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标题: 请教orca 3.0.3的运行 [打印本页]

作者
Author: qchem 时间: 2016-7-17 22:29
标题: 请教orca 3.0.3的运行

单机是ubuntu 12.04的系统apt-get install 了openmpi
orca可以运行，串行和并行都没问题
用了小卒的算例

! rhf sv(p) sv/c smallprint nopop mracpf

%casscf

nel=2

norb=2

mult=1

nroots=1

trafostep=ri

switchstep=nr

end

%mrci

tsel=1e-10

tpre=1e-10

end

%method

scanguess=pmodel

end

%paras

r=1.3385

alpha=0.0,180.0,18

end

* int 0 1

C 0 0 0 0 0 0

C 1 0 0 {R} 0 0

Br 1 2 0 1.07 120.0 0

H 1 2 3 1.07 120.0 180.0

Br 2 1 3 1.07 120.0 {Alpha}

H 2 1 3 1.07 120.0 {Alpha+180.0}

放到集群上
cent os 6.5的系统
用zsu007的方法编译了openmpi
在管理节点串行、并行都没问题
但是pbs提交之后就不行了
可以正常运行，但是很慢很慢，就没有算出来过。这个算例在管理节点上4cpu并行只用919秒，8cpu则是732秒。

这个到底是什么问题呀？
就算是直接登录计算节点，也从来没算出来过。
真是崩溃了

作者
Author: qchem 时间: 2016-7-18 20:06
问题已经解决，应该是I/O的问题，家目录里nfs，只有1000M带宽，太慢了

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2016-7-20 16:56

qchem 发表于 2016-7-18 20:06
问题已经解决，应该是I/O的问题，家目录里nfs，只有1000M带宽，太慢了

所以，有办法吗……我也碰到这个问题

作者
Author: qchem 时间: 2016-7-28 21:00

KiritsuguPapa 发表于 2016-7-20 16:56
所以，有办法吗……我也碰到这个问题

办法就是把文件放到本地硬盘上去

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2016-8-2 09:48
额…好像我们的HOME目录整个都是NFS的所以没办法…… 还是谢谢

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