计算化学公社

标题: 关于sob编写的转化MS轨迹格式的perl的问题 [打印本页]

作者
Author: duyao7314 时间: 2014-11-30 20:55
标题: 关于sob编写的转化MS轨迹格式的perl的问题
看了“将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法”的博客，使用该perl脚本转化轨迹文件的时候出现问题：脚本一直运行，不停止。最后24小时后手动停了，只出现一帧的.xyz格式轨迹文件。注：全原子方法，compass力场，的体系大约8000个原子，周期性的。
不知道哪里出现问题，请赐教:)

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-30 21:32
1 尝试小体系看看
2 修改代码进行调试。比如每循环一帧的时候输出一条消息，以便监控循环到哪了。或者把输出坐标的语句去掉，看看脚本是否能正常把每一帧都循环完。类似反复改写脚本测试，总能找出原因。

作者
Author: duyao7314 时间: 2014-11-30 21:38

sobereva 发表于 2014-11-30 21:32
1 尝试小体系看看
2 修改代码进行调试。比如每循环一帧的时候输出一条消息，以便监控循环到哪了。或者把输 ...

OK，十分感谢

作者
Author: 理想的环 时间: 2016-9-29 21:17

sobereva 发表于 2014-11-30 21:32
1 尝试小体系看看
2 修改代码进行调试。比如每循环一帧的时候输出一条消息，以便监控循环到哪了。或者把输 ...

插一句请教sob老师，脚本运算的速度也是服务器出版快吗？还是说脚本这个东欻上传下载比较耗费时间？组里的集群受限于网络感觉速度很一般。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-30 01:43

理想的环发表于 2016-9-29 21:17
插一句请教sob老师，脚本运算的速度也是服务器出版快吗？还是说脚本这个东欻上传下载比较耗费时间？组里 ...

完全不明白你在问什么

作者
Author: 理想的环 时间: 2016-10-9 13:14

sobereva 发表于 2016-9-30 01:43
完全不明白你在问什么

就是perls脚本转轨迹文件为坐标这个过程，台式机和服务器算哪个更快

作者
Author: 万里云 时间: 2016-10-9 14:14

理想的环发表于 2016-10-9 13:14
就是perls脚本转轨迹文件为坐标这个过程，台式机和服务器算哪个更快

台式机快。

脚本一般只会用到一个核，服务器多核心的优势发挥不出来。况且服务器CPU主频比家用CPU低，还由多人分享，因此速度反而不高。

最明显的例子就是在超算中心登录节点上执行rm命令删除文件。用top命令查看，就会发现一直在等，分到这个命令的cpu time少得可怜。在本地虚拟机里删除文件都比它快。

作者
Author: 理想的环 时间: 2016-10-14 07:17

万里云发表于 2016-10-9 14:14
台式机快。

脚本一般只会用到一个核，服务器多核心的优势发挥不出来。况且服务器CPU主频比家用CPU低， ...

恩。我也试了是这样。谢谢！

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