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标题: msd出图出现波动 [打印本页]

作者
Author: sj12138 时间: 2023-5-24 19:37
标题: msd出图出现波动
各位老师，我是统计的两个构型的o原子的msd，我有两个问题
1.msd应该取哪个时段是比较有意义的（比如我总共是是模拟了500ns应该取后100ns还是中间的那？）
2.为什么我的红色msd在最后接近500ns时候出现波动，这是什么原因那？应该怎么解决那？
3.我现在是每20ps输出一次，总共500ns但是点太多了，如果我想增加输出msd的间隔，应该怎么办那？

感谢各位大佬的指导

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-26 03:41
1 取平直的部分拟合，诸如可以用前350000

2 MSD跨度越大时采样越少，统计误差越大，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt

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3 用trjconv结合-skip转换轨迹，使得相邻帧之间的时间间隔更大

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