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标题: MD后得到的RMSD曲线很是奇怪 [打印本页]

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-15 22:24
标题: MD后得到的RMSD曲线很是奇怪
如图所示，不管时间跑多长，在结尾的地方总是会突然往下掉。这样使用能拿来使用的frames是不是必须在分析之前用trjconv把稳定的frames挑出来

作者
Author: 平辉正 时间: 2016-7-16 09:39
你是不是加了退火？

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-16 11:49

平辉正发表于 2016-7-16 09:39
你是不是加了退火？

多谢回复。这个MD没有加退火，我是跑的GROMACS Tutorial中自由能计算的那个例子，对于每个lambda都是这种情况。

作者
Author: shx 时间: 2016-7-17 00:18
为什么从样子上看感觉是你作RMSD图的时候选择的初始结构的问题呢？是不是把MD之后的结构作为初始结构了？

作者
Author: 青青青 时间: 2019-7-1 13:30
请问你输入的什么命令计算rmsd呢？谢谢

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