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标题: Materials studio和Gaussian和Multiwfn之间的文件格式问题 [打印本页]

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-18 11:36
标题: Materials studio和Gaussian和Multiwfn之间的文件格式问题
本帖最后由 RF-China 于 2023-5-18 15:12 编辑

各位老师，想做500个原子左右的有机物和金属离子的吸附研究，查阅文献看到有人做了400个原子左右的Multiwfn的ESP定量分析。先用Materials studio的Forcite模块进行结构优化，然后应该是用Gausuian计算的频率+优化，然后使用的Multiwfn进行ESP计算。这段时间利用小体系进行相关量子化学计算的时候发现Multiwfn很好用，但因为要做大体系，想知道Materials studio进行优化等计算之后，能不能不通过Gaussian，将导出的文件直接用于Multiwfn的ESP等分析，但是发现没有相应的文件输出用于Multiwfn分析。此外，在进行小体系摸索的时候发现，将Materials studio优化好的文件导入Gaussian再进行优化的时候，分子结构变化很大（比如键扭曲等），这种情况该怎么办呢？参考文献描述如下图所示：（Multiwfn在文章中别处正确引用了） (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-18 11:47
不好意思，是用Gaussian做了优化+频率的计算，然后用Multiwfn进行的ESP分析。

作者
Author: 含光君 时间: 2023-5-18 14:08
问题修改只用改原帖就行了不用接着盖楼。
你说的“将Materials studio优化好的文件导入Gaussian再进行优化的时候，结构变化很大”描述得很含糊，单凭这句话别人也无法理解到底是怎么变的以及变化到底有多大。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 14:41
根本没必要用M$
500多原子体系用Gaussian做诸如PM6D3这样半经验级别的优化毫无难度
所有的描述都必须非常清楚具体，诸如“导出的文件”导出的是什么文件？“用于Multiwfn分析”分析的到底是什么？不要有任何含糊性和歧义

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-18 15:21

sobereva 发表于 2023-5-18 14:41
根本没必要用M$
500多原子体系用Gaussian做诸如PM6D3这样半经验级别的优化毫无难度
所有的描述都必须非常 ...

感谢老师的回复。500多原子量子化学的计算，除了半经验方法，DFT方法是否可行呢？实际进行计算的时候就先用半经验优化，然后在用优化结果作为初猜，在进行DFT优化（还没实践过这部分内容），这样操作可以吗？“导出的文件”原意是想不用Gaussian，所以不知道MS导出什么文件可用于Ｍｕｌｔｉｗｆｎ的静电势，键级等的分析。

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-18 15:27

含光君发表于 2023-5-18 14:08
问题修改只用改原帖就行了不用接着盖楼。
你说的“将Materials studio优化好的文件导入Gaussian再进行优化 ...

感谢老师的回复，就是键角变化很大，Gaussian优化结果更加扭曲，紧密。因为这个是之间做的，现在找不到图片了，不好意思。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 15:43

RF-China 发表于 2023-5-18 15:21
感谢老师的回复。500多原子量子化学的计算，除了半经验方法，DFT方法是否可行呢？实际进行计算的时候就先 ...

500原子DFT算单点，计算资源好的话愣算能算得动，优化基本没戏（除非用CP2K）

Multiwfn不支持M$能导出的任何文件做波函数分析（除非是做那些基于格点数据文件或者几何结构就能做的分析），也永远不会去支持

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-19 10:19

sobereva 发表于 2023-5-18 15:43
500原子DFT算单点，计算资源好的话愣算能算得动，优化基本没戏（除非用CP2K）

Multiwfn不支持M$能导出 ...

谢谢老师的回复。

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-19 10:43
本帖最后由 RF-China 于 2023-5-20 22:04 编辑

sobereva 发表于 2023-5-18 15:43
500原子DFT算单点，计算资源好的话愣算能算得动，优化基本没戏（除非用CP2K）

Multiwfn不支持M$能导出 ...

您看我发的那个参考文献，他的原子数就在400个左右，先用Materials studio进行的优化，然后在Gaussian的B3LYP，6-31G基组进行的优化，所以我就想用Gaussian做一下类似的量子化学计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-20 17:35

RF-China 发表于 2023-5-19 10:43
您看我发的那个参考文献，他的原子量就在400个左右，先用Materials studio进行的优化，然后在Gaussian的B ...

永远说原子数，不要说原子量
基组名写准确

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-20 22:05

sobereva 发表于 2023-5-20 17:35
永远说原子数，不要说原子量
基组名写准确

嗯，已经进行修改。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-5-20 22:13
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-5-20 22:16 编辑

强烈建议弃掉该文献。由于该文献写出了“nuclear magic resonance”、“6-31 base group”等词，说明其计算水平十分可怕，千万不要模仿之。你也千万不要用6-31G去算，仔细阅读《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336

直接说你想做啥计算（例如：单点、结构优化、吸收光谱、荧光光谱、磷光光谱、核磁计算等等），你的体系有多少原子，其中多少非氢原子，是否柔性分子，结构从何而来，大家会给出合理的计算级别。再次强调，不要模仿该文献，不要管他有多少原子。

作者
Author: RF-China 时间: 2023-5-21 11:59

zjxitcc 发表于 2023-5-20 22:13
强烈建议弃掉该文献。由于该文献写出了“nuclear magic resonance”、“6-31 base group”等词，说明其计算 ...

老师，想做有机分子结构吸附金属离子的结构优化，体系总共约400个原子，200个左右的非氢原子，柔性分子，结构是通过13C NMR和FTIR等构建。目前参考的文献就是利用B3LYP和6-31G基组进行计算，老师您有什么建议呢。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-5-21 12:02

RF-China 发表于 2023-5-21 11:59
老师，想做有机分子结构吸附金属离子的结构优化，体系总共约400个原子，200个左右的非氢原子，柔性分子， ...

《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413

基组推荐的博文在上面已经回复过了

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