计算化学公社

标题: 求助 RNA pdb文件在生成拓扑时报错，显示残基未在库里找到，但DNA却可以 [打印本页]

作者
Author: duzy 时间: 2023-5-20 15:06
标题: 求助 RNA pdb文件在生成拓扑时报错，显示残基未在库里找到，但DNA却可以
求助各位老师，前辈，RNApdb文件在生成拓扑时报错，显示残基未在库里找到，但DNA却可以，想问一下库里有没有RNA残基的定义呢？如果有，我是不是需要把pdb文件残基名修改一下呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-20 15:23
自觉交代清楚所有相关细节，连用的什么力场都不说

作者
Author: duzy 时间: 2023-5-21 10:37

sobereva 发表于 2023-5-20 15:23
自觉交代清楚所有相关细节，连用的什么力场都不说

老师您好，我用的是gmx pdb2gmx指令，charmm36-2017力场，tip4p模型，选用的是一段RNA序列，pdb如下。 (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-21 17:48
为什么用那么老版本的CHARMM力场，太过时了

去看力场目录下的r2b文件，弄清楚pdb里的残基名是怎么往rtp里的残基名映射的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)