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标题: 关于键能参数和力场参数的一些问题 [打印本页]

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Author: qw7706885er 时间: 2016-7-16 01:32
标题: 关于键能参数和力场参数的一些问题
各位老师，前几天听到别人提起Lammps里bond_style，angle_style里的键能参数的设置方面的问题，有一些疑惑想请教一下
1、我现在在做水合物方面的模拟，想对CO2分子使用EPM2模型，水分子使用TIP/4P模型，两种分子都是刚性分子，现在看过的文献里对于这两种势能模型只有分子间LJ势能参数，不知道这种情况下是否还要设置键能参数，我自己感觉对于刚性分子只需要考虑分子间作用项，就是LJ势能和长程静电力就可以了。
2、还有就是MS力场参数修改的问题，能不能在MS中将CO2分子设置为EPM2模型，我的想法是在drending力场编辑器里将键伸缩项、键角伸缩项之类的选择ignore，只保留VDW项和库伦项并根据EPM2模型修改参数，或者直接在力场文件里修改之类的。
3.MS里有没有什么同时固定多个分子键长键角的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-20 12:50
对这样刚性小分子，无视掉分子内原子相互作用项，或者说，要么固定，要么将分子内的键长键角项的力常数都设成个随意比加大的数值（但也别太大，免得振动频率太高）即可

作者
Author: pj庞洁 时间: 2024-7-22 21:19
你好我想请问你具体是怎么将CO2分子设置为EPM2模型的呀

作者
Author: 杨星元 时间: 2025-1-22 20:43

sobereva 发表于 2016-7-20 12:50
对这样刚性小分子，无视掉分子内原子相互作用项，或者说，要么固定，要么将分子内的键长键角项的力常数都设 ...

那请问sob老师，在lammps里面怎么才能忽视分子内部原子相互作用项呢

作者
Author: 杨星元 时间: 2025-1-22 20:46

pj庞洁发表于 2024-7-22 21:19
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您好，请问你会在lammps里面将二氧化碳分子设置为EPM2模型了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-23 11:39

杨星元发表于 2025-1-22 20:43
那请问sob老师，在lammps里面怎么才能忽视分子内部原子相互作用项呢

我不用lammps
当前楼主的问题用GROMACS模拟是明显更好选择，速度快得多，用户数目多得多（有问题明显更容易得到解答）。我不理解为什么有人非要用lammps（甚至又弱又慢又不灵活又巨贵的M$）模拟这个

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