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标题: 求助模拟溶CO2的油水相，考察分子间相互作用的问题 [打印本页]

作者
Author: upccr 时间: 2023-5-24 18:35
标题: 求助模拟溶CO2的油水相，考察分子间相互作用的问题
本人GROMACS小白，在做用GROMACS模拟溶CO2的油水相空间，现在想计算油相-水相，水相-CO2相，油相——CO2相的相互作用。
水相残基号1-6300.
油相残基号6301-6947
CO2残基号6948-7022
目前rerun完成了想计算的mdp，也通过gmx energy获得了数据，想知道如何通过他列出的这些计算出我上述的3种相互作用。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-26 03:45
各个组对应什么你已经知道了，选择相应的项就完了，LJ-SR就是范德华作用、Coul-SR就是静电作用。
注意做这种分析的时候不要用PME、Ewald之类在倒易空间下计算长程静电作用的方法，这部分没法分解成组之间的贡献

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