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标题: 安装amber22时报错 [打印本页]

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Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-5-18 20:07
标题: 安装amber22时报错
求教，最近看amber的gpu加速套件amber22能下载了，就想在旧服务器上插了个临时的硬盘安装个amber试试，我显卡是2080super，cpu是2666v3,系统是跟主系统一样的rockylinux8.7，gcc8.5.0，cuda是11.8，显卡驱动是525.105.17，按照https://zhuanlan.zhihu.com/p/479919955的教程，安装纯cpu版本的没报错，但是设置-DMPI=TRUE，-DCUDA=TRUE的时候在运行run_cmake那一步时报错Error: Incompatible CUDA and GNU versions 8.5.0，这是gnu版本不合适的问题吗？但是我用当前的cuda和gcc能正常运行gpu加速的gmx2021.6，那么请问该如何解决呢？

我发现http://archive.ambermd.org/202208/0085.html有人提出过跟我相仿的问题，但是还没得到解决。没从网上搜到关于amber对gnu的依赖关系，然后我就尝试了下按照https://blog.csdn.net/fen_fen/article/details/129021912的方法，从https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/gnu/gcc/gcc-12.3.0/下载并手动安装下gcc12.3.0试试，结果这一通搞得gmx都会报错gmx: error while loading shared libraries: libstdc++.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory。搞了大半天都没找到解决方法，如果实在不行就直接重装系统了，幸亏不是在主硬盘上操作的

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Author: rpestana94 时间: 2023-5-19 05:59
About amber, cuda depends on g++ and gcc version, if you have cuda 11, version 9.2 of gcc and g++ should work, cuda 10 needs evrsion 8, I usually install first amber and the gromacs because in gromacs you can specify the g++ and gcc versions to use.

Also amber 22 you can use cuda 11, I use cuda 11.7 with nvidia driver 515 without problems.

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-5-19 08:46

rpestana94 发表于 2023-5-19 05:59
About amber, cuda depends on g++ and gcc version, if you have cuda 11, version 9.2 of gcc and g++ sh ...

Thank you very much for your advice. I am currently attempting to reinstall CUDA and Amber on a system with gcc 11.3.1.

作者
Author: abdoman 时间: 2023-5-19 09:58
amber22的安装有点恼火。
按理说，GCC8.5 CUDA 11.8 应该是兼容的。
https://stackoverflow.com/questi ... with-my-gcc-version

但是amber 的条件更为苛刻，（cmake/CudaConfig.cmake)

            if ( "${CMAKE_C_COMPILER_ID}" STREQUAL "GNU" AND (
                     ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 12.2
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 12
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 12 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 12
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 11.4.1
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 11.8 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 11
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 11.1
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 11.4.0 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 10
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 11
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 11 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 9
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 10.1
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 10.2 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 8
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 9.2
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 10.0 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 7
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 9.0
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 9.1 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 6
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 8
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 8 )
                  OR ( CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION VERSION_LESS 5
                     AND CUDA_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 7
                     AND CUDA_VERSION VERSION_LESS_EQUAL 7 )
            ) )

有2个选择，1 要么降低CUDA版本，要么升级GCC版本
不管是哪个方式，建议不要动系统的版本，安装自己用的。

作者
Author: abin 时间: 2023-5-19 18:33

abdoman 发表于 2023-5-19 09:58
amber22的安装有点恼火。
按理说，GCC8.5 CUDA 11.8 应该是兼容的。
https://stackoverflow.com/question ...

或者手动修改这一段的逻辑判断也可以……
编译出来能否用，有待测试。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-5-22 20:31

abin 发表于 2023-5-19 18:33
或者手动修改这一段的逻辑判断也可以……
编译出来能否用，有待测试。

好的，感谢您，原来兼容性文件是从这里找

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-5-22 20:34

abin 发表于 2023-5-19 18:33
或者手动修改这一段的逻辑判断也可以……
编译出来能否用，有待测试。

中间还遇到了找不到FORTRAN的MPI的错误，但是通过gfortran -v是能正常显示的。按照熵增焓减大佬的建议，我把DMPI改为FALSE就能编译过去了，很奇怪，不过就先这样用啦，我去学一学

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-5-23 00:39

abin 发表于 2023-5-19 18:33
或者手动修改这一段的逻辑判断也可以……
编译出来能否用，有待测试。

我发现我的amber编译出来用xleap会显示未找到命令，但是tleap能够正常显示路径，想问下没有xleap会影响建模和使用吗？是什么原因导致没有xleap呀

作者
Author: abin 时间: 2023-5-23 09:55

不想飞的猫头鹰发表于 2023-5-23 00:39
我发现我的amber编译出来用xleap会显示未找到命令，但是tleap能够正常显示路径，想问下没有xleap会影响建 ...

自己看手册评估呗。

我不晓得如何使用这个软件。
鄙人只能稀里糊涂把它编译安装上去。

鄙人技能有限，
没有能力对别人实施之后的软件，
做其他辅助。抱歉。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-5-23 10:58

abin 发表于 2023-5-23 09:55
自己看手册评估呗。

我不晓得如何使用这个软件。

嗯嗯，十分感谢呀，我也刚开始了解这个软件

作者
Author: Mengo 时间: 2023-7-8 10:37
想问下，现在amber22是不是在动力学的时候不会自动生成mdinfo文件了

作者
Author: ZhenZhen 时间: 2023-7-11 20:54
博主，不用申请license就可以直接下载Abmer22 GPU加速版噶我还写了邮件要license，David A Case说啥也不用干非商用直接下载

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2023-7-12 17:33

ZhenZhen 发表于 2023-7-11 20:54
博主，不用申请license就可以直接下载Abmer22 GPU加速版噶我还写了邮件要license，David A Case说啥也不用 ...

嗯嗯，我当时给官方发邮件也没收到回复，后来发现能直接下载了。不过杂事比较多一直没时间专门学一下amber，目前还是主要用gmx

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