公社群聊Q&A整理：2016.06.30 19 ~ 2016.07.05 01 Concate - 计算化学公社

2016.06.30 18:26:38
Q:
due to symmetric orthogonalization 2, value= 0.00D+00.
** On entry to DGEMM parameter number 4 had an illegal value
** On entry to DGEMM parameter number 4 had an illegal value
** On entry to DGEMM parameter number 4 had an illegal value
nbo计算意外停止是什么原因呢
#p b3lyp/6-31+g(d,p) POP=(nbo,savenbo)
这是我的输入文件
结构是之前优化好的
A:
去了弥散再试试
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2016.06.30 18:31:35
Q:
老师，请教一下，gaussian03是不是没有NTO的选项？
A:
可能没有，看手册
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2016.06.30 18:42:02
Q:
各位老师们，如果判断哪一个烯丙基三氮唑和乙烯基三氮唑哪一个活性好一点，需要从那些方面来判断呢？？电荷分布，轨道能量？？？、
A:
Sobereva(190258442) 23:40:42
看群共享里《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》，以及
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
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2016.06.30 19:15:02
Q:
有谁知道高斯怎么批量计算吗？
怎么操作？不太懂，刚学高斯
A:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
Q:
网速的那些命令好像是unix命令，有在win下的吗？@Sobereva
A:
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6
[图片]
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2016.06.30 19:22:10
Q:
请教各位老师，TD-DFT得到的紫外图，怎么和实验紫外图对应起来，纵坐标单位不同，谢谢
A:
不用管单位，曲线形状对上就行
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2016.06.30 19:22:20
Q:
求教：原子坐标的均方根偏差图是用什么软件可以画？谢谢！[图片]
A:
算出矩阵数据后，sigmaplot之类就行
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2016.06.30 20:09:33
Q:
sob老师，计算有机分子的一阶超极化率，用你推荐def2SVPD基组，基函数是1700+，计算结果仍是收敛失败[图片]
请问怎么解决？
A:
还是老生常谈那些
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.06.30 20:25:46
Q:
建议老师写一点化学反应速率计算方面的文章，亮化部分基本可以上手做点东西了，化学反应速率这块感觉入不了门，希望老师考虑考虑。
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
培训班也讲得挺详细了
Q:
这篇博文我都快背会了，老师能不能写点RRKM啊，VCR-TST，还有主方程方面的
A:
主方程早高级班讲，自学就看看mesmer
RRKM没什么好写的，培训里面也给例子了
VRC-TST除了klipenstein及合作者没什么人会用
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2016.06.30 20:28:32
Q:
啥时候开高级班呀？
A:
大抵后年
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2016.06.30 22:36:34
Q:
请问，我用UFF=QEq关键词算电荷，[图片]得到的这个数据，怎么看和分析啊，谢谢
A:
最后一次输出的就是每个原子的QEq电荷。QEq电荷计算是个迭代过程
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2016.06.30 22:40:06
Q:
老师我想请问下如果我统计通道中离子数目和速度的话我可不可以按照最后跑出来的gro文件来看因为轨迹文件二进制文件我无法实现读取这样方法可以吗谢谢
A:
可以。你也可以VMD读入轨迹后用VMD的脚本分析。
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2016.06.30 23:10:04
Q:
sob老师，打搅您工作了。我计算的激发态不管怎样改变泛函和基组，都是这样一种情况[图片]，波长上万，振子强度几乎=0，请问我该怎样变呢？在垂直激发那一步，波长都是420多，但是到了激发态优化完毕后，就上万了
所谓的鬼态，表明你结构优化可能有问题
老师，这是我的命令行：#p opt td b3lyp/genecp，其中genecp对应的是[图片]，我尝试过b3lyp, m062x, pbe1pbe，基组也尝试过很多
Lee 谢谢老师，您提到的鬼态是学生第一次听说，请问什么是鬼态呢？
鬼态/虚态。不确切的态
就是所谓的鬼态。
A:
这是激发态优化中间某一步还是最后一步？
ghost态在这里说过
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2016.06.30 23:15:20
Q:
默默的问一句，李老师，当用GV做ESP和homo lumo图时，输出的色度条上的单位是a.u.还是eV？
A:
a.u.
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2016.06.30 23:50:45
Q:
[图片]老师，数据也导进去了，横纵坐标都设了，[图片]用0看的时候出现这个
A:
FWHM也太大了。
你用最新版试试，还不行就把输入文件给我
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2016.07.01 00:22:46
Q:
请教sob老师，请问量化方法可以用来计算含带电粒子化学反应的速率常数吗？如果不行的话，有什么别的方法吗？感谢您~
A:
和不带电的计算方式应该也没什么差异
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2016.07.01 02:30:54
Q:
[图片]
谁知道这个需要怎么办
A:
没听说过这种图还有kJ/mol为单位的。非要这样你就导出曲线数据，在origin里转换下单位后作图
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2016.07.01 04:22:40
Q:
[图片]麻烦问一下CBS-QB3的输入这样对吗？
[图片]CBS-QB3的单点能是不是就是CBS-QB3 (0 K)= -75.649713这个啊？
A:
写个cbs-qb3就完了，其他什么都不要写
你先看点资料搞懂热力学组合方法再去用它
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2016.07.01 04:42:21
Q:
老师：您好！抱歉，这么迟才回复您，这个是我之前的问题[图片]，您说[图片]，我的意思是例如,C3H3, C4H4，C5H5,C6H6,,在这些环中，C-C键的键长是顺序是C5H5<C3H3<C6H6<C4H4; 但是它的芳香性（NICS(0)和NICS（1）的强度是：C5H5>C3H3>C6H6>C3H3. 请问这个可以怎样解释更好些呢？谢谢····
A:
不同大小的环的NICS没有直接可比性，本身原子与中心的距离就不一样，屏蔽能力肯定不一样
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2016.07.01 05:08:47
Q:
请问怎么计算单电子转移过程的能垒
请问老师怎么计算单电子转移过程的能垒
A:
这种过程没有能垒，形式上的能垒去看marcus理论
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2016.07.01 05:41:34
Q:
请问群里有用过Grimme教授开发的计算Dispersion系数的软件吗
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=getd3&lang=english
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2016.07.01 07:51:06
Q:
[图片]
[图片]
这个方法基组不错把?
用PM6优化过,惨不忍睹.
A:
即便PM6找到了过渡态，以其为初猜之后改用DFT也不一定能找到
Q:
是呀,PM6还是不靠谱.
A:
说得过去，第一次****后面别留空行
Q:
报告老师,不留空行不行.真的.
会报错
A:
有空行是不合规矩的
为保险索性都用6-31G*就完了
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2016.07.01 08:04:58
Q:
gaussian的输出文件读不懂，那位老师能帮个忙
A:
最佳途径，参加科音基础量化培训班，看www.keinsci.com，一次都能学明白
自己啃，看Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods
Q:
gaussian oniom的输出文件看不懂，怎么提取有用信息呢？老师
http://www.nsccs.ac.uk/SC2013/ONIOM_CaseStudy.htm，比如这个例子
A:
先把ONIOM原理搞明白再说
高斯官网white paper里有专门说ONIOM的
Q:
white paper是指？
A:
[图片]
Q:
[图片]，老师这本书有吗？
A:
第三版没电子版
Q:
sob老师，电荷后面的T代表啥意思
A:
不用管T
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2016.07.01 08:28:15
Q:
请问，文献中提到说用ccsd(t)方法并经过BSSE校正。我也要这样做，但是opt ccsd(t) counter=2费时太大。我不想改变方法和基于，还要做bsse校正的情况，该怎么做呢？可不可以用b3lyp方法并bsse校正，进行优化，然后用ccsd(t)计算能量，这样做能叫用ccsd(t)方法并经过bsse校正吗？还是可以用b3lyp优化，然后用ccsd(t)计算能量的时候加counterpoise关键词？
A:
优化时候不要做counterpoise！
Q:
在计算能量的时候加吗？
A:
对
Q:
这时候给出了五个能量，和平时做的bsse校正的最后五个能量是对应的吗？
A:
意义不明
哪个和哪个
Q:
嗯，我按照以前的意义做加和验证了下，对不上。
sob老师，这时候是不是第一个能量就是做了bsse校正的能量呢？
我看着也就第一个像，还是想问一下，觉得踏实。
A:
你先用DFT优化完，CCSD(T)算相互作用能再加counterpoise，从最后读数据，就完了。
不知道你说的第一个具体指什么
Q:
我先用DFT优化完，CCSD(T)算相互作用能再加counterpoise，这时候我的输出文件共有5个能量，从最后读取的能量对应的是片段2的能量。
A:
[图片]
[图片]
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2016.07.01 08:39:53
Q:
[图片]
如图示, A和B,都是两个过渡态初猜, A的能量稍小于实际的过渡态能量,B的能量稍大于实际的过渡态能量. 请问,从哪个过渡态初猜出发,OPT=TS优化, 最有可能优化至过渡态?
A:
这个不好估计，可能A更容易点，因为更接近TS
Q:
opt=ts的原理是什么呀?
A:
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
Q:
有opt=(ts,modredundant) 这样的方法吗? 人工指定反应坐标.
A:
通常并没有什么意义
只不过有时候自己添加一些冗余内坐标有可能在极个别时候更容易收敛罢了
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2016.07.01 16:07:20
Q:
请问我用Gaussian计算了同一个化合物的单三重态，在查其轨道能量时，发现单重态无α和β电子轨道能量是在一起显示的，而三重态是α和β是分开显示的。我现在想比较该物质单三重态同一轨道能级能量，请问，对于三重态我应该取α和β轨道的对应轨道能量平均值，还是单三重态，同时只取α电子？
A:
本来就没法这么比，根本没对应关系
平均值更是毫无意义
非要不区分alpha和beta，就用RO来算
Q:
同一化合物，单三重态，其轨道能级没法比，是吗？
A:
U的时候必须alpha和beta分开讨论
Q:
用U的话，就是开壳层单重态了，那又是另一种态了
A:
用U算三重态怎么回事开壳层单重态
用U算三重态怎么会是开壳层单重态
八竿子打不着
Q:
用U算三重态是分开alpha和beta的
默认的这种
A:
当然是分开的
所以分别讨论
Q:
但是单重态是在一起的呀
A:
你用U，算单重态，也照样是alpha和beta分别给你
Q:
意思是单重态用U来计算一下？
A:
没这么说
毫无意义
闭壳层单重态用U和R的结果完全一样
闭壳层单重态，UHF alpha轨道能量=UHF beta轨道能量=RHF轨道能量
Q:
刚才您说“所以分别讨论”如何进行？
A:
alpha一批轨道能，beta一批轨道能，分别说事
具体怎么讨论看搞什么问题，没前提没法说
Q:
我是单三重态之间的比较
不是alpha和beta之间的比较
A:
有啥可比的？
Q:
同一化合物，想比较其单重态和三重态的HOMO-2的能量
A:
三重态根本没有HOMO-2的概念
HOMO-2这种是对于闭壳层来说的
Q:
说明，此化合物，哪一个态更稳定
A:
根本没意义，和稳定八竿子打不着
Q:
在正式论文中，我是用编号来表示轨道的（例如279）
老师，同一化合物，想比较其单重态和三重态的298号轨道能级的能量，是否根本没有比较的可能？
A:
首先，比这没什么意义。
如果用RO，形式上能直接比
如果用U，要么和alpha的298号比，要么和beta的298号比
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2016.07.01 16:21:14
Q:
输入：
%chk=C6H6-M06-CBS.chk
%nprocshared=16
%mem=16GB
#p M06/6-31G(d) opt freq iop(1/11=1)
C6H6
0 1
C 1.07389000 1.21248300 0.08679100
C -0.18550000 1.21807100 -0.48453100
C -0.86823200 0.00000300 -0.72156300
C -0.18549500 -1.21806600 -0.48454300
C 1.07389400 -1.21247900 0.08678200
C 1.70514800 0.00000200 0.37823700
H 1.57720500 2.14787700 0.29954700
H -0.68353200 2.15173500 -0.71399100
H -1.75347700 0.00000200 -1.34212500
H -0.68352200 -2.15172900 -0.71401700
H 1.57721300 -2.14787300 0.29952900
H 2.69304500 0.00000200 0.82337400
--LINK1--
%chk=C6H6-M06-CBS.chk
%nprocshared=16
%mem=16GB
#p CBS-QB3 iop(1/11=1) iop(9/6=200) guess=read geom=check
C6H6
0 1
输出：
Leave Link 906 at Fri Jul 1 04:08:27 2016, MaxMem= 2147483648 cpu: 285.0
(Enter /software/soft/g09-amd/g09-amd/g09/l904.exe)
Complete Basis Set (CBS) Extrapolation:
M. R. Nyden and G. A. Petersson, JCP 75, 1843 (1981)
G. A. Petersson and M. A. Al-Laham, JCP 94, 6081 (1991)
G. A. Petersson, T. Tensfeldt, and J. A. Montgomery, JCP 94, 6091 (1991)
J. A. Montgomery, J. W. Ochterski, and G. A. Petersson, JCP 101, 5900 (1994)
Available Memory in CBS = 2147483648
Minimum Number of PNO for Extrapolation = 10
Absolute Overlaps: IRadAn = 99590
LocTrn: ILocal=3 LocCor=F DoCore=F.
LocMO: Using population method
Initial Trace= 0.15000000D+02 Initial TraceA= 0.22043646D+01
Initial Trace= 0.15000000D+02 Initial TraceA= 0.22043646D+01
Initial Trace= 0.15000000D+02 Initial TraceA= 0.22043646D+01
Localization failed after 3 tries of***** iterations each. Last change= 0.67791538D-07
Localization failed to converge.
Error termination via Lnk1e in /software/soft/g09-amd/g09-amd/g09/l904.exe at Fri Jul 1 04:08:51 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 9 minutes 33.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 3303 Int= 0 D2E= 0 Chk= 3 Scr= 1
查高斯说明说是基组外推错误，请问这样怎么改正啊[表情]
A:
没事别写乱七八糟的iop和多余的关键词
#p CBS-QB3就完了，其它什么都甭写
Q:
[表情]哦哦，老师，那我外推错误是因为写那些iop导致的吗？
A:
先把垃圾关键词都去掉，如果还不行到时候再说
Q:
输入：
%chk=C6H6-M06-CBS3.chk
%nprocshared=16
%mem=16GB
#p CBS-QB3 guess=read geom=check
C6H6
0 1
输出：
Complete Basis Set (CBS) Extrapolation:
M. R. Nyden and G. A. Petersson, JCP 75, 1843 (1981)
G. A. Petersson and M. A. Al-Laham, JCP 94, 6081 (1991)
G. A. Petersson, T. Tensfeldt, and J. A. Montgomery, JCP 94, 6091 (1991)
J. A. Montgomery, J. W. Ochterski, and G. A. Petersson, JCP 101, 5900 (1994)
Available Memory in CBS = 2147483648
Minimum Number of PNO for Extrapolation = 10
Absolute Overlaps: IRadAn = 99590
LocTrn: ILocal=3 LocCor=F DoCore=F.
LocMO: Using population method
Initial Trace= 0.15000000D+02 Initial TraceA= 0.22043646D+01
Initial Trace= 0.15000000D+02 Initial TraceA= 0.22043646D+01
Initial Trace= 0.15000000D+02 Initial TraceA= 0.22043646D+01
Localization failed after 3 tries of***** iterations each. Last change= 0.67779117D-07
Localization failed to converge.
Error termination via Lnk1e in /software/soft/g09-amd/g09-amd/g09/l904.exe at Fri Jul 1 01:00:19 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 9 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 3303 Int= 0 D2E= 0 Chk= 3 Scr= 1
再麻烦老师一下，我这个改完了还是L904，您看这应该是哪里出了问题呢[表情]
A:
用别的热力学组合方法，比如更好的G4
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2016.07.01 16:27:01
Q:
[图片]，老师您好，我想问下文献中这些能量怎么跟oniom输出文件中提取呢？
A:
[图片]
Q:
[图片]
老师您看，就是这样的数据是吗？
不是很确定，跟您问问
A:
对于ONIOM优化任务，取最后一次的
Q:
那么ΔG怎么算呢？
A:
做振动分析，会给出自由能
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2016.07.01 17:30:43
Q:
[图片] 老师，我做的轨道相互作用图，怎么跟你的差别这么大啊
A:
参数设定问题
和体系也有关系
----------------------------------------------------
2016.07.01 17:36:07
Q:
请问sob，TDDFT计算，时间单位是多少？
A:
你想问通常耗时多少？
Q:
我中期答辩，一个教授问，TDDFT啥意思，我说是时间依存的DFT，之后他问我那时间单位是多少。。。。
A:
根本没法这么说
瞎问
Q:
我都不知道怎么回答
A:
含时本意是指依赖于时间，和单位没关系
Q:
除了定义之外，还有相关的介绍吗？
A:
群共享里TDDFT原理介绍文献小合集
----------------------------------------------------
2016.07.01 17:48:08
Q:
[图片][图片][图片]老师，我不设置X，y轴能出现图一，设置了之后是图二，数据肯定是导进去了，这种情况应该怎么解决@Sobereva
A:
你这激发能太诡异了，都几百eV
换算成nm才几nm，当前刻度当然没显示了
----------------------------------------------------
2016.07.01 17:53:09
Q:
老师，实验有测出双自由基，但我计算guess=always，mix，出来自旋密度却是只有小数点最后一位有。这种是哪里可能出了问题呢
A:
换HF成份高点的泛函
还不行就尝试片段初猜或者stable=opt
----------------------------------------------------
2016.07.01 17:58:23
Q:
请问文献里[图片]是标注角量子数和磁量子数的吗？但有一个疑问，如果ML是角量子数的话，为何会有±？
A:
轨道运动L和电子自旋S都有角量子数和磁量子数之分，磁量子数有正有负
Q:
磁量子数是说这些角动量在Z轴方向的投影的值吧
A:
y
Q:
ML为何还加一个eff呢
[图片]
A:
看上下文
也可能是指从分子波函数投影出来的角动量
Q:
嗯。文章是算一个分子的SOC。我记得您说过分子SOC是要投影出一个角动量
SOB，请问有什么文献或书籍讲怎么投影出角动量的吗？
A:
[图片]
Y是球谐函数
----------------------------------------------------
2016.07.01 18:03:07
Q:
请问老师，B2PLYPD或者B2PLYPD3多用在计算相互作用，他们可否用在计算反应机理及反应动力学计算中？
A:
当然可以，本来就不是专门给计算相互作用才提出来的
----------------------------------------------------
2016.07.01 18:26:32
Q:
[图片]老师好，请问这是什么原因
A:
用Multiwfn看轨道
如果能看，说明是cubegen的bug
如果Multiwfn载入失败，说明是fch文件本身有问题，重算一遍
Q:
老师，我的文件在别人的电脑上面可以打开
A:
不是能不能打得开的事，而是cubegen能否正确产生格点数据的事
别的机子能看轨道，说明此.fch文件和你机子里高斯的cubegen不兼容
Q:
哪怎么办呢老师？
A:
装个和那个机子相同的高斯版本再试
Q:
老师，您好，我的文件在别人的电脑上面可以看轨道，是不是说明我的fch文件本身没有问题
A:
y
Q:
大家好，我想请问一下VMD软件如何保存成图片格式呀
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
1.4节
----------------------------------------------------
2016.07.01 18:37:07
Q:
老师如何把在gauss view优化好的两个分子的log形式改成放materials studio可识别的形式，放在里面调整，调好之后，然后再怎么样从materials studio中把调好的分子改成gauss view中可识别的mol
A:
export成pdb格式就完了
Q:
请问有人知道为啥我用MS保存的PDB文件，在gauss view打开会显示[图片]
而且出来的图形也和原始的不一样
A:
把pdb文件里CRYST1段略删了
----------------------------------------------------
2016.07.01 18:42:17
Q:
[图片]A代表什么呢
A:
原子
----------------------------------------------------
2016.07.01 18:54:09
Q:
[图片][图片]老师，我需要再做什么把曲线显示出来？
A:
0
Q:
[图片]老师，我的意思是峰值的曲线，现在只有垂直线？
A:
重新启动Multiwfn，恢复默认设定再作图
Q:
怎么恢复默认？
A:
重新启动Multiwfn
----------------------------------------------------
2016.07.01 18:54:09
Q:
我有一个疑问就是反应物到过渡态，感觉应该振动，转动从基态到了激发态，因为基态时振动是在极小点附近。但是原子的最可几的间距到了振动激发态，已不止一个（参考简谐振动势能振动波函数各能级情形），根本画不出来TS的样子，是不是现在的优化过渡态什么的完全基于原子核是经典的质点呢
A:
过渡态本身就是一个模型化的概念，没有考虑反应过程中核运动，更没有考虑核的量子效应
Q:
既然没有考虑反应过程的核运动，为何虚频的振动模式可以判断过渡态找的对不对，是不是能生成预想的产物或反应物呢
A:
IRC可近似理解为能够描述实际中大量反应轨迹的平均路径
把实际动态问题抽象成静态的在势能面上的讨论
Q:
但量子化的谐振子不能看成一个粒子在平衡位置附近的往复运动了，那个是宏观物体的图景。那频率如何体现
A:
核质量比较大，运动的量子效应弱，可以借用经典力学的有确切质点位置的谐振子模型来讨论往复频率
Q:
那sob，分子越处在高振动能级上量子效应是不是越弱呢
A:
也不好这么说
Q:
确切的应该是电子-核耦合越大，越beyond BO，比如越接近圆锥交叉点近似才是核量子效应越弱的情况吧。这时候也不好说振动了。
beyond BO近似
A:
这时候更强才对，经典力学时候完全没有这种耦合
----------------------------------------------------
2016.07.01 19:02:37
Q:
[图片]
这个图用什么软件画的？
A:
molden
----------------------------------------------------
2016.07.01 19:10:05
Q:
sob老师，分子在光照情况下，如果基态是单重态，光照后是单重态激发态还是三重态激发？
A:
不考虑旋轨耦合时只可能是单重态激发态
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2016.07.01 19:10:14
Q:
老师，您好，麻烦请问下，我装了povray这个软件，想要做个图，总是出现这样的提示信息，怎么处理啊？
[图片]
A:
最简单的苯的例子能绘制出来不？
run之前选的是....rendermich.pov那个标签页么？
Q:
是的
苯的那个也不可以，都是显示这个错误
A:
那就不知道了
严格按照博文中的步骤肯定能做出来
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2016.07.01 20:22:25
Q:
, 文献中提到对频率分析用一个校正因子，例如"...B3LYP/cc-pVTZ level were scaled by an average factor of 0.975 to compensate for uncertainties arising from vibrational anharmonicity..."，是在freq算完之后直接手动把频率乘0.975吗，高斯说明书里有专门的加频率换算因子的关键词，这二者是等效的吗？另外，理论级别由B3LYP/cc-pVTZ升高到MP2或CISD/cc-pVTZ并不会消除anharmonicity误差吧？谢谢~
A:
手动乘
高斯里用scale影响的只是给出的热力学数据，不会对给出的频率有任何影响
B3LYP提升到MP2/CISD毫无好处
用什么理论方法和是否考虑非谐振完全是两码事
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2016.07.01 20:27:00
Q:
sob老师，优化第一激发态几何，初始构型需要一定是基态稳定结构吗？
还是理论上什么初始结构都可？
A:
没这个要求
差不多合理就行
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2016.07.01 21:40:09
Q:
Sob老师每次你博文里面介绍的那些计算的方法和步骤，都有用Multiwfn对应的文献来进行下重复的吗?我在看CDA和绘制轨道相互作用的时候想找个Multiwfn的文献实例来对照看下，但是我从那引用的1000多篇里面找起来简直太慢了
我一搜CDA或者轨道相互作用就没有搜索结果了
A:
为什么要用对应的文献来重复？这应该问文章作者
全文搜CDA绝对能找到很多
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2016.07.01 23:29:37
Q:
[图片]
在这个资源还看到这个东西，是干啥的？靠谱不？
A:
用不着那个东西，gview里面观看振动模式的界面里直接就能按照指定振动模式调节结构。培训里讲振动分析的时候说过
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2016.07.02 04:49:18
Q:
老师，用multiwfn乳酸分子内用NCI能显示有氢键，但是做拓扑分析的时候，没发现有键的临界点。这是怎么回事呢？
A:
这体现RDG方法的优势，RDG有等值面的地方未必有临界点
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2016.07.02 05:57:45
Q:
群里有用Q-chem 的么？我用 q-chem 做frequency calculation, 得到的输出文件里面就是一些 frequency, IR intense. 而高斯做的 frequency calculation，就有 Thermal corr to Gibbs Free Energy。。
如何用qchem 可以计算出分子的 Thermal corr to Gibbs Free Energy。或者说是根据qchem frequency 的输出文件可以计算出来。
[图片]
[图片]
A:
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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2016.07.02 08:24:38
Q:
M06-2X优化，加了int=ultrafine，那么scf和opt都最好在tight的标准下进行吗？
A:
没必要
Q:
哦哦，因为很难收敛……所以问一下
就是说在以下命令行下能收敛，则优化构型的准确度已经比较高？
M062x/genecp opt(maxstep=3,notrust) int=ultrafinre Maxdisk=20GB
A:
恩
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2016.07.02 08:39:54
Q:
老师们，为什么研究体系的时候人们喜欢选择对称性的分子，是想试图通过对称性降低计算成本和减少分析量？
A:
小分子本来就往往有对称性
----------------------------------------------------
2016.07.02 12:29:50
Q:
请教各位老师： M06-2X 理论在高斯09的Method里面怎么找不到？谢谢
A:
M062X
字号不要超过12
Q:
好的
A:
自己写输入文件。靠gv能用的gaussian的功能只有不到1/4
能用哪些泛函看http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_dft.htm
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2016.07.02 16:32:17
Q:
请教一下，这个邮件需要回复吗[图片]
A:
无视
Q:
Sob 老师，不回复是不是就是默认不收费的情况
A:
恩
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2016.07.02 17:11:39
Q:
sob老师来大连开会了吗？
A:
不
Q:
为什么不来呢[表情]
A:
为什么来
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2016.07.02 17:56:23
Q:
sob老师，对优化好的结构作D3校正，出现了502错误，应该怎么办？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
要算个D3校正能直接用DFT-D3程序就完了，根本都不用做SCF迭代，更何谈L502
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2016.07.02 20:42:33
Q:
写了一个程序，但是输入文件的时候只能执行程序后才能输入。怎样写就能直接用“程序名文件名”这种方式？
[图片]
就像g09 3.com那样
fortran
这个怎么写？
A:
call getarg(1,filename)
这就把第一个参数存入filename变量里了
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2016.07.03 03:33:42
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：如果一个反应它的吉布斯自由能变大于零，升高温度，这个反应可以发生吗？
老师！是不是要想反应进行吉布斯自由能变必须小于零？
A:
大于0的本来也可以发生，只不过量很少而已，根据波尔兹曼分布去计算热力学平衡下的反应物和产物的比例便知
升高温度会影响相对自由能，因此影响热力学平衡时的比例
Q:
各位前辈好！按理说热力学是反应路径势能面上的首末两点，而动力学是势能面上中间的点，它们不应该有什么不同，但是动力学上室温下吉布斯自由变只有小于25kcal的能垒就可以顺利发生，而热力学上吉布斯自由能一般都小于0，看上去热力学和动力学本质上是不同的.感觉很困惑。按理说只要动力学上小于25kcal，不管热力学大于0还是小于0都可以发生
A:
25kcal/mol的能垒绝非容易克服
热力学决定的是假设能充分发生反应后，反应物和产物的分布比例
动力学决定的是反应的速度
诸如金刚石变成石墨，热力学能发生，但动力学上发生不了，势垒太高
Q:
sob老师您好！是不是只要动力学上能发生，热力学是不重要的？这样对吗？
A:
怎么会不重要
热力学上不允许，哪怕动力学上再容易反应，得到的产物也就微末的一丁点，简直跟没反应一样
deltaG=-RTLnK，普化都讲过
Q:
谢谢老师您认真的讲解，解决了我困惑很多年的问题
A:
热力学首先决定反应是否可能，然后动力学决定是快是慢。两个条件都有了，实际中才能观测到顺利发生
----------------------------------------------------
2016.07.03 06:47:26
Q:
请问,gromacs程序能用 GPU 加速自由能微扰方法算结合自由能吗?
A:
大抵可以，没试过
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2016.07.03 08:15:05
Q:
sob老师，请教一个问题，在GV画反应物结构的时候，在产物中成键的两个原子之间的距离有没有什么要求？
A:
） gview自动就会设成基本合理的
也没什么严格要求，只要不离谱，经过优化都能自发调节为合理
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2016.07.03 08:50:58
Q:
您好，老师，上次听人说gaussian并行多少核之后效率大大降低？
A:
没有个临界标准，而且也看具体模块
[图片]
Q:
主要原因还是因为现在cpu的问题，大部分一个cpu是八个核
如果你的cpu是10个核，也有可能10核后出现效率猛降的可能[表情]
在双路主板上跨CPU和同CPU的计算效率无显著差异
即使例如你有两个8核的CPU，跑一个8线程的任务，本来就不是一个CPU满了另一个空着。
A:
+1
Q:
怎么确定一个cpu是八个核还是12个核呢？如果一个cpu有16个核呢？
是不是速度更快
A:
看型号
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2016.07.03 17:20:45
Q:
GV里面有没有办法让坐标平移多少数值
A:
没有办法
Q:
有没有别的软件可以实现
我还是用VMD
A:
就用VMD，最省事
Q:
sob老师有没有考虑过专门办一期VMD的培训？感觉vmd熟练使还是有难度
A:
VMD会在gmx班里专门讲
专门开个VMD培训不值得
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2016.07.03 17:46:12
Q:
请问老师，对力常数矩阵直接对角化可以求得frequency。对力常数矩阵先进行投影，使平动和外转动方向的特征值为零，然后再对角化也可以求得frequency。这两者求到的frequency大小有区别吗？如果没有区别为什么要做投影呢？
A:
投影之后得到的分子内振动频率更准确一些
Q:
不是不因为避免了振动与平动和转动的耦合呢？
A:
y
Q:
振动与振动之间会耦合吗老师？
A:
会
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2016.07.03 17:53:54
Q:
[表情]大社长，要不以后你也搞一个类全国量化会议的会议吧
A:
没兴趣
中国不缺会议
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2016.07.03 19:33:47
Q:
老师，课件里BSSE后三行我的没有
[图片]
请教老师哪里写错了
A:
哪个高斯版本？
D.01、E.01肯定有
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2016.07.03 19:38:27
Q:
一个0价态自由基分子，为奇数个电子，做mopac优化时，提示电荷不对，建议我写+1，否则不给算。请问怎么解决，
A:
0的话必须按双重态来算
单重态只能+1
Q:
我的问题还没有解决哦。分子为奇数电子，0价，写doublet，mopac不给算，让用+1。
c.i.=1,2都不行
往下试？
A:
搞不定就拿高斯算
Q:
用gaussian的pm6?
他可能要用PM6-D3H4
A:
用PM6D3就完了，高斯支持
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2016.07.03 19:39:46
Q:
各位老师好，请教问下，高斯计算金属配合物（分子式C21H14N3IZnCl2）荧光的时候采用 OPT优化结构，再做freq频率计算，接下来是td计算，最后是opt td计算，现在尝试用的泛函有m062x,pbe1pbe,b3lyp等，尝试基组有6-31G(d), 6-31G(d,p), 6-311G(d,p), 6-311G(d), TZVP, Lanl2dz, 6-31++G(d,p), 6-311++G(d,p)。当前出现的问题是：第一个问题是opt td的计算不能normal trmination，多数是收敛失败，也有need more vectors等错误。第二个问题是部分opt td 计算normal termination之后得到的发射光谱超过10000nm，甚至有些负数波长，想请教各位老师我的计算哪里需要改进？谢谢老师！下面的一个其中的计算设置。
#p opt td pbe1pbe/genecp
H C N Cl Br 0
6-31G(d,p)
****
Zn 0
lanl2dz
****
Zn 0
lanl2dz
A:
就用m062x/6-31G(d)就完了，其它基组根本没必要试
先把nstates设大，还不行就把步长上限也设小点
解决了第一个问题再说第二个
Q:
其他基组不尝试的原因是什么？
A:
基组没什么好试的，用一个合理的就完了，远不像泛函那样需要试
Q:
m062x可以 normal termination ，但是最大发射波长都很大
振子强度也基本为0
其他泛函不能 normal termination 啊
PBE1PBE B3LYP计算总是报错
A:
M062X就行
M06L肯定低估激发能
Q:
恩恩谢谢老师们建议，那我这种问题最大发射波长很大
振子强度也基本为0，通常如何解决
A:
禁阻就禁阻呗
Q:
[图片]B3LYP都是这样不收敛报错
老师们给些建议啊？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
何必用那么多烂七八糟基组，甚至恶心的DGDZVP都有
Q:
我们实验测的荧光是400-600之间但是这个远远超出范围
我不懂啊只能大海捞针啊
A:
S1的f几乎是0，就当不从S1发射就完了，看更上面的
瞎试是没用的
Q:
那不是不服从卡夏规则了
？
A:
probably
Q:
荧光不是S1-S0发射么？
那如何说服专家？
A:
服从kasha规则的荧光才是从S1发射
[图片]
Q:
那意思是看excited state 2 的发射还是？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
[图片]
先仔细看此文
Q:
好的老师，那我接下来计算有没有必要尝试root=2 或者3等？
A:
可以尝试
总比试那么多烂七八糟的基组有用得多
Q:
老师你的建议是我这个体系只用M062X 6-31g(d)，没有必要其他泛函基组尝试了是吗？
A:
恩
Q:
因为看到二区文章用的PBE1PBE在做类似我的结构的计算
A:
6-31G*+lanl2DZ是底限
要好点就6-311G*+Lanl2TZ
Q:
恩恩， I 和Zn 在Lanl2TZ的范围里面么？
A:
I用Lanl08
更好点就lanl08(d)
Q:
跟老师确认下荧光计算 opt freq td opt td 四部计算方式有没有错误？
不懂老师的意思是？
A:
看博文，写得极清楚
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2016.07.03 22:30:47
Q:
linux计算因为停电断了，怎么继续呢，以前大家应该讨论过，当时没在意
Gaussian
A:
看你是续算什么任务，不同任务续算方式不同
光靠restart只能恢复heavily依赖于rwf的任务
你就拿最后一步结构继续用这些关键词接着算就完了，要么直接写上geom=allcheck再算
Q:
最后的结构是储存在chk文件中么？
A:
y
还一个办法就是opt里加上restart，其余关键词都不变，然后直接算
----------------------------------------------------
2016.07.03 22:35:05
Q:
gaussian B01 支持 PM6-D3H4 吗？
A:
不
Q:
支持PM6D3吗？
A:
D01/E01唯一支持的加色散校正的半经验就是PM6D3
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2016.07.03 22:48:47
Q:
我想利用之前算出的输出文件，只做NBO分析，请问就写sp guess=check，geom=allcheck，pop=nbo就可以吗？
A:
# 理论方法/基组 guess=read geom=allcheck pop=nbo
Q:
# 理论方法/基组 guess=read geom=allcheck pop=nbo，计算得到的fch文件可以直接用multiwfn分析吗？里面用了小核赝势
A:
可以
Q:
但我看手册是说的是，高斯关键词用pop=nboread，然后不要用fch
A:
这是因为做的是NAO方式分析轨道成份
不同类型分析需要的输入文件不同
Q:
好的，我用了pop=nbo，要看轨道组成如何做呢？
A:
怎么判断什么类型任务需要什么输入文件这里说了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
分子轨道组成？
Q:
是的呀
A:
看分子轨道组成跟pop=nbo丝毫关系都没有
写不写这个根本不影响fch文件
你先明确到底要用哪种方式分析轨道成份
Q:
我是想看某个分子国道个原子轨道贡献多少
A:
一般就用NAO方法
按手册里例子做就完了
这里也有详细讨论
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2016.07.03 23:29:52
Q:
[图片]
A:
甭看那些
----------------------------------------------------
2016.07.04 00:02:26
Q:
在Gaussian中，用了pop=nboread，输入文件末尾空一行写上$NBO NAOMO $END，在NBO模块中就会输出以NAO为基的MO的展开系数，还是以HF/6-31G*的水为例：
MOs in the NAO basis:
NAO 1 2 3 4 5 6 7 8
---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- -------
1. O 1 (S) 0.9958 -0.0896 0.0000 -0.0177 0.0000 0.0046 0.0000 0.0000
2. O 1 (S) 0.0847 0.8834 0.0000 0.2928 0.0000 0.2288 0.0000 0.0000
3. O 1 (S) 0.0003 0.0081 0.0000 -0.0246 0.0000 -0.2297 0.0000 0.0000
4. O 1 (S) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0554 0.0000 0.0000
5. O 1 (px) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.9993 0.0000 0.0000 0.0000
6. O 1 (px) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0173 0.0000 0.0000 0.0000
7. O 1 (py) 0.0000 0.0000 0.8554 0.0000 0.0000 0.0000 -0.3288 -0.3600
8. O 1 (py) 0.0000 0.0000 0.0334 0.0000 0.0000 0.0000 0.0250 0.4768
9. O 1 (pz) 0.0023 -0.1585 0.0000 0.9170 0.0000 -0.2598 0.0000 0.0000
10. O 1 (pz) -0.0011 -0.0006 0.0000 -0.0124 0.0000 0.0254 0.0000 0.0000
11. O 1 (d1) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
12. O 1 (d2) 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0342 0.0000 0.0000 0.0000
13. O 1 (d3) 0.0000 0.0000 -0.0388 0.0000 0.0000 0.0000 0.0177 -0.1517
14. O 1 (d4) 0.0001 -0.0176 0.0000 0.0075 0.0000 0.0212 0.0000 0.0000
15. O 1 (d5) 0.0000 0.0057 0.0000 -0.0352 0.0000 0.0106 0.0000 0.0000
16. H 2 (S) 0.0244 0.3046 0.3644 -0.1882 0.0000 -0.4212 0.3712 0.4027
17. H 2 (S) 0.0028 -0.0165 0.0095 -0.0079 0.0000 -0.4839 0.5547 -0.3845
18. H 3 (S) 0.0244 0.3046 -0.3644 -0.1882 0.0000 -0.4212 -0.3712 -0.4027
19. H 3 (S) 0.0028 -0.0165 -0.0095 -0.0079 0.0000 -0.4839 -0.5547 0.3845
我按照这样做了，log文件没有分子轨道系数呀
A:
这就是MO向NAO的展开系数啊，不是这个还是什么
----------------------------------------------------
2016.07.04 00:26:30
Q:
老师：您好！我刚刚看到一篇文章用[图片]来研究结构的弛豫，这里用的是EA，请问这里用IP来研究有什么区别呢？谢谢~~~例如我猜测的公式变形[图片]。
A:
仔细看
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
----------------------------------------------------
2016.07.04 05:01:59
Q:
sobMECP程序也只能应用linux系统吗？
A:
windows也可以，自行编译即可
----------------------------------------------------
2016.07.04 05:29:54
Q:
老师两个分子，A和B形成复合物（有氢键存在）在使用前先轨道理论分析时候，是不是比较A的LOMO/LUMO与B的LUMO/HOMO之间的gap？还是算A自己的LOMO与LUMO gap？@Sobereva
我使用的ESP预测反应位点，想再试试HOMO/lumo是什么效果（之前没弄过前先轨道）
A:
没有所谓的LOMO一说
A:
gap是对分子内说的
看这个根本没用
Q:
你是说a的homo/lumo gap才有意义？对于复合物的两个前段没有意义？
片段
A:
gap只能说分子内的，分子间的说轨道能量差
用语要严谨
----------------------------------------------------
2016.07.04 05:43:08
Q:
各位大侠，用VMD做静电势图，[图片]，咋是这样的效果？
A:
看此文第8节
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
----------------------------------------------------
2016.07.04 06:58:42
Q:
老师：您好！在[图片]。我的NBO轨道能显示出来[图片]，但是我把[图片]改成这个后，
[图片]就显示不出来了，请问是什么原因呢？谢谢~
恩，我试了试，明白了，这个输出默认的是tag格式，我们可以改成png格式然后用[图片]，就可以查看了····
A:
下载个像样的看图程序观看，诸如irfanview，甭用烂七八糟山寨程序
是tga不是tag
----------------------------------------------------
2016.07.04 16:14:29
Q:
[图片]请问老师，这个错误怎么修改呢
对，没有基本的信息，应该如何修改呢
A:
甭试图从chk里读取信息
Q:
请问这是由于什么造成的呢以前没有算freq的时候没有遇到过这种情况
A:
贴出关键词
Q:
[图片]
A:
甭写read
td怎么写两遍
算T1频率直接用DFT做opt freq多好，用TDDFT纯属多浪费巨额时间
----------------------------------------------------
2016.07.04 16:32:25
Q:
算出过渡态，然后基于过渡态的结构和电荷修改相关的原子的类型和力场参数。然后用这套参数去跑MD，就叫基于过渡态的MD？
有辣么简单吗？
文章上了PNAS，可信吗？
方法可信吗？
A:
也没什么不妥
Q:
那它会不会自动跑到过渡态上去了？
整个轨迹就在过渡态附近摆动
A:
就是靠力场参数维持过渡态结构的
----------------------------------------------------
2016.07.04 16:49:10
Q:
请问 excitation contribution 这个要在哪里得到参数呢
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
[表情]谢谢老师
另外我想请问，对于同一分子的不同异构体，计算这个参数是否有比较反应活性的作用？不仅仅局限于能垒高低。
不同的过渡态。
A:
算什么参数？
----------------------------------------------------
2016.07.04 16:55:48
Q:
荧光的辐射跃迁速率的范围是多少
Sobereva老师请问荧光的辐射跃迁速率的范围一般为多少
A:
[图片]
求个倒数就是速率
Q:
是吸收快还是荧光快
A:
当然吸收快，图中写得很明白
Q:
文献中测量的吸收和荧光基本相同，这是为啥？吸收用瞬态吸收测，发射用瞬态发射
A:
测what？光谱？
Q:
测衰减
A:
不清楚实验怎么搞的
----------------------------------------------------
2016.07.04 17:19:32
Q:
请教一个问题：我用了两个基组计算同一种反应。基组1：b3lyp/6-31+G(d,p)；基组2：b3lyp/6-31G(d)优化结构和计算频率，m062x/def2tzvp计算单点。但是两个基组计算出来的结果差很多，活化能大的能差将近100kJ/mol，请问这是什么原因？谢谢
A:
描述不清
Q:
同一个反应，我采用两种基组计算热力学性质。
基组1：b3lyp/6-31+G(d,p)；
基组2：b3lyp/6-31G(d)优化结构和计算频率，m062x/def2tzvp计算单点。然后用高级别单点和低级别四个校正项相加得到四个热力学参数。
两种基组计算出来的活化能（过渡态-反应物）相差较大，将近100kJ/mol，请问这是什么原因？谢谢
老师，这次我说清楚了么？
A:
明显不单是基组的事，计算流程、泛函都不一样，根本没法比
显然方式2合理得多
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2016.07.04 17:27:40
Q:
Sobereva老师，请问做NTO计算时，出现“Failed in SchOr1 in NBStor.
Error termination via Lnk1e in /home/11410/Software/g09/l607.exe at Fri Jul 1 19:13:03 2016."错误提示，这种情况应该怎么处理？
A:
关键词帖出来
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2016.07.04 17:48:32
Q:
老师，他的M06-2X 和M062x是一回事么？
A:
是
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2016.07.04 18:13:31
Q:
@Sobereva，老师您好，我想问问激发态的”electron-hole分析“有没有专门讲解的网页？
A:
看multiwfn手册
4.18.1节例子说得很细
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2016.07.04 18:19:54
Q:
老师您好，我有一个问题想请教您一下，我计算的一个反应，实验上选择性生成A，不生成B，而我计算出的决速步能垒经溶剂化校正后，仅差0.20 Kcal/mol，说明不了实验中的问题，老师，这种情况该如何处理呢？好期待您的指点！
A:
先确保计算精度足够高，并且两种产物自由能差也算算，看是否A更低
Q:
谢谢老师，我计算的自由能差发现A还高了 0.000421 a.u.
A:
先确保计算精度足够高，否则都是白搭。
假设计算精度极高，还是势垒差不多，无法解释原因，那就是忽略了其它什么因素，从实验条件、机理上琢磨可能性
Q:
谢谢老师的指点，我是在 6-31G（d,p）/lanl2dz 上算的，其实是生成 A B C D四种可能产物，然而只有A 和B 分不开，考虑温度也是如此，/抱拳
A:
再好的理论方法，这档次基组也不足以讨论势垒相差较小的情况
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2016.07.04 18:23:01
Q:
零点能在什么情况下必须考虑计算？是不是加上freq命令输出文件就有相关信息了？
A:
不懂算ZPE有什么意义就甭算，算之前必知有何意义，什么时候考虑要看干什么。
是
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2016.07.04 18:28:45
Q:
请问linux版的multiwfn用unzip解压对吗
A:
对
Q:
谢谢sob老师，解压后再用chmod变成可执行吗
A:
y
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2016.07.04 18:29:33
Q:
老师您好，进行BSSE计算时，两个片段，第一个不带电荷，第二个片段带-1个电荷，写输入文件时[图片]，这个地方定义电荷的时候需要对应吗？麻烦老师教教我应该如何对应，谢谢老师
A:
-1 1 0 1 -1 1
整体电荷，整体自旋多重度，片段1电荷，片段1自旋多重度，片段2电荷，片段2自旋多重度。
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2016.07.04 18:48:02
Q:
[图片]请问老师，用Multiwfn做UV-Vis图，如何把两个纵坐标的数值都导出来呢？
A:
用spectrum_line.txt作图对应的就是就是右边的轴，竖线的高度对应振子强度
Q:
老师，那阵子强度能显示出来吗
A:
已经告诉你了啊
如果直接要显示出来振子强度用选项-1，会显示在屏幕上
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2016.07.04 18:51:10
Q:
老师，计算LE态或者CT态的delta r index的时候，需要优化激发态吗？[图片]
A:
考察吸收过程不需要
考察发射的时候需要先优化
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2016.07.04 22:18:43
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
显然又是老生常谈的几何优化不收敛
6-311+g结果毫无意义
6-311+g(3df)白费时间
6-311G** 正解
Q:
恩，我根据文献中结构调整了一下，再继续，谢谢了
请问一下，我用QTS2找出来的过渡态，还有没有必要走一下IRC
QST2
A:
up to you
想绝对可靠地验证一下就走
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2016.07.04 22:41:56
Q:
[图片]老师，对于RDG这里的color bar 该如何标注呢？以前填色图审稿人都要求进行标注的。-0.04~0.02？我看您博文上是这么写的？是否需要单位？@Sobereva
A:
标呗，根据实际上下限数值。sign(lambda2)rho的单位是a.u.
Q:
我使用的博文里面的默认[图片]也就是-0.04~0.02？
A:
y
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2016.07.04 22:50:59
Q:
还想请问一下谁那里有Application of the pople-santry-segal CNDO method to the cyclopropylcarbinyl and cyclobutyl cation and to bicyclobutane这篇文献吗？是有关Wiberg bond index（Wbi）的，不知道哪里可以查询Wbi值的范围对应化学键的类型。
A:
文章一搜就能找到链接
WBI没法用来判断键类型，只能判断键对应的共享电子对数
如今都用mayer键级代替WBI了
很多不懂键级的人还抱着半经验时代的WBI不放
Q:
哦哦，mayer用什么软件计算啊
A:
Multiwfn
手册4.9节有例子
Q:
手册在哪下载啊
A:
官网
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2016.07.04 23:57:14
Q:
[图片]sign(lambda2)rho vs RDG用origin做散点图，用那两列？
A:
最后两列，屏幕有提示
Multiwfn绝对不会输出不明所以的信息，一定在屏幕上都会提示得很清楚
Q:
还有一个问题，输出数据中好多RDG=100的数据怎么去掉？因为作图也用不到啊，删除太慢了[图片]
A:
排序，删除行
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2016.07.04 23:57:20
Q:
请问如何从分子轨道组成判断成键的共价成分呢？
A:
用NBO做NRT分析能给你共价百分比
Q:
我计算某个分子轨道，主要是由金属原子贡献，可以说明离子键成分很大吧？
A:
还有个判断方式
[图片]
c是NBO轨道的系数
Q:
NRT分析用multiwfn如何做呢？
A:
[图片]
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