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标题: 请问对MD的轨迹进行后分析的过程中应该选择哪一帧 [打印本页]

作者
Author: krebs 时间: 2023-5-17 15:29
标题: 请问对MD的轨迹进行后分析的过程中应该选择哪一帧
请问各位老师，要想对分子动力学模拟后的轨迹做具体的静态分析的话（如：对配体和蛋白残基的相互作用分析），是选取平衡后的一帧就行吗？还是需要对轨迹用cluster进行归簇后，选择占比最高的那一簇进行分析呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-17 16:36
如果你只打算考虑对一个结构做静态分析，自然应当取相对来说最有代表性的，应当做簇分析取容量最大的簇里面代表性结构，然后再做几何优化，然后再用Multiwfn做aNCI、IGM等分析

如果簇分析之后发现还有其它的容量占比很大的簇而不能简单忽略，则其代表性结构也应当同时纳入分析。

作者
Author: krebs 时间: 2023-5-19 13:15

sobereva 发表于 2023-5-17 16:36
如果你只打算考虑对一个结构做静态分析，自然应当取相对来说最有代表性的，应当做簇分析取容量最大的簇里面 ...

收到！谢谢sob老师！

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