计算化学公社

标题: QST2报错 [打印本页]

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Author: 小书童 时间: 2016-7-18 12:48
标题: QST2报错
本帖最后由小书童于 2016-7-18 12:49 编辑

QST2计算报错，如下图所示。现将要做QST2过渡态计算的两个构型附上，请老师看看问题出在哪里。

作者
Author: terrorblade 时间: 2016-7-18 15:24
听说QST2会容易出错，我觉得，你要找这个过渡态，可以考虑用TS，只要设置键角变化的冗余坐标应该就行了。

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Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-18 18:00
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-7-18 18:02 编辑

没看懂你这是什么结构，右上角两个苯环上的氢哪儿去了？这么简单的过程直接TS就可以了，实在找不到（我猜这个势垒不大）就对C-C-N-N做个二面角扫描就知道了，原子数也不多。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-7-18 20:31
本帖最后由小书童于 2016-7-18 20:48 编辑

liyuanhe211 发表于 2016-7-18 18:00
没看懂你这是什么结构，右上角两个苯环上的氢哪儿去了？这么简单的过程直接TS就可以了，实在找不到（我猜这 ...

这是碳基模型，四个C原子的氢被去掉了，用来模拟活性位点。过程就是很简单，但是就是没有找到过渡态，TS的方法试过了，找到一个过渡态，但是IRC连不到这两个物质。您说的势能面扫面是刚性扫面还是柔性扫面？
TS，QST2，QST3都尝试了，就是找不到从结构1到结构2的反应路径，实在是知道如何做，Li老师您如果方便求您帮忙算一下！多谢

作者
Author: 小书童 时间: 2016-7-18 20:31

terrorblade 发表于 2016-7-18 15:24
听说QST2会容易出错，我觉得，你要找这个过渡态，可以考虑用TS，只要设置键角变化的冗余坐标应该就行了。

冗余内坐标到180°会不会报错?

作者
Author: terrorblade 时间: 2016-7-18 21:57

小书童发表于 2016-7-18 20:31
冗余内坐标到180°会不会报错?

试试角36，35，37，应该到不了180度。我也是新手。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-7-19 08:40

terrorblade 发表于 2016-7-18 21:57
试试角36，35，37，应该到不了180度。我也是新手。

事实证明，冗余内坐标好像没有报错，到了180也不会有事，放心大胆用

作者
Author: 小书童 时间: 2016-7-19 08:45
本帖最后由小书童于 2016-7-19 08:47 编辑

liyuanhe211 发表于 2016-7-18 18:00
没看懂你这是什么结构，右上角两个苯环上的氢哪儿去了？这么简单的过程直接TS就可以了，实在找不到（我猜这 ...

根据您的提示和结构，我做了角度的扫面，不是二面角。但是能量变化是单调增的，计算结果附件所示

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Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-19 12:35

小书童发表于 2016-7-19 08:45
根据您的提示和结构，我做了角度的扫面，不是二面角。但是能量变化是单调增的，计算结果附件所示

通过扫描找过渡态要做柔性扫描，刚性扫描几乎都没用。

我认为你做角度的扫描是不太合理的（截图上看不出立体来），感觉R-N2通过有部分双键成分的那根的单键的二面角旋转从左边到右边是比较合理的，没见过这么大范围直接改变键角的过程。

你把你结构的键线式画出来（or Lewis式），我不理解在何种高能过程中会产生这样的“活性位点”

作者
Author: 小书童 时间: 2016-7-20 16:21

liyuanhe211 发表于 2016-7-19 12:35
通过扫描找过渡态要做柔性扫描，刚性扫描几乎都没用。

我认为你做角度的扫描是不太合理的（截图上看不 ...

老师，您说的“R-N2通过有部分双键成分的那根的单键的二面角旋转从左边到右边”，这个是个平面结构（所有原子都在同一平面上），为什么还扫面二面角呢？输入文件我上传了，如果您有时间帮帮找一下，实在是水平低，没找到。

这个结构就是石墨烯的边缘。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-7-20 16:42

小书童发表于 2016-7-20 16:21
老师，您说的“R-N2通过有部分双键成分的那根的单键的二面角旋转从左边到右边”，这个是个平面结构（所有 ...

平面只不过说明平面角是180°或0°而已。你要扫的是180-135-90-45-0类似这样

作者
Author: 小书童 时间: 2016-7-20 16:44

liyuanhe211 发表于 2016-7-20 16:42
平面只不过说明平面角是180°或0°而已。你要扫的是180-135-90-45-0类似这样

您能指定以下二面角的组成原子吗？还是没太理解您说的哪一个二面角

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