计算化学公社

标题: 求助单个气体分子模拟温度耦合方式的选择 [打印本页]

作者
Author: ccccc123 时间: 2023-5-23 10:21
标题: 求助单个气体分子模拟温度耦合方式的选择
请问各位老师，我在计算单个气体分子跨膜PMF的过程中，温度耦合方式选择了V-rescale，请问是否合适，
对于这种分子数很少的模拟，请问选择那种温度耦合方式最为合适

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-24 01:18
合适
始终用V-rescale
但应当说清楚你打算怎么设控温组。不要把过少原子数的部分单独设成一个控温组。

作者
Author: ccccc123 时间: 2023-5-24 09:50
本帖最后由 ccccc123 于 2023-5-25 15:24 编辑

感谢老师的回复，我的体系是一层材料铺上离子液体，计算一个气体分子穿膜过程中的PMF,请问老师我该怎么设置控温组，目前已经做过以下尝试
1：将离子液体和气体一起耦合，但是结果很不理想，结果如下第一张图
2：换成二者分开耦合，结果如第二张图所示看起来还算正常
两种设置均使用v-rescale耦合，除控温组之外，其他设置均相同所以请问老师，我的设置有没有什么问题

作者
Author: ccccc123 时间: 2023-5-26 10:46

sobereva 发表于 2023-5-24 01:18
合适
始终用V-rescale
但应当说清楚你打算怎么设控温组。不要把过少原子数的部分单独设成一个控温组。

老师可以再指教一下吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)