计算化学公社

标题: 求助：如何模拟更贴近无溶剂条件下的主体-配体相互作用？ [打印本页]

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-18 17:00
标题: 求助：如何模拟更贴近无溶剂条件下的主体-配体相互作用？
一般模拟的过程是建立好拓扑文件后，构建盒子再进行溶剂化处理，但是我的实验过程是让主体-配体在高压反应釜内反应，整个过程是没有溶剂的，如果我希望模拟这个过程，是单纯不进行solvate就可以吗？还是有别的操作来更贴近整个实验过程呢？谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-18 18:37
主体和配体在反应条件下都是液体吗？如果是的话，两者是完全混溶的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 19:50
直接用packmol创建两种物质的混合体系就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

别教条

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-18 20:27

wzkchem5 发表于 2023-5-18 18:37
主体和配体在反应条件下都是液体吗？如果是的话，两者是完全混溶的吗？

反应条件下主体是固态，配体是液态的，主体有疏水性空腔，能够包住配体

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-18 20:27

sobereva 发表于 2023-5-18 19:50
直接用packmol创建两种物质的混合体系就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva. ...

好的，我了解下，感谢sob老师

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-18 22:17

sobereva 发表于 2023-5-18 19:50
直接用packmol创建两种物质的混合体系就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva. ...

sob老师，模型建立好后，后续还是不太懂要怎么尽量去还原无溶剂过程下的模拟，不用水分子填充能直接进行能量最小化、nvt、npt吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-19 03:10

sd6512066 发表于 2023-5-18 22:17
sob老师，模型建立好后，后续还是不太懂要怎么尽量去还原无溶剂过程下的模拟，不用水分子填充能直接进行 ...

为什么非得填充水？难道分子动力学研究不了无水的体系？

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-19 09:05

sobereva 发表于 2023-5-19 03:10
为什么非得填充水？难道分子动力学研究不了无水的体系？

谢谢sob老师

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