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标题: 分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布 [打印本页]

作者
Author: superrice 时间: 2023-5-17 11:25
标题: 分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布
本帖最后由 superrice 于 2023-5-17 17:10 编辑

AuToFF (Auxiliary Tools of Force Field) 是一款完全自主开发的可视化力场辅助工具，对外免费开放，采用网页端图形界面设计风格，用户即可点击鼠标实现在线使用，轻松实现分子建模和力场拓扑文件生成，即可一站式获得分子动力学计算软件的力场拓扑文件或建模工具的输入文件，继而直接进行分子动力学模拟，可以极大的降低分子动力学模拟用户使用门槛。
软件免费使用链接https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... e-tool/auto-ff-home
软件使用手册链接https://autoff.readthedocs.io/en/latest/index.html
AuToFF工具解决了现有的力场拓扑文件生成工具的诸多局限性，如：无法适应所有的力场形式和多款分子动力学模拟计算软件，缺乏复杂体系建模功能，不能正确分配体系的力场参数，力场参数缺失以及难以计算分配体系中的原子电荷等。

主要功能：

实现2D分子建模及其3D分子显示
支持复杂体系建模，包括碳材料(富勒烯、石墨烯、碳纳米管)和聚合物体系(均聚物、嵌段共聚物、无规共聚物)
提供晶体材料结构库和金属/共轭有机框架结构库
支持现有的主流力场（GAFF、CVFF、OPLS、CGenFF）、二代力场(CFF、COMPASS)、通用力场形式(UFF、Dreiding)、联合原子力场（TraPPE-UA、OPLS-UA、GROMOS）、13种水模型力场（OPC, OPC3, SPC, SPC/E, SPC/Eb, TIP3P, TIPS3P, TIP3P-FB, TIP4P, TIP4P/Ew, TIP4P/2005, TIP4P/ICE, TIP4P/ε ）
针对特定体系支持使用力场，如离子液体体系（CL&P、OPLS-2009IL、Merz离子力场、Haiyang Zhang离子力场)，界面体系(interface力场)，MOF体系（UFF4MOF、UFF4MOFII）、黏土体系（ClayFF）
支持九种类型原子电荷的计算，包括基于机器学习的第一性原理精度的RESP原子电荷、MMFF94、AM1-BCC、Qeq、RESP（GFN2-XTB精度）、CM5、1.2*CM5、1.14*CM1A和1.14*CM1A-LBCC
针对MOF/COF等周期性体系支持多种电荷计算方法，包括GMP-QEq、MEPO-QEq、m-CBAC、ffp4mof
通过选择杂化力场进行单个力场参数缺失的补齐
支持多种结构数据文件导入和分子结构文件下载
支持生成简单分子体系、复杂分子体系、金属/共轭有机框架体系、晶体材料体系、混合体系的力场拓扑文件
支持生成多款分子动力学计算软件的力场拓扑文件或建模工具的输入文件,包括LAMMPS, GROMACS, AMBER, Moltemplate, OpenMM, Tinker, CHARMM

AuToFF未来还有很多新功能会逐步更新，如下：

mSeminario方法拟合力常数（已开发完，近期上线）
集成modified ClayFF，OPLS-DES等一些其他的LJ和Morse形式的小众力场
集成可极化力场
非混合规则的原子对LJ参数检索
类似GaussView的3D分子建模
基于空间群的晶体建模
ReaxFF反应力场和多体势的数据库
支持生成NAMD和RASPA计算软件输入文件
周期性体系的AM1-BCC、EQEq、I-QEq和MMFF94电荷计算
碳材料添加官能团的建模功能
类似ChemDraw的二维聚合物建模
ANI机器学习力场
蛋白质、核酸、多糖体系的残基库、磷脂双分子层建模
全原子—Martini粗粒化力场映射

敬请期待~~~

感谢广大用户使用AuToFF工具，欢迎您提出需求及改进建议，我们都将会积极处理与回复~

常见问题：

上传的结构文件无法显示？
通常原因都是文件格式不规范导致的，AuToFF开发的时候严格基于文件的官方格式文档，对于一些不规范的格式兼容性较差，多见于pdb格式（symbol列没有写）和cif格式（结构未精修，存在分数占据）。用户可以检查文件格式，或者用其他软件，如VESTA打开后重新保存为其他格式。

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-17 11:40
这个感觉很厉害待会测试一下

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-17 11:51
我加载MIL101半天加载不出来，不知道是什么原因呢

作者
Author: fudao21s 时间: 2023-5-17 12:45
感觉挺厉害

给大佬点赞

作者
Author: naoki 时间: 2023-5-17 12:55
这么全面的吗，我去试试

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-17 14:05

nianbin 发表于 2023-5-17 11:51
我加载MIL101半天加载不出来，不知道是什么原因呢

MIL101有14000多个原子，浏览器渲染不动

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-17 14:24
支持

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-5-17 16:15
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-17 16:21 编辑

开源吗？会不会用的人多了就收费？还是说只能在hzw的平台上用？挂靠在hzw，大伙不放心。

并且不支持二面角参数拟合也是很大的缺陷。

作者
Author: superrice 时间: 2023-5-17 16:27
本帖最后由 superrice 于 2023-5-17 17:52 编辑

Entropy.S.I 发表于 2023-5-17 16:15
开源吗？会不会用的人多了就收费？还是说只能在hzw的平台上用？挂靠在hzw，大伙不放心。

并且不支持二面 ...

不开源，对于多重二面角的参数拟合，AuToFF计划会支持，计划需要调用超算资源做量化的势能面扫描。AuToFF作为一个独立的工具会是永久免费的，大家可以放心使用，有任何问题欢迎提问~

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-5-17 16:35

superrice 发表于 2023-5-17 16:27
不开源，对于多重二面角的参数拟合，AuToFF计划会支持，计划需要调用超算资源做量化的势能面扫描。现有的 ...

会支持自行提供QM的扫描结果去拟合么？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-5-17 17:01

superrice 发表于 2023-5-17 16:27
不开源，对于多重二面角的参数拟合，AuToFF计划会支持，计划需要调用超算资源做量化的势能面扫描。现有的 ...

这就过于封闭了，毕竟并不是只有hzw一家有算力

作者
Author: superrice 时间: 2023-5-17 17:06

喵星大佬发表于 2023-5-17 16:35
会支持自行提供QM的扫描结果去拟合么？

可以支持的，已在开发计划中

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-22 15:36
离子液体功能中我试了几个分子不能给出电荷信息请问应该咋办呀，这里直接就只能上一步不能下一步了

作者
Author: superrice 时间: 2023-5-23 09:55

nianbin 发表于 2023-5-22 15:36
离子液体功能中我试了几个分子不能给出电荷信息请问应该咋办呀，这里直接就只能上一步不能下一步了

EC结构不属于离子液体，属于溶剂，请移步全原子模块使用。类似于 FSI等离子液体分子才可在此模块正确使用

作者
Author: nianbin 时间: 2023-5-23 13:31

superrice 发表于 2023-5-23 09:55
EC结构不属于离子液体，属于溶剂，请移步全原子模块使用。类似于 FSI等离子液体分子才可在此模块正确使用

我在全原子力场中选择CL&P也不行

作者
Author: superrice 时间: 2023-5-23 16:24

nianbin 发表于 2023-5-23 13:31
我在全原子力场中选择CL&P也不行

CL&P力场本身没有对EC分子的力场描述，只针对离子液体体系，自然也就没有相应的力场参数，建议可以更换成GAFF等全原子力场

作者
Author: chenzhe 时间: 2023-5-24 09:03

nianbin 发表于 2023-5-23 13:31
我在全原子力场中选择CL&P也不行

CL&P也是离子液体的力场啊，你的不是离子液体啊

作者
Author: honest 时间: 2023-6-7 15:33
请问楼主，我看B站说AutoFF会匹配RASPA软件的输入文件，不知道什么时候会上线呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-7 21:39

honest 发表于 2023-6-7 15:33
请问楼主，我看B站说AutoFF会匹配RASPA软件的输入文件，不知道什么时候会上线呢？

下个月更新一个大版本，会和2d聚合物建模、碳材料官能团修饰功能、多体势一起上线，到时候会顺便增加NAMD、RASPA和GOMC三种新的软件格式。

作者
Author: yuzc 时间: 2023-6-26 21:25
感谢作者提供如此优质的解放生产力的工具！
您好，我有两个问题想咨询：
1. 后期是否支持python的API接口？以便解决高通量筛选的需求，结构较多。
2. 使用默认数据库中的COF结构时，点击下一步后，一直在加载中转圈，等了很久都无法跳到下一步。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-26 23:20
本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-26 23:25 编辑

yuzc 发表于 2023-6-26 21:25
感谢作者提供如此优质的解放生产力的工具！
您好，我有两个问题想咨询：
1. 后期是否支持python的API接口 ...

1. 现在有其他更紧急的开发任务，是面向力场参数拟合的，需要用C++实现一个我们自己的MD引擎，所以这些边边角角的功能暂时不会添加，后期会考虑类似MP网站那样，提供一个api接口的python包，用户申请了api_key之后，通过请求访问。
2. 这个是web前端的锅，太大的结构3d渲染不动，等下下个版本会做性能优化的。

作者
Author: ShangChien 时间: 2023-7-6 09:18
网页的分子画板似乎使用了chemdoodle，还请注意GPLv3的开源协议权利和义务。
如果HZW买了商业版本license的话，请在相关网页的about位置告知用户，否则真不敢用。

作者
Author: LIEL 时间: 2023-7-6 22:54
以后是否可以支持上传聚合物单体，做个临时的单体库，目前在聚合物建模板块好像只能用内置的单体

作者
Author: superrice 时间: 2023-7-7 11:16

LIEL 发表于 2023-7-6 22:54
以后是否可以支持上传聚合物单体，做个临时的单体库，目前在聚合物建模板块好像只能用内置的单体

嗯，已经在做啦

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-7 11:48

ShangChien 发表于 2023-7-6 09:18
网页的分子画板似乎使用了chemdoodle，还请注意GPLv3的开源协议权利和义务。
如果HZW买了商业版本license ...

web前端的代码已经在github上做了开源：https://github.com/LZ0211/AuToFF-Front

作者
Author: ShangChien 时间: 2023-7-7 19:17

slxc920113 发表于 2023-7-7 11:48
web前端的代码已经在github上做了开源：https://github.com/LZ0211/AuToFF-Front

恭喜hzw完成首个开源库的壮举！

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-13 17:33

honest 发表于 2023-6-7 15:33
请问楼主，我看B站说AutoFF会匹配RASPA软件的输入文件，不知道什么时候会上线呢？

已经上线RASPA格式的支持，我对这个软件不是很熟，是对着手册开发完的，也烦请测试一下有没有错误。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-13 17:34

LIEL 发表于 2023-7-6 22:54
以后是否可以支持上传聚合物单体，做个临时的单体库，目前在聚合物建模板块好像只能用内置的单体

已经增加了2D的聚合物建模功能，可以随便绘制自己的单体，欢迎试用

作者
Author: honest 时间: 2023-7-19 18:06

slxc920113 发表于 2023-7-13 17:33
已经上线RASPA格式的支持，我对这个软件不是很熟，是对着手册开发完的，也烦请测试一下有没有错误。

好的，非常感谢您的开发匹配的RASPA的力场

作者
Author: xiaowu759 时间: 2023-7-20 06:44
It seems very good.

作者
Author: LIEL 时间: 2023-8-2 13:46

slxc920113 发表于 2023-7-13 17:34
已经增加了2D的聚合物建模功能，可以随便绘制自己的单体，欢迎试用

非常棒的功能，十分好用，不过有两点问题想请教一下；
1. 通过2D建模创建的聚合物与内置的单体所建有很大差别，例如聚吡咯由内置的单体所建模特别笔直（与使用手册上案例类似），而通过建模所得到的卷曲在一起，所以由AuToFF创建的聚合物需要进行预优化吗；
2. 所得的电荷是否可以直接用来模拟，还是需要将寡聚物的电荷计算后填入聚合物；

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-3 23:26

LIEL 发表于 2023-8-2 13:46
非常棒的功能，十分好用，不过有两点问题想请教一下；
1. 通过2D建模创建的聚合物与内置的单体所建有很 ...

1. 二面角不要用随机，用默认的180度就是笔直的了。
2. 电荷可以直接用的，是基于单体片段和左右的两个单体结构进行计算的。

作者
Author: wenbinsu 时间: 2023-8-4 13:53
收藏了，感谢大佬！

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-8-4 15:25
有个问题请教一下：
MMFF94电荷计算结果和社长的sobtop调用OpenBabel计算的结果不一致，有点疑惑不知道是什么情况。

我用的是sobtop的example5里的Neoprene_40.mol2文件测试的。

这是Autoff计算结果：
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
这是sobtop调用OpenBabel的结果：
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-4 19:49

五好先森发表于 2023-8-4 15:25
有个问题请教一下：
MMFF94电荷计算结果和社长的sobtop调用OpenBabel计算的结果不一致，有点疑惑不知道是 ...

第一步时候的体系的总电荷是不是设置错的？

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-8-4 19:58

slxc920113 发表于 2023-8-4 19:49
第一步时候的体系的总电荷是不是设置错的？

没错呀，Autoff里charge设置的是0，跟sobtop一样。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-4 20:35
那你检查看看sobtop的总电荷是不是零？

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-8-4 20:44

slxc920113 发表于 2023-8-4 20:35
那你检查看看sobtop的总电荷是不是零？

sobtop计算完之后，在cmd窗口里显示的总电荷是0，我打开它的itp文件把电荷手动加了一下，是9.33e-15（不知道这个数怎么来的，原子电荷的小数点明明没有这么多位），应该也算是0吧。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-4 21:12

五好先森发表于 2023-8-4 20:44
sobtop计算完之后，在cmd窗口里显示的总电荷是0，我打开它的itp文件把电荷手动加了一下，是9.33e-15（不 ...

可能我写出bug了，我回头检查一下

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-4 23:31

五好先森发表于 2023-8-4 20:44
sobtop计算完之后，在cmd窗口里显示的总电荷是0，我打开它的itp文件把电荷手动加了一下，是9.33e-15（不 ...

修复了

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-8-6 22:18

slxc920113 发表于 2023-8-4 23:31
修复了

辛苦辛苦，感谢提供的这个工具，还是挺好用的

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-8-19 16:56
我又发现一个问题，用AutoFF生成的spce水分子模型的nrexcl参数是3，但是我看力场原始文件（比如Charmm36和OPLSAA）中的spce水分子模型的nrexcl参数是2。
AutoFF生成的其他水分子模型我没有测试，但是上述力场原始文件中的spc、spce、tip3p、tip4p、tip5p模型的nrexcl值都是2。
希望能修复一下这个bug。谢谢

作者
Author: zzffzz33 时间: 2023-8-20 20:12
真是好物！认真研究下

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-21 11:02
本帖最后由 slxc920113 于 2023-8-21 11:04 编辑

五好先森发表于 2023-8-19 16:56
我又发现一个问题，用AutoFF生成的spce水分子模型的nrexcl参数是3，但是我看力场原始文件（比如Charmm36和O ...

水分子不存在二面角，2和3的非键相互作用计算效果应该是一样的，一定要强迫症的话，我就去改了。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-8-26 19:06
没有gromos啊

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-26 21:47

关于时间DE 发表于 2023-8-26 19:06
没有gromos啊

我删掉了，因为Gromos的成键参数的不是基于定义好的原子类型的，要兼容现在AuToFF的逻辑必须要增加新的原子类型（比如六元环上的SP3碳），虽然实际的LJ参数没变。感觉可能带来误会，所以就干脆删除了这个力场。

作者
Author: 奥利给 时间: 2023-8-28 21:42
老师好，请问在用AuToFF软件生成聚酰胺的拓扑文件时，在这里出现了improper项，这种情况怎么办？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-29 01:12
本帖最后由 slxc920113 于 2023-8-29 01:27 编辑

奥利给发表于 2023-8-28 21:42
老师好，请问在用AuToFF软件生成聚酰胺的拓扑文件时，在这里出现了improper项，这种情况怎么办？

酰胺键本来就是平面结构，有improper二面角是正常的

作者
Author: 奥利给 时间: 2023-8-29 09:01

slxc920113 发表于 2023-8-29 01:12
酰胺键本来就是平面结构，有improper二面角是正常的

好的老师，我还想问一下，如果我想要卷曲的那种聚酰胺微塑料的话，是要先从该软件中导出top文件，然后进行预处理（MD模拟），还是先处理好然后再导出top文件，我之前是先用MS预处理，然后再导出，会发现导出的top文件没有键角、二面角等

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-8-29 09:52

奥利给发表于 2023-8-29 09:01
好的老师，我还想问一下，如果我想要卷曲的那种聚酰胺微塑料的话，是要先从该软件中导出top文件，然后进 ...

先导出拓扑文件，你要卷曲的结构，就把程序生成的直链结构pdb文件在XTB-GFNFF级别下做MD就行。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-7 21:11
本帖最后由关于时间DE 于 2023-9-7 21:16 编辑

slxc920113 发表于 2023-8-26 21:47
我删掉了，因为Gromos的成键参数的不是基于定义好的原子类型的，要兼容现在AuToFF的逻辑必须要增加新的原 ...

收到！我现在在用L-OPLS了。针对烷烃系统，您觉得还有必要再算一遍1.2CM5电荷吗，还是使用文献给出的参数就好啊。还有就是二面角参数和原文不一样。 (, 下载次数 Times of downloads: 43) (, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-9-8 00:37

关于时间DE 发表于 2023-9-7 21:11
收到！我现在在用L-OPLS了。针对烷烃系统，您觉得还有必要再算一遍1.2CM5电荷吗，还是使用文献给出的参数 ...

CT-CT-CT-CT是4个亚甲基的二面角，你得找到对应的二面角呀。
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-8 09:02

slxc920113 发表于 2023-9-8 00:37
CT-CT-CT-CT是4个亚甲基的二面角，你得找到对应的二面角呀。

抱歉抱歉，粗心大意了，谢谢老师

作者
Author: xiaona 时间: 2023-9-22 16:59
我想知道autoff有文献支撑吗

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-9-26 11:54
本帖最后由 LiuSX 于 2023-9-26 11:56 编辑

GNN-RESP和XTB-RESP这两个RESP电荷里，前者是基于机器学习的，后者是GFN2-XTB精度的，对吗？哪个更好？GFN2-XTB精度的RESP电荷相比高斯def-TZVP级别下计算的RESP电荷如何？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-9-26 16:59

LiuSX 发表于 2023-9-26 11:54
GNN-RESP和XTB-RESP这两个RESP电荷里，前者是基于机器学习的，后者是GFN2-XTB精度的，对吗？哪个更好？GFN2 ...

GNN的原始训练集的精度很高，而且是RESP2电荷，所以如果元素支持的时候，它的精度更高。GFN2的精度和def2-TZVP相比差远了，如果你自己有RESP电荷的话，建议手动替换了。

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-9-27 14:41

slxc920113 发表于 2023-9-26 16:59
GNN的原始训练集的精度很高，而且是RESP2电荷，所以如果元素支持的时候，它的精度更高。GFN2的精度和def2 ...

好的我理解了。我的分子原子数太多，数百个，传统方式不太好处理，才想着借助AuToFF生成RESP电荷。

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-11-2 16:15
您好，这边有个关于原子类型配置的问题。

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-11-2 16:15
本帖最后由五好先森于 2023-11-2 16:22 编辑

您好，这边有个关于OPLS力场原子类型配置的问题。
(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

对于SAS阴离子，与S相连的3个O可以自己选择配置为opls272（O in COO- carboxylate）或者opls494（O in sulfone）
(, 下载次数 Times of downloads: 38)

但是对于SDS阴离子，与S相连的3个O只能被配置为opls272
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

我个人感觉opls494是不是更符合实际情况啊，用LigParGen生成的参数好像是opls494的，这个原子类型识别的问题能修复一下吗？谢谢。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-6 13:18

五好先森发表于 2023-11-2 16:15
您好，这边有个关于OPLS力场原子类型配置的问题。

已处理。
对于SDS这种离子体系，更建议使用离子液体的力场参数。OPLS-2009IL和CL&P两个力场都支持硫酸根和磺酸根离子。

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-11-6 13:32

slxc920113 发表于 2023-11-6 13:18
已处理。
对于SDS这种离子体系，更建议使用离子液体的力场参数。OPLS-2009IL和CL&P两个力场都支持硫酸根 ...

多谢，受教了，我后面试一下。

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-11-6 14:16

slxc920113 发表于 2023-11-6 13:18
已处理。
对于SDS这种离子体系，更建议使用离子液体的力场参数。OPLS-2009IL和CL&P两个力场都支持硫酸根 ...

您好，对于CL&P和OPLS-2009IL力场，SDS中S-O-C的O似乎也应该是归属为OS4，这边没有办法手动修改。

(, 下载次数 Times of downloads: 43)

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-6 14:27

五好先森发表于 2023-11-6 14:16
您好，对于CL&P和OPLS-2009IL力场，SDS中S-O-C的O似乎也应该是归属为OS4，这边没有办法手动修改。

OC4是正确的呀，就是C-O-S4中的O

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-11-6 14:55

slxc920113 发表于 2023-11-6 14:27
OC4是正确的呀，就是C-O-S4中的O

我没有这个力场的源文件，不过从这里看我觉得C-O-S中的O是不是也应该是OS4呀？

(, 下载次数 Times of downloads: 45)

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-6 15:13

五好先森发表于 2023-11-6 14:55
我没有这个力场的源文件，不过从这里看我觉得C-O-S中的O是不是也应该是OS4呀？

OS4是单配位的O，OC4是2配位的O，这个示意图的红色没有完全标对

作者
Author: 五好先森 时间: 2023-11-6 15:30

slxc920113 发表于 2023-11-6 15:13
OS4是单配位的O，OC4是2配位的O，这个示意图的红色没有完全标对

明白了，多谢多谢。

作者
Author: thor 时间: 2023-11-18 17:26
尝试了MOF集里面的UIO-67,选择了UFF4MOF力场，CCDC电荷生成了gromacs相关文件，但是MD跑不了，结构崩溃，我认为是生成的力场参数可能有问题
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-19 13:34
本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-19 13:50 编辑

thor 发表于 2023-11-18 17:26
尝试了MOF集里面的UIO-67,选择了UFF4MOF力场，CCDC电荷生成了gromacs相关文件，但是MD跑不了，结构崩溃，我 ...

和力场参数无关。
mdp里面需要加上periodic-molecules = yes
然后把itp里面的pairs里面的1-4相互作用项删掉了，如果只有MOF成分，那么修改top里面的gen-pairs=no也可以，因为1-4库伦相互作用的计算在带大量净电荷的无机簇结构的计算中会存在明显不合理的问题，在-3价的磷酸根这种体系中也会出现。

作者
Author: thor 时间: 2023-11-19 14:10

slxc920113 发表于 2023-11-19 13:34
和力场参数无关。
mdp里面需要加上periodic-molecules = yes
然后把itp里面的pairs里面的1-4相互作用项删 ...

不行啊，能量最小化都有问题

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-19 14:43

thor 发表于 2023-11-19 14:10
不行啊，能量最小化都有问题

那就把二面角也删除（Improper需要保留）

作者
Author: thor 时间: 2023-11-19 16:32

slxc920113 发表于 2023-11-19 14:43
那就把二面角也删除（Improper需要保留）

没有生成Improper，能量最小化过程几个苯环上的C原子都不共平面了

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-19 21:31

thor 发表于 2023-11-19 16:32
没有生成Improper，能量最小化过程几个苯环上的C原子都不共平面了

肯定有improper的
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: thor 时间: 2023-11-20 10:00

slxc920113 发表于 2023-11-19 21:31
肯定有improper的

确实可以跑，但是苯环上的C原子好像有点歪？

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-21 15:28
好物，我想问个问题，文献当中是OPLS-AA，我这里用OPLS-AA/L代替可以不
In the simulation, the TIP3P, OPLS-AA and CHARMM force fields are determined for water, involved ions

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-21 15:47

七尺贱发表于 2023-11-21 15:28
好物，我想问个问题，文献当中是OPLS-AA，我这里用OPLS-AA/L代替可以不
In the simulation, the TIP3P, OP ...

OPLS-AA/L本来就是OPLS-AA力场的具体版本

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-21 16:15

slxc920113 发表于 2023-11-21 15:47
OPLS-AA/L本来就是OPLS-AA力场的具体版本

受教了，网站确实好用，会推荐给周围的人用，发文章也会引用

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-26 16:35
你好请问在上传文件聚合物单链后，大约600+原子，分配电荷一步始终没有出现结果是为什么呢？是体系过大吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-26 22:39

liu840397562 发表于 2023-11-26 16:35
你好请问在上传文件聚合物单链后，大约600+原子，分配电荷一步始终没有出现结果是为什么呢？是体系过大吗？

全原子模块算不动这么大体系的电荷，聚合物请在聚合物模块处理，聚合物模块会自动对结构切片处理。

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-28 22:14

slxc920113 发表于 2023-11-26 22:39
全原子模块算不动这么大体系的电荷，聚合物请在聚合物模块处理，聚合物模块会自动对结构切片处理。

但是聚合物模块好像不能上传自己的mol2文件之类的是吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-28 22:55

liu840397562 发表于 2023-11-28 22:14
但是聚合物模块好像不能上传自己的mol2文件之类的是吗？

用2D建模基本上可以搭建出任何聚合物。https://autoff.readthedocs.io/en/latest/User%20Guide.html#d

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-29 15:51

slxc920113 发表于 2023-11-28 22:55
用2D建模基本上可以搭建出任何聚合物。https://autoff.readthedocs.io/en/latest/User%20Guide.html#d

谢谢您的回复，这个功能挺不错的，但是有个问题，我的目标是建立6种自定义单体的随机共聚，这样的话该2D建模似乎无法完成，而功能里的随机共聚物建模只能选择数据库中的单体。这种情况下我是不是就暂时没法使用了。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-29 17:38
本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-29 17:41 编辑

liu840397562 发表于 2023-11-29 15:51
谢谢您的回复，这个功能挺不错的，但是有个问题，我的目标是建立6种自定义单体的随机共聚，这样的话该2D ...

(, 下载次数 Times of downloads: 36)
切好单体，然后在外面再套一层括号，选择连接方式为eu就可以实现随机聚合，但是伪随机。

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-11-29 19:44

slxc920113 发表于 2023-11-29 17:38
切好单体，然后在外面再套一层括号，选择连接方式为eu就可以实现随机聚合，但是伪随机。

原来是这样，这下彻底懂啦

，我去尝试一下，感谢指导！

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-11-30 18:50
本帖最后由 LiuSX 于 2023-11-30 18:59 编辑

有个小问题，OPLS-AA力场（M和L）并不自带Zn2+的范德华参数，但AutoFF可以导出OPLS-AA/L力场的范德华参数。这个参数的来源是什么？如下。
(, 下载次数 Times of downloads: 38) (, 下载次数 Times of downloads: 42)

我接着发现其与Merz/IOD/TIP3P的参数一致，所以我猜AutoFF将Merz/IOD/TIP3P的参数作为OPLS-AA/L力场的参数输出了。如下。
(, 下载次数 Times of downloads: 41) (, 下载次数 Times of downloads: 40)

如下，但是我查Merz的原文，其数值经换算之后跟AutoFF提供的并不一致？所以想请问一下这个参数的来源。
(, 下载次数 Times of downloads: 47)

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-30 21:55
Merz/IOD/TIP3P并没有Zn2+的参数，你看一下原始文献，这个参数是因为查不到，从默认的备选力场OPLS-AA/L中自动补过来的。
你要使用TIP3P的参数可以选择Merz/IOD/All_TIP3。
OPLS-AA/L中的Zn2+参数来自：Inorg. Chem. 40, 5223 (2001).，我忘记是从哪个分子动力学软件里面拷贝来的了。

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-12-1 10:21

slxc920113 发表于 2023-11-30 21:55
Merz/IOD/TIP3P并没有Zn2+的参数，你看一下原始文献，这个参数是因为查不到，从默认的备选力场OPLS-AA/L中 ...

根据原文献的说明，应该是所有文中提到的水模型共用一套力场参数，所以没有Merz/IOD/TIP3P，非要有的话或许应该是Merz/IOD/ALL。GROMACS自带的OPLS-AA/L力场是没有Zn2+的参数的，从官网下载的OPLS-AA/M里也没有。Inorg. Chem. 40, 5223 (2001)这篇文献我看了一下，没发现有提到Zn2+的参数。求解惑。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-1 10:30

LiuSX 发表于 2023-12-1 10:21
根据原文献的说明，应该是所有文中提到的水模型共用一套力场参数，所以没有Merz/IOD/TIP3P，非要有的话或 ...

我看我的代码里面是备注的这篇文献，可能确实不是这个来源，具体的参数应该是从Gromacs的Amber力场里面拷贝来的。

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-12-1 10:58

slxc920113 发表于 2023-12-1 10:30
我看我的代码里面是备注的这篇文献，可能确实不是这个来源，具体的参数应该是从Gromacs的Amber力场里面拷 ...

GROMACS自带的几个老Amber力场，以及Amber14sb力场中Zn2+的参数都是一致的，与AutoFF提供的不一致。而且Amber系列力场的混合规则跟OPLS-AA力场不一致，可以直接使用吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-1 12:24

LiuSX 发表于 2023-12-1 10:58
GROMACS自带的几个老Amber力场，以及Amber14sb力场中Zn2+的参数都是一致的，与AutoFF提供的不一致。而且A ...

暂时不确定来源，我先删掉了。

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-12-1 15:00

slxc920113 发表于 2023-12-1 12:24
暂时不确定来源，我先删掉了。

老师，我找到了一篇中文文献使用的参数与AutoFF提供的一致。但我没能进一步找到他的参数来源。

我在文章中使用了这个参数，现在审稿人问我参数来源，这可为难死我了

。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-1 21:47

LiuSX 发表于 2023-12-1 15:00
老师，我找到了一篇中文文献使用的参数与AutoFF提供的一致。但我没能进一步找到他的参数来源。我 ...

我找到原始参数的来源了，是从薛定谔软件里面的opls力场里面搜集来的

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-12-4 11:27

slxc920113 发表于 2023-12-1 21:47
我找到原始参数的来源了，是从薛定谔软件里面的opls力场里面搜集来的

非常感谢老师！我笔记本上只有学术版本的Maestro，没有薛定谔软件，所以没法查看这个参数了。想请假一下老师，薛定谔软件是否有参考文献，或者这个Zn2+的参数是否有参考文献？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-4 18:08

LiuSX 发表于 2023-12-4 11:27
非常感谢老师！我笔记本上只有学术版本的Maestro，没有薛定谔软件，所以没法查看这个参数了。想请假一下 ...

这部分参数没有文献，薛定谔没有专门为这个发表文章，审稿人要问你就直接说从薛定谔软件的公开力场库中获取的（这部分没有加密），应该不侵犯版权。

作者
Author: LiuSX 时间: 2023-12-4 18:23
本帖最后由 LiuSX 于 2023-12-4 18:37 编辑

slxc920113 发表于 2023-12-4 18:08
这部分参数没有文献，薛定谔没有专门为这个发表文章，审稿人要问你就直接说从薛定谔软件的公开力场库中获 ...

十分感觉老师的帮助！我在薛定谔软件的目录下找到了该力场参数

给老师您提个建议，可以在AutoFF输出这些参数时顺便输出其来源（比如打上薛定谔的标签），会解决很多像我这样的困惑，也会进一步增加该工具的专业和可信程度

作者
Author: DRC7 时间: 2023-12-8 15:08
请问您这个软件最终扩胞生成文件的这一步靠的是什么资源，为什么同样的参数有时可以下载成功，有时就是下载错误呢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-8 17:54

DRC7 发表于 2023-12-8 15:08
请问您这个软件最终扩胞生成文件的这一步靠的是什么资源，为什么同样的参数有时可以下载成功，有时就是下载 ...

扩胞用的算法和MD软件一样，所以一样要遵守一个原子只能和同一个镜像原子形成一次跨晶胞的键（类似于cutoff不能超过盒子尺寸的一半），所以如果晶胞太小，原子同时和两个方向的同一个镜像原子存在成键关系，生成拓扑的时候就会报错，这个时候需要你上传的结构先做2*2*2的扩胞处理。

作者
Author: DRC7 时间: 2023-12-14 15:08
请问楼主，我注意到您的工具能自动连接周期性体系中跨周期的那一部分键，请问是否方便告知是如何实现的呢

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-14 17:31

DRC7 发表于 2023-12-14 15:08
请问楼主，我注意到您的工具能自动连接周期性体系中跨周期的那一部分键，请问是否方便告知是如何实现的呢

在判断成键的时候，考虑了周期性边界条件，具体实现的算法类似于MD中的邻居列表法+镜像盒子。具体来说就是先根据当前晶胞的大小切割边长为4的小格子（超过一个近邻格子的原子不需要判断是否成键），这样将原来O(N2)的算法降低计算量到O(NlogN)，然后对于盒子上下左右和前后都扩胞，但是只取近邻的一圈小格子内的原子判断成键（类似于cutoff），然后把镜像原子的成键关系映射回当前盒子内的原子。

作者
Author: luoshaotian 时间: 2023-12-27 11:39
请问一下，当我选择pcff力场以及cvff备用力场对我的结构施加力场后，在运行lammps时报错
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
请问我该如何解决呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-12-28 14:13

luoshaotian 发表于 2023-12-27 11:39
请问一下，当我选择pcff力场以及cvff备用力场对我的结构施加力场后，在运行lammps时报错

请问我该如何解 ...

提供更加详细的cif结构文件和data文件。

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