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标题: 如何分析水分子在蛋白质解折叠过程中的作用 [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2023-5-17 12:08
标题: 如何分析水分子在蛋白质解折叠过程中的作用
本帖最后由 huhq 于 2023-5-17 12:10 编辑

应用NAMD中的SMD方法分析蛋白质解折叠过程时（蛋白质通过球状水体溶质化），有文章指出水分子与骨架原子间的氢键作用加速了蛋白质的解折叠过程。如下图所示：
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如何分析水分子的成键呢？
请教各位。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-17 12:29
VMD里看轨迹，把蛋白质和与之有近距离接触的水都显示出来，并且显示出氢键，考察关键结构下水合蛋白质的氢键形成情况

作者
Author: huhq 时间: 2023-5-17 15:50
本帖最后由 huhq 于 2023-5-17 15:52 编辑

sobereva老师好，按您的指导，只在蛋白质周围显示水分子存在，而在A和B链间不出现水分子（以给出的图示为例）。是我蛋白质溶质化模型带来的问题吗？该模型是在蛋白质周围构建一个球状水体，蛋白质分子轮廓内不含水分子（用VMD建模）。

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