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标题: 求助：利用校正轨迹后的xtc文件来计算相互作用能，数据异常的原因？ [打印本页]

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Author: sd6512066 时间: 2023-5-22 14:26
标题: 求助：利用校正轨迹后的xtc文件来计算相互作用能，数据异常的原因？
本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-22 14:50 编辑

利用下图1的方法计算了相互自由能，我自己需要的稳定构象的作用能是没问题的，但当我在计算平均作用能的时候发现有部分的数据非常异常，Coul-SR是负数但LJ-SR会出现很大的数，不知道是什么原因所导致，这样是不是代表我整个数据都不能用？
94700.000000  -8608.433594  -256.771179  -417.753754  38906477150208.000000  -2099.024170 -7.068302
94710.000000  -8648.493164  -293.506592  -647.726135  41408899579904.000000  -2103.358887  -65.837959
94720.000000  -8575.083984  -253.945374  -37.758816  37773438976.000000  -2186.935547  -44.256859
94730.000000  -8758.062500  -241.074295  884.035339  37311046620282880.000000  -2143.982178  -78.821342
94740.000000  -8726.827148  -232.686569  -240.524231  21382111232.000000  -2107.562744  -17.497047
94750.000000  -8751.484375  -311.351196 50.129650  4125.484375  -2069.730469  -64.304054
94760.000000  -8714.401367  -248.870071  171.976959  45858416.000000  -2162.252930  -74.591942
94770.000000  -8711.529297  -264.114838  -255.536911  15979801634406400.000000  -2104.364258  -40.184509
94780.000000  -8599.808594  -342.826660  434.171906  11956758528.000000  -2198.753418  -60.641857
94790.000000  -8734.046875  -285.688843  189.846817  41877016576.000000  -2141.372559  -70.980080

作者
Author: Huschein 时间: 2023-5-22 14:53
这种方法太粗糙了，稍微好一点就用MMPB/GBSA, 再好一些就FEP

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-22 15:02

Huschein 发表于 2023-5-22 14:53
这种方法太粗糙了，稍微好一点就用MMPB/GBSA, 再好一些就FEP

这种异常的结果会跟计算方法有关吗？也想请教下怎么用MMPB/GBSA，感谢回复

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-22 22:56

sd6512066 发表于 2023-5-22 15:02
这种异常的结果会跟计算方法有关吗？也想请教下怎么用MMPB/GBSA，感谢回复

https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

你这样的得到的相互作用能没有实际意义，不考虑溶剂效应绝对不行，这对结合有至关重要的影响

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-22 23:10

sobereva 发表于 2023-5-22 22:56
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

你这样的得到的相互作用能没有实际意义，不考虑溶 ...

请教一下，没有实际意义的原因是什么呢？是这种算法本身存在的问题吗？
感谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-23 02:05

sd6512066 发表于 2023-5-22 23:10
请教一下，没有实际意义的原因是什么呢？是这种算法本身存在的问题吗？
感谢sob老师

溶解自由能对结合自由能贡献巨大。稍微了解点MMPBSA的背景知识就知道怎么回事

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-23 10:22

sobereva 发表于 2023-5-23 02:05
溶解自由能对结合自由能贡献巨大。稍微了解点MMPBSA的背景知识就知道怎么回事

那请问老师，在真空条件下用这种计算方式是否就有意义了呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-23 23:33

sd6512066 发表于 2023-5-23 10:22
那请问老师，在真空条件下用这种计算方式是否就有意义了呢

如果你就是想考察真空下的相互作用情况，可以这样

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-24 14:34

sobereva 发表于 2023-5-23 23:33
如果你就是想考察真空下的相互作用情况，可以这样

感谢sob老师！

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