标题: 使用antechamber工具的疑问 [打印本页] 作者Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-18 16:13 标题: 使用antechamber工具的疑问 在利用antechamber生成小分子top文件时，遇到这样的问题：我是利用acpype.py将mol2文件转化的。但是转化前后发现原子上面的电荷都改变了。
在mol2文件中H原子的电荷：
@<TRIPOS>ATOM
22 H1 0.9439 -37.3071 16.7474 H 1 EFZ999 0.1571
23 H2 -1.2230 -36.0789 17.2546 H 1 EFZ999 0.0637
24 H3 -2.7901 -35.3540 19.0503 H 1 EFZ999 0.0633
25 H4 0.0712 -36.3918 22.0502 H 1 EFZ999 0.0637
26 H5 4.1174 -36.4186 24.5061 H 1 EFZ999 0.0433
27 H6 4.1322 -34.3764 22.3511 H 1 EFZ999 0.0277
28 H7 4.9470 -34.1923 23.9414 H 1 EFZ999 0.0277
29 H8 2.8407 -34.4039 25.0450 H 1 EFZ999 0.0277
30 H9 2.0259 -34.5881 23.4547 H 1 EFZ999 0.0277
在itp文件中H原子的电荷：
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
22 hn 1 EFZ H1 22 0.356500 1.00800 ; qtot -0.907
23 ha 1 EFZ H2 23 0.149000 1.00800 ; qtot -0.758
24 ha 1 EFZ H3 24 0.156000 1.00800 ; qtot -0.602
25 ha 1 EFZ H4 25 0.170000 1.00800 ; qtot -0.432
26 hc 1 EFZ H5 26 0.103700 1.00800 ; qtot -0.328
27 hc 1 EFZ H6 27 0.081950 1.00800 ; qtot -0.246
28 hc 1 EFZ H7 28 0.081950 1.00800 ; qtot -0.164
29 hc 1 EFZ H8 29 0.081950 1.00800 ; qtot -0.082
30 hc 1 EFZ H9 30 0.081950 1.00800 ; qtot -0.000
可以很明显看到两者不同，不知道这个过程是怎么样计算的
作者Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-18 20:19
看了文章ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE，原来是没有指定电荷会默认使用Gasteiger：If not given, ACPYPE will use the Gasteiger method [24] to guess the charge.
加上-c user就会使用自己的电荷了。