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标题: 求助为什么md之后没生成trr文件 [打印本页]

作者
Author: sj12138 时间: 2023-5-18 19:18
标题: 求助为什么md之后没生成trr文件
如题，跑完模拟之后没有发现trr文件，但是cpt gro xtc edr文件都有，跑的也没出错，这是什么原因那？另外如果没有trr文件我想把txc文件抽帧应该怎么操作那？感谢前辈们指导

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 19:48
没设nstxout

不存在txc文件

trjconv可以把xtc转成trr文件，但没什么实际意义。抽帧语义不明

作者
Author: sj12138 时间: 2023-5-18 20:11

sobereva 发表于 2023-5-18 19:48
没设nstxout

不存在txc文件

sob老师我使用trjconv将xtc文件每1ns输出了一个新的xtc文件，但是使用 gmx_mpi trjconv -f md_animation.xtc -o md_animation_new.xtc -s md.tpr -pbc mol的时候出现这个这个问题There were 320 inconsistent shifts. Check your topology是什么问题那？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 20:16
先-pbc mol处理原轨迹，之后再每1ns保存一帧

作者
Author: sj12138 时间: 2023-5-18 20:21

sobereva 发表于 2023-5-18 20:16
先-pbc mol处理原轨迹，之后再每1ns保存一帧

好的老师我去试一试

作者
Author: sj12138 时间: 2023-5-18 20:28

sobereva 发表于 2023-5-18 20:16
先-pbc mol处理原轨迹，之后再每1ns保存一帧

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