计算化学公社

标题: 求助：windows下使用xtb6.5.1与6.6.0优化结构，均出现报错信息：forrtl: severe (172) [打印本页]

作者
Author: sophia527 时间: 2023-5-15 16:45
标题: 求助：windows下使用xtb6.5.1与6.6.0优化结构，均出现报错信息：forrtl: severe (172)
windows下使用xtb6.5.1与6.6.0优化结构，均出现报错信息：forrtl: severe (172): Program Exception - exception code = 0x7e (126)，请问是为什么？如何调整？麻烦了！
计算单分子或者二聚体都是一样的报错。

# atoms in fragment 1/2: 216 216
fragment masses (1/2) :    1475.84    1475.84
CMA distance (Bohr) :  27.252
constraining FC (au) :  0.0500
forrtl: severe (172): Program Exception - exception code = 0x7e (126)
Image             PC             Routine          Line       Source
KERNELBASE.dll    00007FF9FB98CF19  Unknown             Unknown  Unknown
mkl_intel_thread.  00007FF95CB10A26  Unknown             Unknown  Unknown
mkl_intel_thread.  00007FF95CB103B5  Unknown             Unknown  Unknown
xtb.exe          00007FF677C3D756  Unknown             Unknown  Unknown
xtb.exe          00007FF67728B976  XTB_EEQ_mp_GOEDEC       482  eeq_model.f90
xtb.exe          00007FF676EED9CB  XTB_PROG_MAIN_mp_       557  main.F90
xtb.exe          00007FF676EFF51F  MAIN__                   57  primary.f90
xtb.exe          00007FF677CCCDCE  Unknown             Unknown  Unknown
xtb.exe          00007FF677CD6D00  Unknown             Unknown  Unknown
KERNEL32.DLL    00007FF9FC067614  Unknown             Unknown  Unknown
ntdll.dll       00007FF9FDCA26A1  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: exity 时间: 2023-5-15 17:00
可以把结构发出来看看。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-15 19:50
windows版毛病多，有问题时先尝试linux版

作者
Author: sophia527 时间: 2023-5-15 20:32

sobereva 发表于 2023-5-15 19:50
windows版毛病多，有问题时先尝试linux版

老师，我用molclus_1.9.9.9win调用xtb计算，计算单个分子都没问题，很快就出结果了。但是计算由genmer生成的10个二聚体结构时，就会报错，如下：
  *** Configuration    1  ***
Current date: 2023-05-15 Time: 20:29:57
Loading geometry       1 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    33 s
但是我对例子中dopamine.xyz的二聚体计算时就没有问题。
这是因为我的分子太大了吗？我一个分子中有220个原子，二聚体就是440个原子。

作者
Author: sophia527 时间: 2023-5-15 20:33

exity 发表于 2023-5-15 17:00
可以把结构发出来看看。

结构不太好发，文章还没发呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-16 20:41

sophia527 发表于 2023-5-15 20:32
老师，我用molclus_1.9.9.9win调用xtb计算，计算单个分子都没问题，很快就出结果了。但是计算由genmer生 ...

手动运行molclus提示的命令看xtb.out里显示什么报错相关信息没有

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-16 20:57
有可能是bug，建议在xtb的github页面的issue区（https://github.com/grimme-lab/xtb/issues）提一下这个问题

作者
Author: sophia527 时间: 2023-5-17 09:10

sobereva 发表于 2023-5-16 20:41
手动运行molclus提示的命令看xtb.out里显示什么报错相关信息没有

molecular fragmentation (1/2 indicates fragments):
111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
# atoms in fragment 1/2: 216 216
fragment masses (1/2) :    1382.05    1382.05
CMA distance (Bohr) :  31.521
constraining FC (au) :  0.0500

         -------------------------------------------------
      |                G F N 0 - x T B                |
         -------------------------------------------------

      Reference                   10.26434/chemrxiv.8326202.v1
   * Hamiltonian:
      H0-scaling (s, p, d)          2.000000 2.486800 2.270000
      zeta-weighting                1.000000
   * Dispersion:
      s8                            2.850000
      a1                            0.800000
      a2                            4.600000
      s9                            0.000000
   * Repulsion:
      kExp                         1.500000
      rExp                         1.000000
   * Coulomb:
      alpha                         0.000000
      third order                   atomic
      anisotropic                   false
   * Polar bond correction:
      rad-shift                   0.053700
      strength                   -0.012900
      en-exp                      3.484700
      en-scale                      0.509700

      ...................................................
      :                   SETUP                   :
      :.................................................:
      :  # basis functions             1288       :
      :  # atomic orbitals             1284       :
      :  # shells                         868       :
      :  # electrons                   1064       :
      :  electronic temp.       300.0000000    K :
      :  accuracy                   1.0000000       :
      :  -> integral cutoff       0.2500000E+02    :
      :  -> integral neglect       0.1000000E-07    :
      ...................................................
到这就没了。

作者
Author: sophia527 时间: 2023-5-17 09:11

wzkchem5 发表于 2023-5-16 20:57
有可能是bug，建议在xtb的github页面的issue区（https://github.com/grimme-lab/xtb/issues）提一下这个问 ...

好的，谢谢

作者
Author: lyj714 时间: 2023-5-17 09:43
最开始的那个报错我记得是Windows上有的bug，那个6.6.0。最后这个报错，如果你还是用的Windows，那就是omp stack不足，运行时候需要先设置一下，比如cmd先输入set OMP_STACKSIZE=4G

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-6-28 13:53

sophia527 发表于 2023-5-17 09:10
molecular fragmentation (1/2 indicates fragments):
1111111111111111111111111111111111111111111111 ...

你好，我也出现了这样的情况，面对大体系就直接没了，但是小体系还是可以计算，应该是哪里设置有问题吧？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)