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标题: 如何用LIIC方法得到分子的坐标？ [打印本页]

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Author: 赤赤媛 时间: 2023-5-22 00:51
标题: 如何用LIIC方法得到分子的坐标？
本帖最后由赤赤媛于 2023-5-22 01:01 编辑

各位老师好，我想用文献上的方法即LIIC方法得到分子二面角的势能曲线，他的方法如图所示，我理解他的思路，但是不知道他用什么操作得到的系列等间隔坐标，恳请大佬多多指教，谢谢！！

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Author: sobereva 时间: 2023-5-22 02:12
就是对俩结构的所有内坐标之间进行线性插值产生各个新坐标，自己写个程序即可，没什么特别的

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Author: niobium 时间: 2023-5-22 08:15
可以借助ORCA的NEB，提交个任务立马kill掉，得到的初始路径就可以用

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Author: zjxitcc 时间: 2023-5-22 10:39
LIIC是文献的做法，但你可青出于蓝而胜于蓝，用更好的插值手段（如IDPP），教程例如
《使用ASE实现idpp方法插值NEB路径》https://zhuanlan.zhihu.com/p/469883137
《CINEB过渡态初始结构的生成》https://zhuanlan.zhihu.com/p/397534264

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Author: 赤赤媛 时间: 2023-5-22 12:04

sobereva 发表于 2023-5-22 02:12
就是对俩结构的所有内坐标之间进行线性插值产生各个新坐标，自己写个程序即可，没什么特别的

谢谢社长解答，

菜鸟不会写程序，试了刚性二面角扫描，没扫出这个趋势

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Author: zjxitcc 时间: 2023-5-22 12:13

赤赤媛发表于 2023-5-22 12:04
谢谢社长解答，菜鸟不会写程序，试了刚性二面角扫描，没扫出这个趋势

压根不用写程序（虽然确实挺简单的）。我在4L都给你教程了

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Author: 赤赤媛 时间: 2023-5-22 12:16

zjxitcc 发表于 2023-5-22 12:13
压根不用写程序（虽然确实挺简单的）。我在4L都给你教程了

非常感谢，我正在看您给的教程

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Author: 赤赤媛 时间: 2023-5-22 12:19

niobium 发表于 2023-5-22 08:15
可以借助ORCA的NEB，提交个任务立马kill掉，得到的初始路径就可以用

谢谢，组里有ORCA软件，但没有人用过NEB功能，我去看看

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Author: ulchd 时间: 2023-8-16 09:45
想问一下做出来了吗，用什么方法做的？计算小白一个，希望大佬多多赐教

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Author: ulchd 时间: 2023-8-16 09:54

zjxitcc 发表于 2023-5-22 10:39
LIIC是文献的做法，但你可青出于蓝而胜于蓝，用更好的插值手段（如IDPP），教程例如
《使用ASE实现idpp方 ...

我用高斯完成的计算，得到的gjf文件能用第一个方法去做liic吗？小白一个，请多多指教。

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Author: zjxitcc 时间: 2023-8-16 10:44

ulchd 发表于 2023-8-16 09:54
我用高斯完成的计算，得到的gjf文件能用第一个方法去做liic吗？小白一个，请多多指教。

所有的坐标文件之间都可以相互转换，你看教程里要什么坐标文件，你就把gjf转化成那个文件。常见文件转换程序：OpenBabel, Multiwfn等等。

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Author: ulchd 时间: 2023-8-19 11:05

zjxitcc 发表于 2023-8-16 10:44
所有的坐标文件之间都可以相互转换，你看教程里要什么坐标文件，你就把gjf转化成那个文件。常见文件转换 ...

我用高斯计算的gjf文件，用multiwfn转换显示不带有晶格信息转换不了，用openbabel转换后，使用ase教程的方法运行后，显示Lattice vectors must be finite and not coincident. At least one lattice length or angle is zero错误。这个晶格信息的问题应该怎么处理? 希望大佬多多指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-19 12:23

ulchd 发表于 2023-8-19 11:05
我用高斯计算的gjf文件，用multiwfn转换显示不带有晶格信息转换不了，用openbabel转换后，使用ase教程的 ...

说清楚要转换成什么
当前问题跟晶胞毫无联系

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Author: ulchd 时间: 2023-8-19 15:27

sobereva 发表于 2023-8-19 12:23
说清楚要转换成什么
当前问题跟晶胞毫无联系

我是用的该链接的方式去尝试做插值，《使用ASE实现idpp方法插值NEB路径》https://zhuanlan.zhihu.com/p/469883137，里面的程序用到的是poscar文件，我把我已经计算好的高斯文件转换成poscar文件放入代码运行时报出Lattice vectors must be finite and not coincident. At least one lattice length or angle is zero的错误，我又联想到之前尝试mulitwfn做转换时报错poscar canot be generated, because the loaded file does not contain cell information。猜测是不是没有晶格信息导致文件没法生成

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-19 18:36

ulchd 发表于 2023-8-19 15:27
我是用的该链接的方式去尝试做插值，《使用ASE实现idpp方法插值NEB路径》https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...

Multiwfn产生POSCAR文件的前提是载入的文件里包含晶胞信息
什么文件能给Multiwfn提供晶胞信息，下文明确说了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

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