公社群聊Q&A整理：2016.06.26 20 ~ 2016.06.30 19 Concate - 计算化学公社

2016.06.26 19:16:23
Q:
Ambertools里的antechamber工具对大分子（200个原子左右）是不是跑不动？今天试了试卡在那里不动了，.out 文件result 部分是空的，该怎么解决大分子格式转换的问题呢？就是如何产生.prepin和补充的参数文件.frcmod 文件？
A:
200原子跑不动
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2016.06.26 19:55:09
Q:
[图片]
[图片]
A:
给骗子打脸打得好。这种培训就类似于三无产品，山寨货，稍有辨识能力的人都能识破。希望以后大家也都积极打假，让坑人的培训宣传在网络上无处显形。
网上科骗越来越多，故新写了个博文
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
网上科骗越来越多，故新写了个博文
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
Q:
目前正规的培训，貌似只有性超高的科音和比较贵软件公司的培训了
A:
偶尔中科院之类的也会搞点，中规中矩
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2016.06.27 00:18:18
Q:
各位朋友，如果是使用溶剂模型模拟溶液环境进行优化的时候，做BSSE校正时，除了 counterpoise的关键词外，溶剂化的模型的关键词是否也要加上？谢谢！
[图片]---这个说法是对的，我验证过了！~
A:
气相下计算BSSE校正能，加到溶剂下按常规方式算的相互作用能上即可。
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2016.06.27 01:27:15
Q:
[图片]
请问fortran有没有像%d这样的转义字符
A:
只不过是控制输出的格式。Fortran也有
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2016.06.27 03:23:14
Q:
[图片] 请问老师我在跑完EM以后跑NPT为什么会出现这个问题该怎么解决的谢谢您
/流泪
A:
按提示加-rdd或-dds再试。
盒子比较小的时候容易有这种提示
Q:
[图片] 我加了rdd 1.2的但是生成好多这种pdb 虽然能跑了
[图片] 居然与水有关系
A:
输入文件结构或模拟参数有问题
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2016.06.27 03:28:13
Q:
[图片]老师你好，请教问题1.如何设定温度为80℃ 2.为什么优化和单点能计算的溶剂模型不一样？
A:
temperature=353
计算溶解自由能要用专门适合的级别，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
你可以设温度，但是溶解自由能那部分只能算出来常温的。你算其它温度溶液下的情况，实际上也只是把那个温度下的溶解自由能近似作为常温下的溶解自由能
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2016.06.27 04:02:57
Q:
The total number of electron is not an integer: 184.60798
Please check your input data.
这是什么问题呀，我看原子数目都正确的牙
请教各位大神帮帮忙
fileNameqradical-6-31gdp.gjf
A:
去掉弥散再试
此体系根本用不着弥散
Q:
不是碳是Ge
是老师要求加的
A:
瞎要求
去了再说
滥用弥散是量化界普遍现象
[图片]
3.10节专门批滥用弥散的现象
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
不该用弥散时候用弥散，白花大量时间、造成数值问题都属于自找
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2016.06.27 04:03:10
Q:
有个建议，要不要考虑给做个app，无聊的时候可以逛逛。@Sobereva
A:
不考虑
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2016.06.27 04:26:49
Q:
老师：您好BP86泛函较MPW1W91对于金属配合物的优化是否有优势？如果有的话。会是什么呢？
A:
有
是公认、经典的算配合物的泛函
MPW1PW91这种破泛函我很不待见，不知道有什么好处就甭用
Q:
是否有一定的文献支撑呢？谢谢老师
在泛函的选择上，我用的是BP86，有一篇类似体系的文献用的是MPW1W91，编辑就问我为什么不用MPW1W91？让我比较MPW1W91和BP86的优劣？还有就是对于用WBI指数和NBO轨道分析金属与金属之间成键问题与用AIM和ELF分析，后者是否也有优势，如果有，优势是？
A:
无论干什么都没任何优势
你找用BP86算过渡金属配合物的文献绝对比用MPW1PW91多得多得多
Q:
恩好的谢谢老师！你的意思是说ELF和AIM分析成键不如用WBI+NBO分析，是吗？或者两者分析相当？
A:
就拿DOI: 10.1039/b907148b这篇引了1300篇文章的过渡金属配合物计算综述来说，你搜BP86能搜到58多次，MPW1PW只能搜到6次
从来没这么说过！
我是MPW1PW91做波函数分析不会比BP86有任何好处
我是说MPW1PW91做波函数分析不会比BP86有任何好处
Q:
抱歉！我理解错了，我以为您说的是成键分析，那请问成键分析的呢？根据您的见解，您觉得ELF+AIM分析成键和用WBI+NBO分析成键，结果哪个更好些呢？这里的成键是金属和金属之间的，还有就是金属和非金属之间的
A:
只是从不同角度分析而已，没有好坏
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2016.06.27 04:33:15
Q:
老师，我用Multiwfn做HOMO-HOMO轨道重叠，[图片]，最后是这样的，没有显示重叠部分，可能是什么原因呢？
A:
等值面数值改小点看能不能出来。
如果还没有，是操作过程有误，先把博文里的图重现出来，熟悉操作后再搞自己的体系。
Q:
老师，我把isovalue设成0.0001了
A:
那就是操作过程问题
Q:
[图片]变成这样了
A:
肯定不对
仔细看博文，重叠区域的等值面一定是对应两个片段本身的轨道图形的交叠位置
Q:
应该在中间的重叠部分吧，这都跑下面了
我再试试去
A:
恩
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2016.06.27 05:30:21
Q:
sob老师，romp2的公式和rmp2的一样吗？
A:
不一样
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2016.06.27 05:53:41
Q:
[图片]老师这个gif文件只跑L101，不往下走怎么回事儿？
文件已经上传@Sobereva
A:
分明能往下走
Q:
能往下走？
A:
g09W d.01能跑，不会卡在你截图的地方
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2016.06.27 05:58:36
Q:
老师，对于一个面面堆积的二聚体，测量之间的距离，Multiwfn可以实现吗？
A:
如果是测量平面间垂直距离，看
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
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2016.06.27 07:05:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没详细信息没法回答
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2016.06.27 19:05:31
Q:
老师，您的讲义里有一个算UV-Vis的光谱的时候出现的互补色的圆盘，能把原图发一下ma?
A:
网上搜补色图图片就找到了
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2016.06.27 21:46:26
Q:
用gaussian计算的三态结构的结果文件中有三处出现了wiberg bond index，请问wiberg bond index 是看第一个吗？
A:
谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级
http://sobereva.com/74
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2016.06.27 22:53:31
Q:
[图片]
这是哪的截图？
A:
你这个图里的外推公式貌似是错的
Q:
错的？ http://sobereva.com/308 这篇博文用的就是这个公式啊
[图片]
A:
明显不是这个公式，它里面的参数不对
Q:
是的，合并同类项之后，系数是一样的
A:
他做的实际上是
[图片]
[图片]
TZ/QZ外推CBS时候beta是3而不是4，而且N、M也不对
TZ/QZ对应的是N=3、M=4
Q:
上次不是这么说啊，上次说这个式子没问题…
A:
上次没仔细看，回头一看就发现有问题
Q:
截图中的式子整理之后就是博文中的式子， E[QCISD(T)/CBS]=1.4629*E[QCISD(T)/TZ]-0.4629*E[QCISD(T)/DZ]+1.6938*E[MP2/QZ]-2.1567*E[MP2/TZ]+0.4629*E[MP2/DZ]
一模一样
A:
截图里的公式是错的
所以能整理成小数表示的系数也没意义
Q:
博文中的式子错了？
A:
enecalc里的式子不对
只是随便拿个式子演示，也并没打算拿那个式子说事
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2016.06.27 23:01:22
Q:
去培训要预装gaussin?
A:
要预装。第二轮培训通知里会专门说
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2016.06.27 23:05:02
Q:
1）请问有把分子晶体的结构截取出一个cluster，然后用高斯获得波函数，继而做各种波函数分析的文献吗？2）我看得大多数文献是用crystal软件获得周期性体系的波函数，然后用QTAIM之类软件来处理的。培训说可以从crystal网站下载基组，不知这样的基组要做怎样的转化才可供高斯使用？谢谢！
A:
Multiwfn原文里那个尿素晶体RDG分析例子就是这样。
截取团簇是很好的做法，没必要做PBC计算。
自己去改基组定义格式成高斯的即可
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2016.06.27 23:11:53
Q:
请教一下老师，用amber跑MD，轨迹分段跑，那每次的prod.in控制参数文件中，是否都需要添加 ig=-1，这个参数，谢谢大家。
A:
不要加，加了的话每次初始速度都是随机的。如果你的目的是一个MD分成几次跑完，每次都应当读上一次的rst里的坐标和速度。
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2016.06.28 00:06:16
Q:
请教一下该基元反应是不是没有过渡态，如果没有的话又该怎样计算速率常数？谢谢
CH3+H--CH4，自由基反应
A:
变分过渡态理论
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2016.06.28 00:25:46
Q:
大家好，请教一个问题，我在读《使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图》时看到了这样一句话[图片]
想请问大家如何在赝势机组中加上5d 7f这两个关键词，谢谢
输入文件应该怎么写。。。。
A:
magic 如# b3lyp/6-31G* 5d 7f
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2016.06.28 00:35:25
Q:
看到了一篇文章用分子动力学计算了氢键能量[图片]，请问这个是怎么得到的啊？[图片]公式中没有氢键能这一项啊？
12-6不是范德华力作用么
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.iecr.5b00415
这个是那篇文章的链接
A:
只有作者自己清楚，如果非要猜的话你只能把氢键涉及的非键相互作用当氢键能
Q:
[图片]12-6是计算范德华力的，库伦定理是算静电力的，那么怎么区分氢键能呢？
A:
所以你文献里的做法是不严格的！
氢键能本来就没有严格的做法去拆分出来。只能说，如果两个分子间有氢键而没有其它也相对较强的弱相互作用，那么可以把相互作用能当氢键键能。如果有多个氢键，可以用AIM等方式估计每个氢键键能。
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2016.06.28 01:23:11
Q:
irc运算后查看能量随irc变化，有些能量向某一方向呈递减趋势，有些呈正态分布，是不是呈正态分布的才是正确的？
irc运算后查看能量随irc变化，有些能量向某一方向呈递减趋势，有些呈正态分布，是不是呈正态分布的才是正确的？正态分布中的最高点对应过渡态，两边对应反应物和产物？
A:
跟正态分布一点关系都没有，IRC绝对没这个要求
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2016.06.28 02:59:36
Q:
请问Eckart， SCT， ZCT计算tunneling的区别是什么？能否推荐文献？谢谢！
A:
考虑隧道效应的方式不同，看Reviews in Computational Chemistry, Volume 23第三章
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2016.06.28 03:16:05
Q:
sob老师，激发态优化总是不收敛怎么办，常常出现优化成这样[图片]@Sobereva
A:
等算完了再说。估计还没算完呢，起码也跑20步再说。
Q:
老师，优化到这里就报错了，跑不下去了，我尝试过三次，分别使用断点续跑；int=ultrafine；opt=gdiis 都没有解决问题，总是跑几步就断掉，老师我应该怎么做？
A:
别说断掉断掉，看具体报错啊
Q:
输入：[图片]报错结果：[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
没特殊必要用弥散先去掉弥散再说
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2016.06.28 03:55:15
Q:
Sob老师请问DOS图的纵坐标的单位是什么呀？
A:
不用写单位
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2016.06.28 05:01:51
Q:
@Sobereva请问老师CP2K中怎么消除表面催化稳定点结构的虚频
A:
不知道，我不用CP2K
Q:
那请问老师Gaussview调结构消虚频有没好的办法@Sobereva
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
我是虚频消不掉大概 -36可以忽略直接算TS吗 @Sobereva
A:
看虚频涉及的原子和反应发生部位是否相关，不相关的话（比如一个无关的甲基转动）可以无视
Q:
还有一个结构是虚频-106 或者-55和-29 忽略的话可能，花很长时间算出的TS可能会有不需要虚频
我是做的表面催化机理，1个稳定点结构虚频-36是分子在表面的整体旋转，意思我可以直接用他来搜TS?
A:
如果是和表面反应应当消掉
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2016.06.28 05:59:38
Q:
求助，为什么在orca中得到的wfn文件，载入multiwfn会出现闪退的情况
A:
orca有bug，用.molden作为Multiwfn输入文件
orca怎么产生.molden文件看multiwfn手册第四章开头
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2016.06.28 06:02:09
Q:
有人看过比较不同方法算弱相互作用的文献吗？
感觉b3lyp bp86 不适合计算弱相互作用
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.06.28 06:28:47
Q:
计算的荧光波长比实验值有60多蓝移怎么解决？
A:
非要凑实验，用HF成份小点的泛函再试
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2016.06.28 06:43:48
Q:
sob老师，请问如何分析某原子某一层轨道，比如P的3p轨道参与成键的成份呢？
A:
对成键轨道做轨道成分分析即可，看那个原子3p的贡献
Q:
multiwfn说明书里没有找到案例呀
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
手册4.8节也有一堆例子
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2016.06.28 08:04:33
Q:
sob老师，我没有找到m06/6-311g(d,p)的频率校正因子，用m06/ma-tzvp 的来近似可以吗？@Sobereva
A:
可以
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2016.06.28 08:29:26
Q:
# opt pm6 geom=302.chk
这样写行吗?
A:
不能
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2016.06.28 08:44:42
Q:
sob老师，
我在用Castep计算碱土金属氧化物晶体表面吸附气体分子时遇到如下问题：
Q1、在碱土金属氧化物晶体表面构建氧原子空位缺陷是对原胞操作，还是在创建的切面上直接删除，对称性的影响如何考虑？
Q2、晶体表面的氧空位缺陷造成的体系电荷不平衡如何修正？
Q3、对含有氧原子空位的表面弛豫时，缺陷形成的能量如何计算？Evo-formation(缺陷表面形成能量)=Eperfect(完整表面的能量) - Edefective（带缺陷表面的能量）-1/2EO2（氧气分子在三重态下的能量）的能量计算方式是否合理？
Q4、MS下O2自旋多重度Multiplicity设置方面，在castep中设置initial spin=2计算O2的triplet状态下的能量是否准确？麻烦sob指点迷津
A:
建议你到计算化学公社(bbs.keinsci.com)第一性原理版发帖问这个，肯定有人回
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2016.06.28 16:30:13
Q:
用--LINK1--分隔多个任务时,一个任务的的冗余坐标不从上一个任务的检查点读取,而是从本次任务读取,象这样[图片] ,怎么设置呀?
A:
看手册里geom关键词中ModRedundant的说明
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2016.06.28 17:10:52
Q:
请教大家，我想用MS建模跑MD，但是所用溶剂水与我所研究的分子反应，这样的话，怎样处理比较好？
A:
牵扯到化学反应没法跑经典力场的MD，虽然有反应力场但没有普适性。
要么从头算动力学，要么用其它思路考察
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2016.06.28 17:10:52
Q:
好的，谢谢老师，那如果我想看看我所研究的分子在水溶剂中对其紫外光谱的影响，这样的话gaussian处理应该注意什么，或者有更好的应对办法嘛
可是所用溶剂水与我所研究的分子反应，这样就可以？
A:
都用隐式溶剂模型
反应前和反应后的光谱分别考察
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2016.06.28 18:07:52
Q:
只能做出[图片]固体的，半透明不行
[图片]
A:
[图片]
调好色彩刻度，仔细follow我的博文的过程
Q:
[图片]我怎么画出这样的了
A:
因为没仔细follow博文
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
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2016.06.28 18:15:19
Q:
这个量子化学培训班每天培训多长时间呀。
A:
8个小时
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2016.06.28 18:17:02
Q:
[图片]出现了这个错误然后我加了[图片]为什么就出现了这样的错误[图片]我该怎么解决？
出错了呀没有再算啊
[图片]
[图片]
A:
看输出文件末尾
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2016.06.28 18:36:02
Q:
sob老师，我问下，gaussian是不是一般都是8核并行？如果我16核并行，效率会有提高吗？提高多少？
没有理由不行啊
A:
有16核你就16核并行
Q:
16核心效率更高，smp的花
效率会提高一倍吗？我怎么印象里GAUSSIAN就是最高8核的？
A:
[图片]
没有上限
显然不可能提升一倍
Q:
并行化最好的是ORCA和VASP
A:
%nproc必须小于等于-n
%nproc是实际用的核数
ORCA轮不上，量化里并行较好的是NWChem、ADF、demon2k
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2016.06.28 18:44:50
Q:
大社长，优化的时候，SCF里的delta-E居然是NaN，这是怎么回事，怎么解决呢？
A:
不好说，看具体情况
Q:
从第二个自洽场圈开始就是这样
A:
各种尝试
Q:
我加入了色散校正
是不是先去掉色散校正，在收敛以后在加入？
A:
没必要
[图片]
[图片]
Q:
解决自洽场不收敛的方法，前四个都尝试了
A:
换换初猜，换换基组
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2016.06.28 18:48:11
Q:
[表情]问下谷歌有什么有什么稳定的代理。。。
几个免费的代理都非常不稳定
A:
http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
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2016.06.28 19:04:58
Q:
2107 basis functions的体系，做 #p BMK/genecp polar=(DCSHG) int=(ultrafine) scrf=(smd,solvent=toluene)
好慢啊，怎么破？@Sobereva
A:
改小基组，不用ultrafine
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2016.06.28 19:15:45
Q:
请教下老师，用amber进行分子动力学模拟，怎么才能把某个分子放在box的中间呢？因为我跑完分子动力学模拟，我想要的那个分子往往运动到边上。谢谢老师
A:
可以对其中一个原子加约束势
Q:
请问下老师这个约束势是怎么加上去的呢？是限制我想要的分子中的某个原子不进行大幅度移动吗？@Sobereva
A:
用NTR，手册里搜搜就能找到
Q:
请问下老师您说的这个是amber里面的输入文件ntr参数吗？
A:
是
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2016.06.28 19:19:59
Q:
请问各位老师，在用counterpoise计算相互作用能的时候，输出文件里complexation energy（corrected）的正负代表的意义是什么？谢谢/抱拳
A:
就是BSSE校正后的相互作用能
Q:
哦，那请问sob老师，我在m062x/6-31+g(d)基组下分别计算了两个体系，一个是正值，一个是负值，这个正负代表的是什么意思呢？
A:
负值代表片段相互作用导致体系能量降低，这是一般情况；正的代表能量反倒升高（此时肯定体系没合理优化）
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2016.06.28 19:30:54
Q:
谢谢！“请问有把分子晶体的结构截取出一个cluster，然后用高斯获得波函数，继而做各种波函数分析的文献吗”，我的意思是可供引用的参考文献，能提供一些吗？
A:
引Multiwfn原文就可以
这篇文章也是截取团簇DOI: 10.1002/poc.3111
----------------------------------------------------
2016.06.28 22:50:03
Q:
老师们问个问题如果判断乙烯基三氮唑和烯丙基三氮唑的那个活性更好点，要通过什么分析来证明那个活性好点呢？？
老师们问个问题如果判断乙烯基三氮唑和烯丙基三氮唑的那个活性更好点，要通过什么分析来证明那个活性好点呢？？
是通过轨道呢，还是电荷呢？
A:
看群共享里《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》，以及
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
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2016.06.28 23:40:28
Q:
[图片]老师，这个意思是做CDA的时候如果我用fchk文件作为Multiwfn的输入时候是是不是只要吧优化好的结构，在计算各单点，把每个片段再计算一个单点然后拿fchk文件就可以了，对于pop=full都不需要，（ps：单点计算是应该要加nosymm的吧）
A:
是的
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2016.06.29 00:06:36
Q:
[图片]请问老师，http://sobereva.com/83这里的方法基组说的是几何优化时候还是单点能量计算的时候？
A:
上面专门提了
[图片]
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2016.06.29 00:09:48
Q:
请教，sob老师那个‘基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格’中，先形成络合物再TS的反应，用单分子还是双分子？
A+B→[A.B]→[A.B]≠→[C]
A:
如果络合物相对稳定就当成单分子，否则当成双分子反应
----------------------------------------------------
2016.06.29 01:40:38
Q:
如何view mopac 中IRC 每步的能量？如下图[图片]
A:
写个脚本甚至直接用grep从输出文件中提取IRC能量然后放origin绘图即可
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2016.06.29 05:36:06
Q:
老师，我用mutiwfn做的这种图感觉只显示了一部分图像[图片]这怎么调节可以整个分子都显示
A:
平面图注定只能显示一个平面，何谓都显示？
都显示最直观的就是看等值面图
----------------------------------------------------
2016.06.29 06:48:54
Q:
我最近在研究单分子导电性，打算做transmission function的计算，想问一下Gaussian可以做吗？有没有例子能分享一下？谢谢！
A:
高斯本身做不了，你可以看看这个有没有用
http://www.alacant.ua.es/index.html
----------------------------------------------------
2016.06.29 07:23:28
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
那些程序是干嘛的在第二轮通知里会统一说明，不用急
----------------------------------------------------
2016.06.29 16:46:31
Q:
打扰大家麻烦帮我看看
%chk=7bna.chk
%mem=5GB
#p counterpoise=5 mp2 opt genecp integral(grid=ultrafine)
Title Card Required
1 1
I(Fragment=1) -2.84657800 0.42578000 -0.07763200
I(Fragment=2) -0.42580300 -2.84582300 -0.07573800
I(Fragment=3) 0.42576200 2.84553700 -0.07578000
I(Fragment=4) 2.84696500 -0.42546700 -0.07760300
F(Fragment=1) -2.88338800 -1.57351000 0.00785900
F(Fragment=2) 1.57341400 -2.88357200 0.00936800
F(Fragment=3) -1.57353600 2.88312600 0.00937200
F(Fragment=4) 2.88266000 1.57383700 0.00838700
Na(Fragment=5) -0.00097300 -0.00003400 1.44936900
F 0
6-311+g(d,p)
****
I 0
lanl2dz
****
I 0
lanl2dz
Na 0
6-311+g(d,p)
总是Consistency failure #1 in FindCO.
Error termination via Lnk1e in /scratch/g09/l801.exe at Thu Jun 30 02:37:59 2016.
这是怎么回事
A:
写得乱七八糟，完全不符合格式
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
优化时候甭用counterpoise
Q:
这是bsse矫正
算片段
A:
你这是在优化过程中用counterpoise，然而counterpoise只适合计算相互作用能时候用！
用了counterpoise好好的MP2解析梯度完全糟蹋了！
MP2还设ultrafine，完全多余，DFT计算才牵扯到格点精度
Q:
我都是小木虫上查的
A:
那是菜鸟乐园
在那里呆的时间越长水平越低
Q:
可是我还是不知道错哪除了不要ultrafine
输入文件该咋写
A:
那里正经的学不到多少，净学一些5/13=1、maxcyc=几百之类
最简单且可靠、准确的做法：
#p MP2/def2tzvp opt
Q:
%chk=7bbe.chk
%mem=5GB
#p mp2 opt genecp
Title Card Required
2 1
I(Fragment=1) 2.46514700 -0.50655200 0.00036500
I(Fragment=2) -0.50652800 -2.46379900 -0.00028000
I(Fragment=3) 0.50698400 2.46380500 -0.00037400
I(Fragment=4) -2.46564800 0.50660800 0.00031600
F(Fragment=1) 1.76059300 -2.43281900 0.00001500
F(Fragment=2) -2.43372200 -1.76129800 -0.00044700
F(Fragment=3) 2.43383500 1.76062900 -0.00027300
F(Fragment=4) -1.76052600 2.43335700 0.00050700
Be(Fragment=5) 0.00018900 -0.0005320
0 0.00009100
F 0
6-311+g(d,p)
****
I 0
lanl2dz
****
I 0
lanl2dz
Be 0
6-311+g(d,p)
A:
另外没特殊必要甭用MP2。B3LYP足矣，结果绝不会比MP2差
#P B3LYP/def2TZVP opt
That's all
更划算的做法：
#P B3LYP/def2TZVP//B3LYP/def2SVP
Q:
基组对吗？
哪还有必要写Fragment=1
麻烦老师了
A:
照我的写关键词，其它关键词一律甭写
fragment=x去不去无所谓，此时不会影响结果
Q:
可是我就是需要用MP2 算
是不是一开始就错了？
A:
那你就把B3LYP替换为MP2就完了
Q:
%chk=7bbe.chk
%mem=5GB
#p B3LYP opt genecp
Title Card Required
2 1
I(Fragment=1) 2.46514700 -0.50655200 0.00036500
I(Fragment=2) -0.50652800 -2.46379900 -0.00028000
I(Fragment=3) 0.50698400 2.46380500 -0.00037400
I(Fragment=4) -2.46564800 0.50660800 0.00031600
F(Fragment=1) 1.76059300 -2.43281900 0.00001500
F(Fragment=2) -2.43372200 -1.76129800 -0.00044700
F(Fragment=3) 2.43383500 1.76062900 -0.00027300
F(Fragment=4) -1.76052600 2.43335700 0.00050700
Be(Fragment=5) 0.00018900 -0.00053
200 0.00009100
F 0
6-311+g(d,p)
****
I 0
lanl2dz
****
I 0
lanl2dz
Be 0
6-311+g(d,p)
%chk=7bbe.chk
%mem=5GB
#p B3LYP opt genecp
Title Card Required
2 1
I(Fragment=1) 2.46514700 -0.50655200 0.00036500
I(Fragment=2) -0.50652800 -2.46379900 -0.00028000
I(Fragment=3) 0.50698400 2.46380500 -0.00037400
I(Fragment=4) -2.46564800 0.50660800 0.00031600
F(Fragment=1) 1.76059300 -2.43281900 0.00001500
F(Fragment=2) -2.43372200 -1.76129800 -0.00044700
F(Fragment=3) 2.43383500 1.76062900 -0.00027300
F(Fragment=4) -1.76052600 2.43335700 0.00050700
Be(Fragment=5) 0.00018900 -0.00053200 0.00009100
F 0
6-311+g(d,p)
****
I 0
lanl2dz
****
I 0
lanl2dz
Be 0
6-311+g(d,p)
对了吗？
A:
[图片]
何故自定义基组，用得基组不合理，格式还错了
Q:
%chk=7bbe.chk
%mem=5GB
#P B3LYP/def2TZVP opt
Title Card Required
2 1
I(Fragment=1) 2.46514700 -0.50655200 0.00036500
I(Fragment=2) -0.50652800 -2.46379900 -0.00028000
I(Fragment=3) 0.50698400 2.46380500 -0.00037400
I(Fragment=4) -2.46564800 0.50660800 0.00031600
F(Fragment=1) 1.76059300 -2.43281900 0.00001500
F(Fragment=2) -2.43372200 -1.76129800 -0.00044700
F(Fragment=3) 2.43383500 1.76062900 -0.00027300
F(Fragment=4) -1.76052600 2.43335700 0.00050700
Be(Fragment=5) 0.00018900 -0.000
53200 0.00009100
F Be 0
6-311+g(d,p)
****
I 0
lanl2dz
****
I 0
lanl2dz
%chk=7bbe.chk
%mem=5GB
#P B3LYP/def2TZVP opt
Title Card Required
2 1
I(Fragment=1) 2.46514700 -0.50655200 0.00036500
I(Fragment=2) -0.50652800 -2.46379900 -0.00028000
I(Fragment=3) 0.50698400 2.46380500 -0.00037400
I(Fragment=4) -2.46564800 0.50660800 0.00031600
F(Fragment=1) 1.76059300 -2.43281900 0.00001500
F(Fragment=2) -2.43372200 -1.76129800 -0.00044700
F(Fragment=3) 2.43383500 1.76062900 -0.00027300
F(Fragment=4) -1.76052600 2.43335700 0.00050700
Be(Fragment=5) 0.00018900 -0.00053200 0.00009100
F Be 0
6-311+g(d,p)
****
I 0
lanl2dz
****
I 0
lanl2dz
这次对了吧
A:
y
Q:
。。。
%chk=7bbe.chk
%mem=5GB
#P B3LYP/def2TZVP opt
Title Card Required
2 1
I 2.46514700 -0.50655200 0.00036500
I -0.50652800 -2.46379900 -0.00028000
I 0.50698400 2.46380500 -0.00037400
I -2.46564800 0.50660800 0.00031600
F 1.76059300 -2.43281900 0.00001500
F -2.43372200 -1.76129800 -0.00044700
F 2.43383500 1.76062900 -0.00027300
F -1.76052600 2.43335700 0.00050700
Be 0.00018900 -0.00053200 0.00009100
A:
[图片]替我把想说的说了
Q:
这样也可以得出BSSE 能量的结果？
A:
一码事归一码事
当前算的是总能量
不要老想什么BSSE、BSSE、BSSE，先弄清楚到底要算什么
很多初学者听到BSSE，脑子里就总想BSSE，都没搞清楚本意
----------------------------------------------------
2016.06.29 16:50:52
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.29 17:10:15
Q:
老师，我搜了补色图，结果发现没有带波长刻度的，我自己怕加错了，所以还是想要您给发一下吧
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.29 17:35:37
Q:
科音的培训还得听听啊，这点钱花的绝对值，比自己瞎捉摸强多了
A:
然
Q:
想问下那个培训课是一定要到北京去上吗？有网络视频课程吗？
那上海这边有类似的课程吗？
A:
说来《大唐玄奘》还不错
Q:
这是对烂片高度免疫的情况下做出的异常排异反应
A:
我是在暗喻
Q:
我用高斯分析LiH的振动，结果出现了[图片]
我查资料，这个应该是只有IR活性，这是怎么回事？
你也算拉曼光谱了
方法是什么
A:
要学玄奘的求学精神
Q:
#p b3lyp/6-31g freq=raman
有点烂
A:
写6-31G的都看此文3.9节
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
明白了，大家去北京学量化，和玄奘去天竺取真经是一个道理
A:
别说出来，这就不是暗喻了
Q:
[表情]原来大社长已经顿悟成佛了
A:
B3LYP/6-31G*的结果
[图片]
Q:
这么少的原子，完全可以上一点精度
A:
肯定前面那个人没做优化
B3LYP/def2TZVP
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.29 17:40:24
Q:
我用高斯分析LiH的振动，结果出现了[图片]
我查资料，这个应该是只有IR活性，这是怎么回事？
#p b3lyp/6-31g freq=raman
为什么即有IR intensity 又有Raman Activity?
为什么即有IR intensity 又有Raman Activity?
A:
本来就不是严格互斥的
----------------------------------------------------
2016.06.29 18:22:40
Q:
sob老师，我做发射光谱，优化完激发态结构以后，还要做一次TD，对吧
A:
否
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
帖子我看过，不过当时是浏览，我这次好好看看
我记得是要用激发态的几何结构再做一次TD啊，就像是做基台的吸收光谱一样的程序[表情]
那么，以前我貌似也做过用激发态的几何结构再做一次TD，这是错的，还是多余？@Sobereva
A:
气相下多余。如果是溶剂下就是错的了。
----------------------------------------------------
2016.06.29 18:26:55
Q:
任务显示还在进行中，但log文件好几小时不写入了，是不是可以kill它了？
opt优化
# p opt b3lyp/6-31g empiricaldispersion=gd3
A:
今天看两次6-31G了都
Sobereva(190258442) 9:43:06
写6-31G的都看此文3.9节
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
我知道，先用小基组再加大
A:
小也不能用6-31G，丢死人
尤其还是牵扯到弱相互作用时候，定性正确都够呛，白费功夫
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
原子太多，大基组算不动呀
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2016.06.29 18:27:26
Q:
SOB老师，请问对于完全HOMO-->LUMO的跃迁，电子空穴积分和那个<|HOMO||LUMO|>模的积分是不是存在一个平方关系？感觉算出来的有的是这样，但是有些偏差比较大。尤其是CT大，重叠积分数值比较小的情况，偏差很大
A:
不知道你说的电子空穴积分具体指什么
Q:
就是Multiwfn给的[图片]
主功能18里那个
A:
和HOMO与LUMO模的积分没有解析的对应关系，但有相关性
Q:
谢谢老师。从方程上看HOMO的平方似乎就是Electron密度，LUMO的平方是Hole的密度？所以我才觉得会有个定量的平方关系。不知道理解有没有错，谢谢老师。
A:
但具体考察overlap的方式不一样，所以结果并没对应关系。
Q:
是说计算过程吗？Hole-Ele.重叠是min{hole,ele}，模的积分是直接积分的。这两个参数的计算过程有多大差别呢？而且我发现模的积分算起来特别慢
A:
就是定义不同，一个取min，一个是模的乘积
模的积分用的是交换相关泛函的积分方法，精度-耗时关系可以自己调节
----------------------------------------------------
2016.06.29 18:29:48
Q:
还有，上次你推荐的R-ORP基组做超极化率计算，我的体系貌似不行，这个基组有些大，算了十天以后，纷纷报错收敛失败，请问还有没有什么小一点的基组但是比较好的计算超极化率？
[图片]谢谢，我再看看您的帖子，学习下
A:
def2SVPD，但不要指望多好，只是同等大小情况下这个最佳
Q:
多问一句，这个基组和6-311g(d)比大小如何？我用6-311g(d)是否可以？
A:
超极化率必须有弥散，6-311G*绝对不行
Q:
def2SVPD也是自定义的吧？
可以直接写
不识别在用自定义基组
A:
去EMSL拷
----------------------------------------------------
2016.06.29 18:43:47
Q:
[图片]老师我想问一下做分子轨道图的HOMO和LUMO图现在为什么不能做了？
老师，可是我用了好几台电脑都出现了这样的问题，都是visualize不可操作
A:
[图片]
Q:
是呢，我打开的是fchk文件，以前还能打开，现在打不开了
请问还有什么软件可以做homo和lumo 图呢？？？
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2016.06.29 18:51:53
Q:
老师，您上次推荐用def2-tzvp算碘，是指计算能量的时候用么？我用m062x/def2-tzvp opt优化太慢了，是否可以使用采用m062x/6-31g(d,p)对碘进行赝势优化后，用m062x/def2-tzvp跑单点？结构差异会不会很大？另外def2-tzvp的计算量相当于pople机组里的哪一个级别(6-311++g(d,p)?)?@LiYuanhe
A:
def2SVP优化，def2TZVP单点
----------------------------------------------------
2016.06.29 19:16:15
Q:
我还想问一下，利用hessian矩阵对角化计算的频率模式，是不是会有平动和转动？
A:
会
----------------------------------------------------
2016.06.29 19:23:22
Q:
请问这样的需要怎么解释呢，The difference in HOMO-LUMO gap between B3LYP and MP2 appears to be too large. These values need to be verified or an explanation given.
当时用两种方法计算得到的，审稿人回复的意见，这个怎么解释呢
现在要怎么办呢，
A:
MP2脱离了单电子近似，根本都没有gap
Q:
我是用MP2方法，然后在fchk文件找到的homo-lomo，然后相减得到的
A:
分明是HF的gap
但凡看到用后HF算gap的，一定后HF理论知识一窍不通
Q:
sob老师对这个不是太懂，是不是MP2就没有所谓的gap,那我要怎么解释呢
A:
说自己当年糊涂了，MP2 gap实际是HF gap，因为B3LYP的HF成份只有20%，HF成分越小gap越小，所以差了十万八千里
明显不懂
Q:
[图片]在一篇文章中看到的，就这样模仿了
A:
以讹传讹
IF接近10的期刊文章都有这么干的
没法这么说。
MP2是基于HF波函数再考虑电子相关的方法
Q:
[图片]，这部分似乎该有参考文献？对杂化泛函不懂，求大神推荐有讲杂化泛函的书或者ppt。[表情]
A:
常识
Q:
写文章的时候可以直接写上就行了？
A:
it is well known that...
群共享里Alternant conjugated oligomers with tunable and narrow HOMO-LUMO gap as sustainable nanowires也用了几种泛函算gap，数据也明显证实这一点
----------------------------------------------------
2016.06.29 20:17:43
Q:
[图片]
高斯输出文件末尾的这一大坨文字，里面有些什么信息？
我想快速定位优化结果中的最终能量在什么位置
A:
包含能量、原子坐标、力常数、偶极矩之类一大堆信息
----------------------------------------------------
2016.06.29 21:35:02
Q:
有没有关于能垒的计算
A:
有，所有平时碰得到的问题培训里几乎都会讲
----------------------------------------------------
2016.06.29 23:36:14
Q:
请问WFN的培训今年还有吗
A:
明年上半年。不是每年都有，大概一年半到两年一次。
----------------------------------------------------
2016.06.30 00:51:28
Q:
老师：您好！对于同种元素不同大小的环，芳香性的强度发现和环中键的长度是呈反比的，例如：环中键越短，芳香性越长？这种原因是否可以理解为：键的长度越短，相互作用越强，电子越集中，造成了磁屏蔽效应越强？。请问可以这样理解吗？老师，请问，您的理解是？谢谢~~
A:
意义不明，是键的数目相同，但是键的长度不同；还是键的长度差不多，但组成环的键数不同？
----------------------------------------------------
2016.06.30 00:57:59
Q:
[图片]请问下在做AIM分析时输出的这个单位是什么呢？
A:
Multiwfn里没注明单位的一律是a.u.，屏幕上有提示
----------------------------------------------------
2016.06.30 02:31:15
Q:
老师这里的两个自然院子轨道占据有什么区别：[图片][图片]
A:
对总密度矩阵，和对某个自旋的密度矩阵分别分析的结果。要看总的就看第一次输出的
----------------------------------------------------
2016.06.30 04:24:39
Q:
带隙能量和发什么颜色的光有什么关系吗
带隙能量减小不是发生红移对应相应的光
那带隙能量发生变化能说明什么问题那
A:
对周期性体系，带隙越小，发的光越红
----------------------------------------------------
2016.06.30 04:31:40
Q:
高斯可以保存PDB格式吗，试了下，保存失败
A:
gv能保存，不可能保存失败，除非操作错误
----------------------------------------------------
2016.06.30 04:38:53
Q:
请问, oniom方法优化至过渡态,模型有60个原子,带1个负电荷,模型最差也应该采用什么方法和基组?
我就是不想加弥散
这个弥散太讨厌了
加了弥散基本没有收敛的可能性
A:
用不着弥散。即便带负电荷，3-zeta优化也够了。特别是如果只在极个别位置有负电荷，只给它们加弥散也就够了。
Q:
请问下在有阴离子的体系下，可不可以先用b3lyp/6-32g(d,p)低点基组的优化，最后只用加上弥散的基组算个单点呢？
我出的一些数据发现低基组的，和加上弥散算个单点的数据，结果趋势是一致的，那可不可以就只用低基组的B3LYP/6-31g(d,p)呢？
A:
优化时候不加弥散可接受，对于阴离子，单点还是要加上的。
Q:
我的分子带一个正电，变成了0,2，也必须家弥散吗？弥散怎么加，我没遇到过
A:
当然不加
Q:
谢谢帮我指点一下
A:
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
这里也提到弥散
Q:
如果不加，以前的双建，优化之后，就变成单肩，而且单的电子也没有
A:
弥散绝对不会造成这种程度的影响的
----------------------------------------------------
2016.06.30 05:56:53
Q:
大社长，对于氧化锌这样的体系适合用M06-2X吗
A:
可以，不过未必比B3LYP更好，毕竟M06-2X拟合参数还是冲着主族去的
----------------------------------------------------
2016.06.30 05:58:19
Q:
请问老师我计算了一个D4h结构的ELF-sigma/pi 结果分别为0.99和0.85，随后又计算了该结构的NICS(1)_zz 结果为正的9.8 请问老师这个结果是不是说明该结构根本就不具有芳香性啊
A:
再算算四中心键级
----------------------------------------------------
2016.06.30 06:01:12
Q:
sob老师，我最近在学习newton-X这个软件，在结合G09做Surface hopping dynamics的时候，按照教程一步一步来，一直得不到教程里的176个trajectories，生成的这个文件夹总是空的，您用过这个吗？我试了好几次也没找出原因。或者您能给介绍一个用过这个软件的让我请教一下吗？多谢
A:
我没实际试过，直接写信问作者就完了
小众向程序一律问作者为宜
Q:
做激发态动力学模拟的话什么软件会好一些？
A:
newton-x就可以
高斯也可以，但没法考虑surface hopping
----------------------------------------------------
2016.06.30 06:04:02
Q:
老师用VMD绘制这个图，[图片]结果选择S了slected molecular的时候选不了，这种情况怎么办
A:
意义不明，不知道你说的什么，截个图
Q:
[图片]就是这里哪个下拉的时候选不了
A:
肯定还没载入文件呢
Q:
[图片]
A:
别有中文路径
----------------------------------------------------
2016.06.30 06:05:43
Q:
老师 gromacs里面跑完的二进制文件我怎么转换成可读的十进制文件呢谢谢您
A:
没有所谓的十进制，只有二进制和文本文件之分
你可以转成.gro轨迹，是文本编辑器可读取的
VMD里也可以转成.xyz轨迹，也可以文本编辑器打开
----------------------------------------------------
2016.06.30 06:15:12
Q:
请问sob老师，您这篇文章[图片]中的这些原子电荷计算方法可以用Gaussian实现的除了Mulliken,NPA还有哪些方法，是用pop=*(方法名)吗？不能用Gaussian实现的分别可以用哪些程序实现？谢谢老师解答
A:
CHELPG、QEq高斯也能算
Hirshfeld、AIM高斯虽然能算但不建议用，Multiwfn计算为宜
Q:
嗯，谢谢老师，QEq也是用关键词pop=QEq吗
A:
ADCH只能用Multiwfn算
Q:
好的，谢谢sob老师
A:
分子力场后面写=QEq，诸如UFF=QEq，输出文件一开始就会输出
Q:
sob老师，分子力场后面写=QEq不是很懂，像我的这个输入[图片]该怎么改，里面没有分子力场吧？
A:
#P UFF=QEq
Q:
UFF是什么力场，还是默认的？
A:
google "分子力场 UFF"
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2016.06.30 06:23:36
Q:
社长大人，我用TDDFT B3LYP+cc-PVDZ做得UV-Vis吸收谱比实验值高差不多60nm这正常么
但是谱形状基本一致
A:
正常
Q:
那么有没有降低这个差值的方法么
用EOMCCSD会不会好一点
A:
换高点HF成份的泛函
当然会更好，慢死
Q:
恩恩，我另外一台机器在跑确实很慢而且很占硬盘
高点HF成分的泛函一般有哪些啊
A:
[图片]
Q:
soga我明白了
社长gaussian里是不是就这些泛函，我看帖子里提到的要比软件中的多
[图片]
A:
否，所以不要依赖gv
靠gv能用的高斯的功能不超过1/4
Q:
哦哦，我一般是看gv里有才敢写到输入文件里
也就是说gaussian里这些都有只是gv没有显示是么
A:
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_dft.htm
[图片]
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2016.06.30 09:11:05
Q:
[图片]
初次安装AmberTools（16版本），编译了串行版本（未加mpi），test 约1小时了仍未结束，是否正常？
A:
继续等
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2016.06.30 16:10:23
Q:
limiting thermal rates evaluated at the T, E, and or E/J resolved levels这句话里面的T E E/J是什么意思
A:
T体系温度
E分子能量
E/J里面的J代表分子转动量子数
Q:
谢谢老师，这里面的E和E/J是两种不同的水平，不太能理解，为什么要用E/J？
A:
考虑不同J下反应速率的不同可以把问题从理论上研究得更细致
但通常不需要考虑J
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2016.06.30 16:34:14
Q:
oniom方法的输入文件里，分子说明后面有connection, 有冗余坐标，有附加参数。如果为不同原子指定不同基组的话，请问这一段加在分子说明后面的什么位置呀？
A:
查这个顺序表即可
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_input.htm
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2016.06.30 16:42:46
Q:
各位老师好，我有一个小问题想请教一下，我在298K下做的优化加频率计算，那么考虑373K时候的情况，是否可以仅在298K结构基础上计算单点能呢？谢谢！
A:
单点能又不依赖于温度，意义不明
想得到373K热力学数据就用freqchk载入之前freq任务的chk文件然后输入指定温度
Q:
谢谢老师！我只保留有过渡态的chk文件，可否基于298K的优化结构直接算频率呢
A:
可以
Q:
老师想请教一下这样输入[图片]是否可行？[表情]恳请老师指点！
A:
可
Q:
Sob老师我还有一个小问题想请教您，单点能不依赖温度那么我298K下的溶剂化能是否可用于373K下呢？如果不可以，那么373K下的溶剂化能是否都需要输入温度？谢谢老师！
A:
靠隐式溶剂模型获得的溶剂化能只能是常温的
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2016.06.30 16:45:06
Q:
老师，对于自旋多重度是3的开窍层，tddft计算的时候，怎么做？直接0,3 singlet，triplet都失效了吧？
A:
0 3 TD
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2016.06.30 17:00:47
Q:
老师，先用小基组优化完再换大基组计算能量，优化和计算的时候算法需要一致吗？
A:
不要求
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2016.06.30 17:03:55
Q:
[图片]
扫描势能曲线时出现上面错误，怎么办？
A:
opt=cartesian
Q:
关键词opt=（modredundant，cartesian）这么写对么？
A:
否
此时没法用cartesian
只能通过尝试定义不同的扫描方式试图绕过那个问题
Q:
可不可以把最后的构型取出来继续扫描？
或者是换个步长？
A:
try
Q:
[图片]
老师，扫描势能曲线时这个错误怎么办？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
势能面柔性扫描就是限制性优化，解决方法类似
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2016.06.30 17:15:52
Q:
老师，各位大神，请问单个原子的HOMO-LUMO gap是否有意义？HOMO LUMO等分子轨道是由轨道-轨道相互作用产生，那么在高斯中如果计算单个原子的HOMO和LUMO是否准确，如果准确，高斯中是通过什么方式得到的？
A:
准不准确看用的级别（实际上gap本身不是可观测量，是单电子近似的产物）
计算方式和分子一样
没什么用处
Q:
谢谢老师，那如果对于单个原子在高斯中是怎么处理轨道-轨道相互作用的呢?
A:
意义不明
学些理论方法的基本知识就自然明白了，多看点量化书
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2016.06.30 17:37:32
Q:
老师，如果引用VMD和Origin，该引用那些文献呢？
A:
origin不用引，也不用提。非要引就引网址
VMD一启动就显示了怎么引用
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2016.06.30 17:43:02
Q:
cm-1怎么换算成能量？
A:
讲义里计算化学工作者的常识那部分写了
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2016.06.30 17:44:42
Q:
老师，那M06-2X，PBE0泛函怎么引文呢？基组我知道，基组库里有
A:
随便找篇用着这泛函的文献看他们引的就知道了
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2016.06.30 18:19:41
Q:
老师计算NBO出现这样的错误：输入文件[图片][图片]；输出文件：[图片]谢谢
A:
去掉orbitals=40
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2016.06.30 18:20:43
Q:
请教各位老师，我在做激发态优化时，不加弥散就能正常结束，加弥散就自洽场不收敛，但是我还需要加弥散的结果，我该怎么办？
A:
激发态优化根本用不着弥散
非要加看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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