计算化学公社

标题: 求助：真空条件下模拟，box瞬间变小导致全部分子挤在了一块，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-22 13:40
标题: 求助：真空条件下模拟，box瞬间变小导致全部分子挤在了一块，如何解决？
我构建了无溶剂的体系，进行nvt、npt平衡后，box大小还是正常的，但模拟完成后我看轨迹动画发现，在开始的瞬间box就变得特别小，导致我所有的物质都挤成了一块，请问这是什么原因？要如何解决呢？

作者
Author: pal 时间: 2023-5-22 15:39
所以真空环境为啥要npt

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-22 17:17

pal 发表于 2023-5-22 15:39
所以真空环境为啥要npt

不进行npr的话，就不会出现这种情况嘛，刚入门没多久不是特别了解

作者
Author: pal 时间: 2023-5-22 19:23
npt是等压，想想真空体系外部施加一个恒定的压力会怎么样呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-22 23:18
孤立体系在真空下模拟，要么不考虑周期性（此时根本没盒子的事。较新版本GROMACS已不支持），要么不用控压，由此维持盒子尺寸，使得体系附近真空区一直存在。

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-22 23:23

sobereva 发表于 2023-5-22 23:18
孤立体系在真空下模拟，要么不考虑周期性（此时根本没盒子的事。较新版本GROMACS已不支持），要么不用控压 ...

请问老师，如何做到不控压呢，老师有没有不控压的mdp文件可以让我参考学习呢？感谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-23 02:04

sd6512066 发表于 2023-5-22 23:23
请问老师，如何做到不控压呢，老师有没有不控压的mdp文件可以让我参考学习呢？感谢老师

默认就不用压浴。你不刻意设压浴自然就不控压了

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-23 10:24

pal 发表于 2023-5-22 19:23
npt是等压，想想真空体系外部施加一个恒定的压力会怎么样呢

好的好的，感谢

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-23 10:30

sobereva 发表于 2023-5-23 02:04
默认就不用压浴。你不刻意设压浴自然就不控压了

老师，请问我这个真空体系在进行能量最小化的过程势能大于0是否正常呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-23 23:36

sd6512066 发表于 2023-5-23 10:30
老师，请问我这个真空体系在进行能量最小化的过程势能大于0是否正常呢？

没法简单因为大于零就说有什么不正常之处

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)