标题: 求助在自行替换核苷酸中部分原子后，pdb2gmx运行报错缺少原子 [打印本页] 作者Author: HYUAN 时间: 2023-5-18 17:37 标题: 求助在自行替换核苷酸中部分原子后，pdb2gmx运行报错缺少原子 老师好，因为研究需要，我需要在一个DNA中的首端G核苷酸上五号碳原子上的羟基-OH替换为-S-Au，力场选择为amber的OL15力场,对应的即O5'替换为S，H5T替换为Au，替换是在高斯中替换，然后导出为.pdb文件的，之后在GROMACS中运行pdb2gmx命令时，出现以下报错：Fatal error:Residue 1 named DG of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom O5' used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.
我认为应该其中的O5'被替换所以导致缺失，这种情况应该怎么处理呢？
以下文件中1PB_1T.pdb为替换前的文件，1PB_1T_SAU.pdb为替换后的文件