm.liu 发表于 2023-9-7 10:15
非常感谢您的回复，我尝试了更换坐标类型，得到了正的IC值，但是out文件里输出的重组能值两种坐标之下算 ...

看Phys. Chem. Chem. Phys., 2012, 14, 13549–13563

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-7 19:27

wzkchem5 发表于 2023-9-7 17:32
看Phys. Chem. Chem. Phys., 2012, 14, 13549–13563

谢谢老师的回复

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-9-8 08:43

xm.liu 发表于 2023-9-7 17:15
非常感谢您的回复，我尝试了更换坐标类型，得到了正的IC值，但是out文件里输出的重组能值两种坐标之下算 ...

一般两种COORDS得到的重组能不会相差很多，所以直接采用internal的就可以了。

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-8 11:01
本帖最后由 xm.liu 于 2023-9-8 11:30 编辑

xuhj199508 发表于 2023-9-8 08:43
一般两种COORDS得到的重组能不会相差很多，所以直接采用internal的就可以了。

感谢您的回复，但是两个COORDS下相差巨大，CARTESIAN算出来2.18ev,和用高斯算出来的一致，INTERNAL0.20ev,

作者
Author: cokie 时间: 2023-12-18 22:31

xm.liu 发表于 2023-9-8 11:01
感谢您的回复，但是两个COORDS下相差巨大，CARTESIAN算出来2.18ev,和用高斯算出来的一致，INTERNAL0.20ev ...

我看了一下您算的这个分子是个花菁，那大概率算的是垂直吸收/发射过程的重组能吧，如果重组能高达2.18 eV，那斯托克斯位移岂不是有600 nm左右，有没有可能搞错了呢？0.2eV那个看着反而比较正常。

作者
Author: 15689900879@163 时间: 2024-4-20 14:39

xuhj199508 发表于 2023-9-8 08:43
一般两种COORDS得到的重组能不会相差很多，所以直接采用internal的就可以了。

老师您好，我采用internal，报错FATAL ERROR: Int Coords sets on State1 and State2 have different size。
请问这种情况如何解决呢？使用CARTESIAN，计算得到的为负值。

作者
Author: cokie 时间: 2024-6-4 17:41

xuhj199508 发表于 2023-9-8 08:43
一般两种COORDS得到的重组能不会相差很多，所以直接采用internal的就可以了。

您好！看了您在此贴中的讨论，获益良多。

我遇到了使用FCclasses3计算基态（S0）和第一单重激发态（S1）之间的IC速率时，选用不同的COORDS（笛卡尔和内坐标），得到的速率相差极大（笛卡尔~1E+6，内坐标高达~2.0E+11），想向您请教我应如何理解这个现象，以及应该选用哪个结果作为最终的结果呢？

我的分子是钛菁的锌配合物，模型选择的是AH模型，分子初末态结构变化很小。

期待得到您的回复！祝好

作者
Author: qian. 时间: 2025-2-21 14:19

15689900879@163 发表于 2024-4-20 14:39
老师您好，我采用internal，报错FATAL ERROR: Int Coords sets on State1 and State2 have different siz ...

你好，请问你解决了这个问题吗，我目前也遇到了这个问题，不知道该怎么解决

作者
Author: cokie 时间: 2025-2-21 16:10

qian. 发表于 2025-2-21 14:19
你好，请问你解决了这个问题吗，我目前也遇到了这个问题，不知道该怎么解决

出现这种报错，你可以打开输出文件查看：
在输出文件的寻找如下字段处

------------------------------------------------------
n Coeff type label Value
------------------------------------------------------

你可以发现state 1 和 state 2的内坐标定义不一样。
以 18L 所给出的输出文件为例，可以发现state 1中少了包含Br22的内坐标部分。这大概率是因为，用来输出.state文件的源文件中，这个成键由于超出了计算软件判断成键的范围，因此没有相连，自然不会有内坐标定义，所以导致了fcc报出相应错误。

解决方案有两个：
1. 手动修改state文件，把缺的内坐标定义补全；
2. 重新计算缺失相应定义的态文件，例如在高斯里加上geom=connectivity来保证别原子链接的判断。

作者
Author: wangxm 时间: 2025-2-25 17:13

xezhang 发表于 2023-5-15 20:42
你好~刚刚用FCclasses3算了一个分子的IC速率，都正常结束了，但是在fcc.out文件里显示IC值为0，请教一下 ...

您好，我想请教一下nac文件是如何得到的呢？我用g09计算的nac,关键词和您贴出的NAC的log文件中的一样，prop=(fitcharge,field) iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2)，可是当我运行gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac时，提示如下：Reading non-adiabatic coupling elements.
WARNING: Section 'Nonadiabatic coupling' not present in the FcHk file.
ERROR: 'Nonadiabatic coupling'section not found

作者
Author: wangxm 时间: 2025-2-25 17:50

xuhj199508 发表于 2023-5-16 13:26
就按你现在这么算就可以了。

您好，我想请教一下nac文件是如何得到的呢？我用g09计算的nac,关键词和上面贴出的NAC的log文件中的一样，prop=(fitcharge,field) iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2)，可是当我运行gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac时，提示如下：Reading non-adiabatic coupling elements.
WARNING: Section 'Nonadiabatic coupling' not present in the FcHk file.
ERROR: 'Nonadiabatic coupling'section not found

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-2-25 18:25

wangxm 发表于 2025-2-25 10:50
您好，我想请教一下nac文件是如何得到的呢？我用g09计算的nac,关键词和上面贴出的NAC的log文件中的一样， ...

NAC有三种计算方法，（1）Hellmann-Feynman NAC，或者叫Chernyak-Mukamel公式；（2）用Lagrangian方法，可以考虑Pulay term；（3）用原子核处的电场梯度推出NAC。
（3）和（1）等价，（2）比（1）、（3）更准。高斯以前只支持（3），可能是从Gaussian 09的某个revision开始支持（2）。早期MOMAP等软件的教程因为是在高斯支持（2）之前写的，所以教的是（3）的做法，但是现在没有任何理由用（3）而不用（2）了，因为（2）更准，除非你只有很老版本的高斯或很老版本的MOMAP。
FCclasses是否支持（3）我不确定，因为（3）是帅志刚老师他们提出的，MOMAP以外的软件的开发者未必在高斯支持（2）之前即已知晓（3）这种算法的存在。
你现在这个关键词的写法是（3）的写法，如无特殊原因，应当更换为（2）的写法，即写TD=NAC，参见https://gaussian.com/td/
关于三种NAC计算方法的区别和联系，参见https://en.wikipedia.org/wiki/Vibronic_coupling

作者
Author: wangxm 时间: 2025-3-13 09:51

wzkchem5 发表于 2025-2-25 18:25
NAC有三种计算方法，（1）Hellmann-Feynman NAC，或者叫Chernyak-Mukamel公式；（2）用Lagrangian方法， ...

非常感谢老师的火大，我们用的高斯09D.01，但是g09按照TD=NAC写，会识别不了报错

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-13 10:30

wangxm 发表于 2025-3-13 02:51
非常感谢老师的火大，我们用的高斯09D.01，但是g09按照TD=NAC写，会识别不了报错

那可能高斯16才支持

作者
Author: wangxm 时间: 2025-3-13 11:15

wzkchem5 发表于 2025-3-13 10:30
那可能高斯16才支持

是的

作者
Author: Lmb 时间: 2025-3-17 14:25
本帖最后由 Lmb 于 2025-3-18 15:43 编辑

xuhj199508 发表于 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

作者
Author: Alpharay 时间: 2025-3-31 13:15

你好，我用帖子里的文件计算的IC速率是 IC rate constant (s-1) -2.161+144 这是什么情况呢？？
fcc.inp文件如下
$$$
PROPERTY    = IC ; OPA/EMI/ECD/CPL/RR/TPA/TPCD/MCD/IC/NRSC
MODEL       = AH ; AS/ASF/AH/VG/VGF/VH
DIPOLE    = FC ; FC/HTi/HTf
TEMP       = 300.00 ; (temperature in K)
BROADFUN    = GAU  ; GAU/LOR/VOI
HWHM       = 0.01 ; (broadening width in eV)
METHOD    = TD ; TI/TD
SPCMIN = -1
SPCMAX = 10.0
;VIBRATIONAL ANALYSIS
NORMALMODES  = COMPUTE ; COMPUTE/READ/IMPLICIT
COORDS    = CARTESIAN ; CARTESIAN/INTERNAL
;INPUT DATA FILES
STATE1_FILE  = LDOH-4-charge-td-opt-freq.fcc
STATE2_FILE  = LDOH-4-charge.fcc
NAC_FILE    = nac_LDOH-4-charge-td-opt-freq_fchk

作者
Author: Alpharay 时间: 2025-3-31 13:17

你好，我用帖子里的文件计算的IC速率是 IC rate constant (s-1) -2.161+144 这是什么情况呢？？
fcc.inp文件如下
$$$
PROPERTY    = IC ; OPA/EMI/ECD/CPL/RR/TPA/TPCD/MCD/IC/NRSC
MODEL       = AH ; AS/ASF/AH/VG/VGF/VH
DIPOLE    = FC ; FC/HTi/HTf
TEMP       = 300.00 ; (temperature in K)
BROADFUN    = GAU  ; GAU/LOR/VOI
HWHM       = 0.01 ; (broadening width in eV)
METHOD    = TD ; TI/TD
SPCMIN = -1
SPCMAX = 10.0
;VIBRATIONAL ANALYSIS
NORMALMODES  = COMPUTE ; COMPUTE/READ/IMPLICIT
COORDS    = CARTESIAN ; CARTESIAN/INTERNAL
;INPUT DATA FILES
STATE1_FILE  = LDOH-4-charge-td-opt-freq.fcc
STATE2_FILE  = LDOH-4-charge.fcc
NAC_FILE    = nac_LDOH-4-charge-td-opt-freq_fchk

作者
Author: wcy鱼饵 时间: 2025-4-2 09:26

xuhj199508 发表于 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

您好我用这样的方式计算出来的NAC都显示0，我是以基态为结构只优化了激发态而后又用一个输入文件以激发态结构为初猜进行了freq计算，我转NAC文件的时候使用的是优化激发态后的fchk文件，想问问是不是这个原因所导致的？

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