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标题: GROMACS参数文件中如何添加墙，或者如何限制离子在某一个范围内运动 [打印本页]

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Author: Lir 时间: 2023-5-19 10:27
标题: GROMACS参数文件中如何添加墙，或者如何限制离子在某一个范围内运动
(, 下载次数 Times of downloads: 4) 图中是我的体系中间是肽链，以及一些离子。整个体系中填充了水分子，未显示出来。我想让肽链周围的离子在肽链的X,Y方向运动，不超过肽链的Z方向。问题：1，我如果设置墙的话应该如何设置，MDP文件应该如何写。（不是在盒子的z方向两端加墙，是在盒子中肽链的某个位置加墙。并且没有实体的离子，只有距离）是不是该采用pdb=xy 并且采用NPT系综。2，如果不添加墙的话有没有办法仅仅使得体系中的某些离子在Z方向的某一个范围内活动，这样的话体系是不是可以采用pbc=xyz三个方向的周期性。是不是也用NPT系综？希望大佬帮帮忙谢谢！

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