计算化学公社

标题: 请问探究药物分子在MOF中吸附与扩散的性质应该报名哪个班呢 [打印本页]

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Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-22 19:55
标题: 请问探究药物分子在MOF中吸附与扩散的性质应该报名哪个班呢
各位老师好：

我所做的方向主要是探究药物分子（有小，有大，小的例如5-FU，大的例如姜黄素、阿霉素）在MOF材料中的吸附与扩散，目前想要计算的性质有亨利常数、吸附量、吸附热、最佳吸附位点、二元组分下与溶剂分子的竞争吸附与扩散、三元组分（药物/药物/溶剂）下的竞争吸附与扩散，吸附选择性、扩散选择性、膜选择性等等。本人纯小白一个，本科机械，但是调剂到了制药系，导师看我也不会实验，就让我学习MS软件（目前也只会这一个），然后做这个方向（导师也不懂计算，甚至整个学院也就一个老师在做一点计算），经过一段时间的学习（刚开始不知道有本论坛，都是在网上东拼西凑学的一些软件操作，理论上只看了大量的文献和少部分的的计算书籍，sob老师推荐的那几本还没来得及看），请问这样的课题和水平应该报名哪个班的内容会更好呢？目前还不知道老师会不会给报班学习，我准备自费学习了（因为学到最后，知识也是对自己服务）。

请各位老师不吝赐教，感谢。

附：几篇我的方向的文献（不知道发到这里会不会有不妥）

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-22 22:45
研究MOF吸附的角度很多，以下两个培训和这个关系最大
1 北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）
2 北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）

第1个培训对分子模拟从头开始讲起，能够令零基础的人建立系统的分子模拟知识框架，并非常详细讲授GROMACS和VMD的使用，给了分子动力学研究各类问题的巨量例子。虽然研究MOF的吸附这么很具体的问题在此培训里并没给出直接例子，但只要把培训里讲的东西全都理解，自然也就知道怎么算MOF了。值得一提的是，GROMACS模拟MOF的拓扑文件可以用我开发的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）很容易地创建。你提到的一些量的计算需要用到蒙特卡罗模拟，这不是第1个培训里直接讲的，但蒙特卡罗模拟涉及的大量分子模拟的背景知识和相关程序的使用和此培训是共通的。有了这个培训的背景知识后，再去自学RASPA等蒙特卡罗程序会容易得多得多。

第2个培训系统讲怎么用CP2K做周期性计算，这对于研究MOF也非常重要。比如准确地优化MOF的结构、高精度计算MOF与小分子的吸附能、自行获得模拟MOF用的原子电荷、分析表面静电势、做基于DFT的动力学验证力场合理性等等，都可以由CP2K容易、高效地做到。你提到的文献里用Dmol3做的事情也一律都可以由CP2K实现，而CP2K功能多得多，对大体系比Dmol3还快得多，而且还完全免费。

作者
Author: xsc6 时间: 2023-5-23 00:54
和我一样，直接资费参加sob老师的各种班，所有班级都会受益匪浅。根据你的现状，我猜测你的计资源应该不是很丰富，相比于cp2k，gromacs采用显卡加速1w左右的个人电脑能算很多东西了，cp2k计算资源要求比较高，先学gromacs，后期再学一下cp2k

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Author: kimariyb 时间: 2023-5-23 11:22
楼主，如你所说，你是本科机械调剂到制药系的。那我想问问你对你要做的这些工作的基础知识了解程度如何，比如说你在帖中提到的这些名词。还是就是老师给你几个东西让你算算，然后你直接复制粘贴过来的。

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-23 20:54

sobereva 发表于 2023-5-22 22:45
研究MOF吸附的角度很多，以下两个培训和这个关系最大
1 北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.k ...

感谢sob老师回复，我会认真考虑的，因为我目前已经研二了，上学期疫情在家大半年，学习条件非常有限，导致进度非常慢，下个月基本上也要中期报告了，现在虽然有了一些用MS算出来的数据，但是对于理论上对结果的解释十分苍白，甚至都是瞎掰硬套的，所以说我的时间确实非常有限，看了培训班的预告，基本都在十一月份和十二月份，后悔现在不是研一。您提到的两个班我会继续关注的，感谢sob老师回复。

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-23 20:59

xsc6 发表于 2023-5-23 00:54
和我一样，直接资费参加sob老师的各种班，所有班级都会受益匪浅。根据你的现状，我猜测你的计资源应该不是 ...

计算资源还行，老师虽然不懂计算，但是还是给我配了一台双路主板的电脑（36核），也是我自己瞎看攻略配的，目前因为时间有限，还是想主攻一下MS，然后分析结果数据，已经研二了，下个月就中期了，sob老师的课还在年末，时间上有点来不及。

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-23 21:01

kimariyb 发表于 2023-5-23 11:22
楼主，如你所说，你是本科机械调剂到制药系的。那我想问问你对你要做的这些工作的基础知识了解程度如何，比 ...

之前虽然没做过这些东西，但是实验室的师姐还是教我做了一段时间实验，基础知识应该还是勉强跟的上的，老师是一点都不懂，只想着说把计算和实验结合起来，剩下的都让我自己摸索

作者
Author: xsc6 时间: 2023-5-23 23:13

MOFs的小奴隶发表于 2023-5-23 20:59
计算资源还行，老师虽然不懂计算，但是还是给我配了一台双路主板的电脑（36核），也是我自己瞎看攻略配的 ...

还是不建议MS，不仅分子动力学速度慢的离谱你还得确定你有它的版权（贵的一匹，你用破解版自己用用可以发文章不行），购买往届讲义配合录音，学个百分之90问题不大，跟着录音讲义闭关学个十天基本问题不大

作者
Author: xsc6 时间: 2023-5-23 23:16

MOFs的小奴隶发表于 2023-5-23 20:59
计算资源还行，老师虽然不懂计算，但是还是给我配了一台双路主板的电脑（36核），也是我自己瞎看攻略配的 ...

既然你附近没有懂哥，没有人能够详细知道你MS,MS也缺少非常系统的教程，不如购买sob老师的讲义学习gmx，系统高效，仅仅个人建议

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-23 23:27
学M$真没前途...
往届培训讲义、各种电子资料、录音，什么时候都可以买，培训介绍页面里明确说了。时间无价，早学早受益

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Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-24 09:12

xsc6 发表于 2023-5-23 23:16
既然你附近没有懂哥，没有人能够详细知道你MS,MS也缺少非常系统的教程，不如购买sob老师的讲义学习gmx， ...

感谢xsc6老师回复，我会认真考虑您的建议的。

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-5-24 09:13

sobereva 发表于 2023-5-23 23:27
学M$真没前途...
往届培训讲义、各种电子资料、录音，什么时候都可以买，培训介绍页面里明确说了。时间无 ...

感谢sob老师回复，讲义我会买的，也希望年末有机会去现场听您授课。

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