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标题: 求助clayff力场的氧原子区分 [打印本页]

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-5-15 20:17
标题: 求助clayff力场的氧原子区分
老师们好，我已经建立好了蒙脱石模型，现在想用clayff力场编写itp文件，但对这个力场参数中的几种氧原子区分不是很明白，像这张图片中的ohs oh怎么区分

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-16 20:12
本帖最后由萌新杨同学于 2023-5-17 19:38 编辑

ohs是连接在同晶置换的金属原子的羟基氧，oh就是普通的羟基氧
不建议你手搓拓扑文件（毕竟你连这个力场的各种原子都没搞清楚），有现成的clayff的拓扑工具包
比如，Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom，你可以把这个文章看一看
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Cygan et al.2021综述里的图，标注了各种原子类型

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