计算化学公社

标题: cp2k的同一主板上两个CPU上运行时速度奇慢 [打印本页]

作者
Author: leeru 时间: 2023-5-25 22:46
标题: cp2k的同一主板上两个CPU上运行时速度奇慢
各位大神：
我最近自己全手动搭建了HPC双机集群，现在发现一个特别神奇的事情。我的一个节点是2个CPU，分别为28核。如果我只用25个核，那么可以确保其只运行在同一主板上的一个CPU上，cp2k的电子步约为2.3秒，比官方docker文件还要快一点点。但是，一旦我使用49个核，那就是同一主板上的2个CPU上运行，电子步的时间变为4.2秒，但相同情况下，用docker镜像则为1.2秒。似乎用mpirun这个命令的时候，同一主板上的两个CPU感觉没有通信一样，有人遇到类似的情况吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-26 02:14
说明用的什么CPU，计算时是单节点上跑的还是跨节点的

作者
Author: leeru 时间: 2023-5-26 07:27

sobereva 发表于 2023-5-26 02:14
说明用的什么CPU，计算时是单节点上跑的还是跨节点的

cpu是intel 8173M，单节点跑的。我又用intel 2020 u4全家桶重新编译了cp2k 2023.1。速度一下提上来了，估计是和我用的openhpc的并行环境有关，就是搞不懂为啥一个CPU上这么快，同节点2个CPU就不行，多半是并行设置的问题。

作者
Author: leeru 时间: 2023-5-26 07:30
上述回复少了一个字，是单节点。

作者
Author: fineren 时间: 2023-5-26 08:48
我用双路6231（单颗14核），只用14核跑MD时单步耗时400多秒，停掉后续算用27核刚开始每步只要三四十秒，然后后面又降到了三四百秒。我怀疑是不是硬盘读写速度限制？用的4T 7200rpm日立机械盘，Centos stream9系统装在480G SSD上

作者
Author: leeru 时间: 2023-5-26 12:34

fineren 发表于 2023-5-26 08:48
我用双路6231（单颗14核），只用14核跑MD时单步耗时400多秒，停掉后续算用27核刚开始每步只要三四十秒，然 ...

应该不能是硬盘的问题，我用Intel mpi就没问题，openmpi和mpich都慢

作者
Author: fineren 时间: 2023-5-26 15:18

leeru 发表于 2023-5-26 12:34
应该不能是硬盘的问题，我用Intel mpi就没问题，openmpi和mpich都慢

看前面的说法还是docker安装的比较快，但是试了一次失败了，希望哪位给个更详细的教程

作者
Author: leeru 时间: 2023-5-26 16:26

fineren 发表于 2023-5-26 15:18
看前面的说法还是docker安装的比较快，但是试了一次失败了，希望哪位给个更详细的教程

docker或者singularity单机版快，但我要跨节点，还是IB卡连接的，不太会整IB卡的singularity

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)