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标题: ORCA运行QMMM的时候为什么只能用1个core？ [打印本页]

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-5-25 18:04
标题: ORCA运行QMMM的时候为什么只能用1个core？
利用ORCA运行QMMM，电脑有12个物理核，但是运行以后cpu只有一个core运行（100%），如果10个核运行cpu百分比应该是1000%。怎么能按照我的输入文件设置的10核运行？还有，ORCA支持GPU吗？查了orca manual好像没有说明。谢谢各位！inp文件内容格式如下（完整文件在附件）：
!QMMM B3LYP opt tightscf 6-311G
%pal
nprocs 10
end
%maxcore 2000

%qmmm
QMAtoms {526:527 241:242 2618:2662} end
ORCAFFFilename "allp.ORCAFF.prms"
end

*pdbfile -2 1 allp.pdb

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-25 18:31
应该不会自始至终都只有一个core在运行，可能只是你看的那一瞬间只有一个core在运行。
公开的ORCA版本不支持GPU，内部版本尝试做过GPU，但效果不理想。不过假如ORCA和其他MM软件联用做QM/MM，而后者支持GPU的话，那么这个QM/MM计算也支持GPU。
此外你的理论级别极其不合理，必须加极化函数和色散校正，否则结果不能发表

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-5-25 23:16

wzkchem5 发表于 2023-5-25 18:31
应该不会自始至终都只有一个core在运行，可能只是你看的那一瞬间只有一个core在运行。
公开的ORCA版本不支 ...

谢谢老师，我就是试一试开能不能运行。谢谢提醒！

作者
Author: Deepast 时间: 2023-5-26 00:10
根据我之前的测试
ORCA在处理海森矩阵的时候没有并行，可能就是你说的这个问题
另外提醒一点，即使你使用constrain冻结了原子也依然会计算海森矩阵，要把原子active取消掉才行

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-26 02:58

Deepast 发表于 2023-5-25 17:10
根据我之前的测试
ORCA在处理海森矩阵的时候没有并行，可能就是你说的这个问题
另外提醒一点，即使你使用 ...

这并不是普适规律。
首先，计算数值Hessian时并行效率很高，除了快算完的时候以外，不会只用一个核；
其次，计算解析Hessian时也只是当硬盘读写很慢、所有核排队用硬盘的时候，才会只有一个核在跑。当体系不是特别大，读写硬盘不是决速步时，并行效率也不错（见我们的benchmark结果，https://www.tandfonline.com/doi/ ... 268976.2015.1025114，Fig. 5）

作者
Author: Deepast 时间: 2023-5-26 04:06

wzkchem5 发表于 2023-5-26 02:58
这并不是普适规律。
首先，计算数值Hessian时并行效率很高，除了快算完的时候以外，不会只用一个核；
...

可能我没表述清楚。我指的是在优化过程中更新hessian很慢。
这是我之前用ORCA502版本跑2000个原子左右的QM/XTB得出的结论。计算过程发现scf完了会卡住很长时间，而且都是单核在跑，设置ActiveAtoms后大幅降低耗时(其实本来我就Constrains了很多原子，但是这些冻结的原子还是会增加计算量)。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-26 14:43

Deepast 发表于 2023-5-25 21:06
可能我没表述清楚。我指的是在优化过程中更新hessian很慢。
这是我之前用ORCA502版本跑2000个原子左右的 ...

哦，那确实。但此时一般建议改用笛卡尔坐标优化，乃至用L-Opt关键字代替Opt关键字，会用L-BFGS算法在笛卡尔坐标下优化，不需要更新完整的Hessian，因此极快

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-6-8 22:09

Deepast 发表于 2023-5-26 04:06
可能我没表述清楚。我指的是在优化过程中更新hessian很慢。
这是我之前用ORCA502版本跑2000个原子左右的 ...

你好，我在allp.inp里面增加了activeatoms项，但是cpu使用的核心数还是1。这是为什么呢？

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-6-8 22:14
老师好。ORCA(5.03)+NAMD(2.14)结合的QM/MM计算，我使用VMD生成各种NAMD的文件，接下来使用namd2命令计算（namd2调用orca），但是计算的时候提示不能使用cuda版本，我重新编译了非cuda版本可以计算，但是只能使用cpu，不能使用gpu。请问，是不是使用ORCA去调用namd就可以使用gpu（cuda）？先谢过。

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-6-8 22:14

wzkchem5 发表于 2023-5-25 18:31
应该不会自始至终都只有一个core在运行，可能只是你看的那一瞬间只有一个core在运行。
公开的ORCA版本不支 ...

老师好。ORCA(5.03)+NAMD(2.14)结合的QM/MM计算，我使用VMD生成各种NAMD的文件，接下来使用namd2命令计算（namd2调用orca），但是计算的时候提示不能使用cuda版本，我重新编译了非cuda版本可以计算，但是只能使用cpu，不能使用gpu。请问，是不是使用ORCA去调用namd就可以使用gpu（cuda）？先谢过。

作者
Author: Deepast 时间: 2023-6-9 00:35

xiayu1985 发表于 2023-6-8 22:09
你好，我在allp.inp里面增加了activeatoms项，但是cpu使用的核心数还是1。这是为什么呢？

activeatoms只是减少更新Hessian矩阵的计算量，因为ORCA本身这一步没有并行，所以还是单核在跑
当然你也可以试试7楼的建议，那个我没测试过
另外你的基组选择有点奇怪，没有极化，6-31G(d)比6-311G好很多

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-6-9 11:33

Deepast 发表于 2023-6-9 00:35
activeatoms只是减少更新Hessian矩阵的计算量，因为ORCA本身这一步没有并行，所以还是单核在跑
当然你也 ...

我就是先探探路。天啊，那好慢啊。谢谢！

作者
Author: keplerze 时间: 2023-8-31 13:57
大佬怎么使用orca跑qmmm啊

作者
Author: keplerze 时间: 2023-10-25 20:44
大佬们，能不能写个orca进行qmmm的教程啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-26 16:03

keplerze 发表于 2023-10-25 13:44
大佬们，能不能写个orca进行qmmm的教程啊

在orca说明书里搜QM/MM，有教程，非常详细

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