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标题: 求助：具体如何在gromacs中实现pH的模拟 [打印本页]

作者
Author: WuQs 时间: 2023-5-23 09:57
标题: 求助：具体如何在gromacs中实现pH的模拟
之前参加培训的时候老师说gromacs可能不适合做pH，但是不是不能做，现在我在用一个pH影响很大的分子，想知道具体的如何操作pH的方法试一试。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-23 16:05
我从来没说过什么“不适合做pH”这种话

根据pH恰当设置体系结构或质子化态就完了

只不过GROMACS目前官方版本没有constant pH功能，这在AMBER、NAMD里有。而现在也有修改版GROMACS支持constant pH，看J. Chem. Theory Comput., 18, 6148 (2022)。

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