标题: 用WHAM处理COLVARS得到的窗口文件的问题 [打印本页] 作者Author: 秋心 时间: 2023-5-22 22:36 标题: 用WHAM处理COLVARS得到的窗口文件的问题 各位老师好，我在阅读WHAM手册的时候，发现这样一句话“Many simulation packages, including TINKER, AMBER, and CHARMM,do not include the 1/2 when they specify spring constants for their restraint terms. This is a common source of error ” ，我对于这句话的理解是TINKER, AMBER, and CHARMM这些程序在设置弹簧力的力常数时，设置的是k，而不是1/2k。与此同时我去阅读了COLVARS的手册里面明确提到force constant设置的是k，假设我设置的force constant= 1 单位 ，那么用WHAM处理COLVARS得到的窗口文件时，spring项应该设置为0.5？感谢各位老师的解答！