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标题: 关于金属的虚拟原子模型的参数转化为top文件的参数问题 [打印本页]

作者
Author: wmy1217 时间: 2023-5-22 15:11
标题: 关于金属的虚拟原子模型的参数转化为top文件的参数问题
本帖最后由 wmy1217 于 2023-5-22 15:13 编辑

最近在对照着关于金属离子的虚拟原子模型文献给出的相关参数写金属离子的拓扑文件，关于一些参数转化的部分还有点不是很确定，希望各位老师能帮我看看，指点一下，谢谢
模拟用的是gromacs软件，使用的力场是amber14sb，写的是Cd离子的top文件
如图，我主要不确定的是关于bond type中力常数 Kb 转化为top文件部分[bonds]中的 c1 ，Kb 的单位是kcal mol-1 Å-2，top文件的[bonds]中的c1 的单位是kJ mol-1 nm-2因此如果转化的话，是否是 800(kcal mol-1 Å-2)×4.184×10×10=334720(kJ mol-1 nm-2)

同理可得，angle type 中Kθ (kcal mol-1 rad-2) 转化为[angles]中c1 (kJ mol-1 rad-2)
结果为 125(kcal mol-1 rad-2)×4.184=523(kJ mol-1 rad-2)

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但是我看师兄的文件里两个c1分别是 669440(kJ mol-1 nm-2) 和 1046(kJ mol-1 rad-2) ，就相当于在我之前算的基础上分别再×2，我不太理解，是我算的有问题吗？

然后以下是我写的拓扑文件，老师们看看参数方面有没有什么其他问题

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作者
Author: 牧生 时间: 2023-5-22 16:02
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

作者
Author: wmy1217 时间: 2023-5-23 20:34
本帖最后由 wmy1217 于 2023-5-23 20:35 编辑

牧生发表于 2023-5-22 16:02
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

之前有看过老师这篇帖子，非常有用，因此关于R和 ε 这两个参数的转化我没有什么问题，主要是纠结于这个bond项中力常数Kb的转化，是否是Kb=800(kcal mol-1 Å-2)×4.184×10×10=334720(kJ mol-1 nm-2)如果是的话，为什么师兄的文件里是669440，是我还有其它没有考虑到吗

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