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标题: 求助，单个离子通过管道的自由能 [打印本页]

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Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-5-17 13:50
标题: 求助，单个离子通过管道的自由能
打算利用SMD来做离子通过环状聚合物的孔的自由能，类似于gromacs tutorials里面伞形抽样的那个案例。
第一是怎么确保离子能通过孔（有点不明白是怎么确定拉伸方向的沿Y轴，正轴还是负轴呢？），第二是在产生pull.tpr的文件的时候，在mdrun的时候报错如图1，我尝试改了盒子大小，改了拉伸的距离都报错，就是像这样差一点。

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