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标题: 优化结构怎么保证顺式异构体优化完还是顺式，反式优化完后还是反式？ [打印本页]

作者
Author: 咕噜咕噜 时间: 2023-5-18 19:36
标题: 优化结构怎么保证顺式异构体优化完还是顺式，反式优化完后还是反式？
想问下各位知道高斯优化结构怎么保证顺式异构体优化完还是顺式，反式优化完后还是反式？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-5-18 19:44
高斯输入文件里的三维坐标是能体现顺反的，只要初始结构合理，比如顺式，结构优化完还是顺式。当然了，优化完要打开输出文件看看的，届时还可以再次确认。高斯程序本身不管分子什么顺反，它只懂计算。

作者
Author: 咕噜咕噜 时间: 2023-5-18 20:07

zjxitcc 发表于 2023-5-18 19:44
高斯输入文件里的三维坐标是能体现顺反的，只要初始结构合理，比如顺式，结构优化完还是顺式。当然了，优化 ...

好的，谢谢，主要现在结构太多，优化完也不能一个一个看，想着尽量避免一下，那是不是使用限制性优化是可以避免这个问题

作者
Author: niobium 时间: 2023-5-18 20:08
一般来说结构优化算法都会得到离你初始结构靠得比较近的能量极小点，所以一般最终的结构会保持初始的构象。但我觉得并不能百分之百保证。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 20:17

咕噜咕噜发表于 2023-5-18 20:07
好的，谢谢，主要现在结构太多，优化完也不能一个一个看，想着尽量避免一下，那是不是使用限制性优化是可 ...

确保初始结构合理，结合较小的优化步长上限，足够保证这一点

作者
Author: 咕噜咕噜 时间: 2023-5-18 21:24

niobium 发表于 2023-5-18 20:08
一般来说结构优化算法都会得到离你初始结构靠得比较近的能量极小点，所以一般最终的结构会保持初始的构象。 ...

好的好的，谢谢

作者
Author: 咕噜咕噜 时间: 2023-5-18 21:24

sobereva 发表于 2023-5-18 20:17
确保初始结构合理，结合较小的优化步长上限，足够保证这一点

好的，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-19 02:04

咕噜咕噜发表于 2023-5-18 13:07
好的，谢谢，主要现在结构太多，优化完也不能一个一个看，想着尽量避免一下，那是不是使用限制性优化是可 ...

可以写个脚本，自动计算（或者自动从高斯输出文件里grep）优化收敛的结构的二面角。如果发现大部分都是0度，少部分优化完了变成180度，那就知道后者顺反错了。

作者
Author: 咕噜咕噜 时间: 2023-5-19 15:08

wzkchem5 发表于 2023-5-19 02:04
可以写个脚本，自动计算（或者自动从高斯输出文件里grep）优化收敛的结构的二面角。如果发现大部分都是0 ...

这个怎么写了，不太懂这个

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-19 16:14

咕噜咕噜发表于 2023-5-19 08:08
这个怎么写了，不太懂这个

用随便哪种脚本语言（例如bash或者python）来读取输出文件里的优化后的原子坐标，读取方法参见相应语言的手册或教材
然后按https://en.wikipedia.org/wiki/Dihedral_angle的公式计算二面角

掌握一门脚本语言是做计算化学的必需技能，但凡会一门脚本语言，又知道二面角的计算公式，必然可以自己编写脚本计算二面角

作者
Author: 咕噜咕噜 时间: 2023-5-23 14:26

wzkchem5 发表于 2023-5-19 16:14
用随便哪种脚本语言（例如bash或者python）来读取输出文件里的优化后的原子坐标，读取方法参见相应语言的 ...

好嘞，多谢多谢

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